牆裂推薦 | 植物研究必備網站,值得收藏!

2021-02-21 iPlants
註：該文轉自科研派公眾號

利用晶片、二代測序分析得到一批候選基因，哪個才是你想要的？

師兄師姐丟給你一個基因去驗證，他/她真的沒給你挖坑嗎？

看文獻發現新基因，和你的課題有沒有相關性？

藉助一些網站，對基因功能進行個初步預測吧，比如同源基因功能、有沒有保守結構域、有沒有蛋白修飾、啟動子序列、表觀修飾、相關的調控基因或轉錄因子等。

可是哪些網站比較好用呢？小編作為長期奮鬥在實驗一線的生物狗，手裡怎能沒點乾貨，這可是一個一個加到收藏夾的呢，親測好用，趕快收藏吧~

    分類                推薦理由               網址

NCBI (National Center for Biotechnology Information）美國國立生物技術信息中心，包括植物在內的眾多生物的核酸序列信息，是分子水平上研究生物的必備網站

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 

Phytome是一個比較基因組學資料庫，用於植物功能基因組學、分子育種和進化研究,還可進行基因/蛋白家族的查詢下載

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

Plant Ontology(PO)資料庫包括數個植物資料庫系統，可以搜索植物的器官結構、不同發育時期的信息

http://www.plantontology.org

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ 

BarleyBase：在線的植物晶片數據及分析平臺，同時提供基因的功能注釋，蛋白功能區域預測、代謝途徑及基因家族信息，與PLEXdb 和PlantGDB的信息相聯

http://www.barleybase.org/ 

TargetP 1.1 Server ：亞細胞定位預測

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ 

CropPAL1：crop Proteins with Annotated Locations (cropPAL) 包括12種作物亞細胞定位

http://smart.embl-heidelberg.de/

SWISS-PROT：目前國際上比較權威的蛋白質序列資料庫。對蛋白質序列進行了注釋，包括蛋白質的結構域、功能位點、跨膜區域、二硫鍵位置、翻譯後的修飾、突變體等信息

https://www.uniprot.org/uniprot/

PDB：目前最主要的蛋白質分子結構資料庫，提供蛋白的以及結構和二級機構

Prosite：基於對蛋白質家族中同源序列多重序列比對得到的保守區域

https://cn.expasy.org/prosite

 https://ww.cmbi.kun.nl/gv/dssp/

https://ww2.emblebi.ac.uk/dall/fssp

https://ww.cmbi.kun.nl/gv/hssp/

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

PathoPlant 是一個涉及植物與病原體之間相互作用的信號轉導的相關物質成分的資料庫

http://www.arabidopsis.org/

http://datf.cbi.pku.edu.cn

擬南芥的全基因組範圍的假定的轉錄因子結合位點資料庫

SUBA（Arabidopsis Subcellular Database）包含關於擬南芥蛋白的亞細胞定位數據

Gramene Database是一個各種作物基因組信息的資料庫，同時具備高級的各基因組間的分析功能

穀類作物信息資料庫，該資料庫包括了小麥、大麥、燕麥、黑麥和黑小麥等品種的遺傳信息和遺傳圖譜

http://wheat.pw.usda.gov/GG2/index.shtml

http://www.ricedata.cn/index.htm

http://rice.plantbiology.msu.edu/

RiceFOX：水稻過表達擬南芥全長cDNA突變體資料庫

http://ricefox.psc.riken.jp/index.php?contetnstop

RiceGE：Rice Functional Genomic Express Database 水稻功能基因組表達資料庫

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE 

http://www.wheatgenome.org/

茄科物種基因組測序資料庫，包括西紅柿、土豆、辣椒、茄子、菸草、牽牛花等。資料庫整合和擴展了數個表達譜資料庫的信息

http://gsds.cbi.pku.edu.cn/

Sigma Research Essentials能找到許多和有機試劑相關的分子生物學內容

http://www.sigmaaldrich.com/chemistry/stockroom-reagents/learning-center/technical-library.html

Beckman Calculator：離心機和離心力之間的換算，Beckman不同轉子之間參數的互換

http://www.lifetechnologies.com/us/en/home/references/gibco-cell-culture-basics.html

http://www.ruf.rice.edu/~bioslabs/studies/sds-page/sdsgoofs.html

Bioprotocol Wiki：常見的分子生物學方法，在這裡都能找到

http://openwetware.org/wiki/Main_Page

NEBcalculator：計算載體連接比例，酶切位點和buffer的選擇

http://nebiocalculator.neb.com/#!/ 

Biomath Calculator：溶液稀釋、溶液配製計算和核酸濃度的計算

http://www.promega.com/resources/tools/biomath-calculators/

微信加群

iPlants組建了11個植物科學研究研究生/教授交流群，匯聚了一批全球各地的從事植物科學研究的研究生和PI。歡迎從事植物科學相關研究的同學和老師加入我們，一起討論學術和夢想。溫馨提示：進群請備註一下（格式如學校+專業+姓名，如果是PI/教授，請註明是PI/教授/副教授/副研究員/博後，否則就直接默認為在讀研究生，謝謝）。加小編微信號(ID: iplants123)或長按下面二維碼時，請註明學校和專業，非誠勿擾。

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