福利貼 | 研究生必須知道的一些網站!(建議收藏!)

2021-02-28 Ad植物微生物

科研過程中需要查閱大量的文獻資料以及要對試驗做一些預測,分析和處理,現將常用到的一些網站與大家分享,建議收藏,備用!點擊話題:科研技巧


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文獻下載

中國知網

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Pubmed

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

 

GeenMedical

https://www.geenmedical.com/

 

萬方

http://g.wanfangdata.com.cn/index.html

 

iData

https://www.cn-ki.net/

 

超星

http://www.chaoxing.com/

 

Sci-hub

http://www.sci-hub.ac.cn/index.html

 

谷歌學術鏡像

https://ac.scmor.com/?utm_source=qq&utm_medium=social

 

資料庫

NCBI

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

 

Ensembl plants

http://plants.ensembl.org/index.html

 

Ensembl fungi

http://fungi.ensembl.org/index.html

 

KEGG

https://www.kegg.jp/kegg/kegg2.html

 

 

植物轉錄因子資料庫

http://planttfdb_v3.cbi.pku.edu.cn/

 

蛋白酶資料庫

https://www.ebi.ac.uk/merops/

 

小麥基因組

https://urgi.versailles.inra.fr/blast/

 

Uniprot

http://www.uniprot.org/

 

小麥rna-seq資料庫

https://bmcplantbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12870-015-0692-1

 

小麥多組學網站

http://202.194.139.32/

 

擬南芥資料庫

https://www.arabidopsis.org/

 

水稻

https://funricegenes.github.io/

 

植物基因組資料庫  Gcorn plant

http://www.plant.osakafu-u.ac.jp/~kagiana/gcorn/p/19/

 

ncRNA資料庫

http://www.noncode.org/

 

引物資料庫

https://biodb.swu.edu.cn/qprimerdb/

 

中國微生物菌種查詢

http://www.biobw.org/

 

酵母突變體庫

https://www.genecompany.com/index.php/Home/Goods/goodsdetails/gid/13147.html

 

酵母基因組資料庫

https://www.yeastgenome.org/

 

Hmmer

https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/

 

植物基因組

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

 

蛋白質資料庫

http://www.rcsb.org/

 

抗菌肽資料庫

http://aps.unmc.edu/AP/main.php

 

在線工具

序列處理在線工具包

http://www.bio-soft.net/sms/

 

RNA二級結構預測

http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold

http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi

 

亞細胞定位預測

http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/

https://psort.hgc.jp/

https://www.genscript.com/wolf-psort.html

 

核定位信號預測

https://rostlab.org/owiki/index.php/PredictNLS

https://psort.hgc.jp/form2.html

 

基因共表達

http://www.coexpedia.org/

 

蛋白互作預測

https://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi

https://string-db.org/

https://www.iitm.ac.in/bioinfo/PPA_Pred/index.html

 

跨膜結構/信號肽預測

http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

http://phobius.sbc.su.se//

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蛋白質基本特性分析

https://wenku.baidu.com/view/3423a171951ea76e58fafab069dc5022abea4632.html

http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold

https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html

http://antheprot-pbil.ibcp.fr/

https://embnet.vital-it.ch/software/COILS_form.html

https://web.expasy.org/protscale/

http://life.nthu.edu.tw/~b861621/ExPASy.html

 

酶切位點分析

http://nc2.neb.com/NEBcutter2/index.php

 

蛋白質3D結構自動建模工具

https://geno3d-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/geno3d_automat.pl?page=/GENO3D/geno3d_home.html

https://swissmodel.expasy.org/

 

序列拼接

http://doua.prabi.fr/software/cap3

 

KEGG富集分析

https://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html

 

植物啟動子元件分析

http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=tssp&group=programs&subgroup=promoter

https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace

 

基因組雜合性

http://qb.cshl.edu/genomescope/

 

基因分析

https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost

 

circRNA注釋

https://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/

 

系統發育樹構建

https://itol.embl.de/

 

RNA注釋

http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/

 

sRNA注釋

http://www.plantsrnas.org/

 

序列標識

http://weblogo.threeplusone.com/

 

靶標預測

http://targetfinder.org/index.php/home

 

稀有密碼子分析

https://people.mbi.ucla.edu/sumchan/caltor.html

 

Open Reading Frame Finder

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

 

結構域預測

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

 

實時定量pcr數據標準化

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在線venny圖

https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/

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全基因組關聯分析

https://bigd.big.ac.cn/gwas/

 

Pfam

http://pfam.xfam.org/search#tabview=tab1

 

基因富集分析

http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/

 

基因結構繪製

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三元圖繪製

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圈圖繪製

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動植物細菌基因組注釋,蛋白質、RNA結構功能分析等等

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