值得收藏——10個蛋白結構分析預測和相關信號轉導網站

2020-11-29 科研資源分享

上期小編給大家介紹了疾病與基因突變相關的資料庫,今天小編為大家介紹幾個與基因產物——蛋白質相關的幾個網站,希望對大家有所幫助,感興趣的小夥伴可以收藏起來,也歡迎點讚和關注哦!

https://scansite4.mit.edu/4.0/#home Scansite可以幫助我們預測蛋白質內部的磷酸化位點、特定結構域結合區、序列查找、蛋白質分子量等等。網站提供基本的使用教程,感興趣的小夥伴可以瀏覽該網站,學習使用相關的工具。

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/ 這個網站可以進行真核蛋白中磷酸化位點神經網絡預測,主要是真核蛋白中的絲氨酸,蘇氨酸或酪氨酸磷酸化位點。同時可以對激酶特異性進行預測,是一個很有用的網站。

http://www.kinase.com/ kinase.com專注於對人類、酵母、蠕蟲和蠅類的蛋白激酶的分析。包括蛋白激酶的功能,進化和多樣性。蛋白激酶是細胞行為的關鍵控制因子,也是細胞信號通路重要的組成部分。研究細胞信號轉導方面的小夥伴可以收藏這個網站哦。

http://www.innatedb.com/ InnateDB在哺乳動物先天免疫中涉及的相互作用和信號反應這方面做得很好,當然也有其他特色。感興趣的小夥伴可自行訪問。

https://www.ebi.ac.uk/intact/ IntAct為分子交互數據提供免費的開源資料庫系統和分析工具。

https://thebiogrid.org/ 這個網站也是基於分子間的交互作用。

http://genome-www.stanford.edu/cellcycle/ 該網站側重於研究酵母細胞周期的分析。

http://gpcrdb.org/ 這個是G 蛋白偶聯受體 (GPCR) 信息系統網站,包含大量和G 蛋白偶聯相關的信息,可以收藏哦!

http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/ 這個網站針對哺乳動物蛋白中粘蛋白型GalNAc O-糖基化位點的神經網絡預測。

https://bip.weizmann.ac.il/index.html 這個網站是關於生物信息學和生物計算的網站,上面也有很多工具,可以幫助對蛋白質結構進行預測。

好了,今天的介紹就到這裡。希望能對小夥伴們有所幫助!後續小編會繼續推送精彩內容,敬請關注!

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  • 化學學院金長文課題組與合作者揭示G蛋白偶聯受體信號轉導多樣性的...
    ,並結合功能實驗和分子動力學模擬,揭示了GPCR信號轉導多樣性的分子機制。這項研究由北京大學化學與分子科學學院金長文教授課題組與清華大學、史丹福大學和德國埃爾朗根-紐倫堡大學的合作者共同完成。G蛋白偶聯受體(GPCR)家族是最大的一類膜蛋白家族受體,在視覺、嗅覺、味覺以及激素和神經遞質等信號轉導中發揮著重要的生理功能,同時也是關鍵的藥物靶標。
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    油菜素內酯BRs是一類類固醇激素,對於植物生長、發育和脅迫響應均有非常重要的作用。BR能夠被質膜類受體激酶在細胞外感知,從而激活互聯信號轉導級聯,導致BR響應基因的轉錄調控。TTL基因是一類陸地植物特有的基因家族,其編碼的蛋白在N端具有一段無序的區域,能夠發生蛋白-蛋白互作,中間存在6個四肽重複結構域,C端序列與硫氧還蛋白同源,所以TTL很有可能介導多蛋白複合體的組裝。
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  • JBC:科學家發現脫落酸信號轉導新機制
    ——SnRK2.6的激酶位點結晶結構,並從中發現了一種ABA信號轉導新機制,這將加深我們對於ABA下遊信號通路的理解。2009年4月,Science雜誌同期發表了兩個研究組的獨立成果,他們發現了同一家族蛋白PYR/PYL/RCAR(PYLs)是ABA的潛在受體。半年之後,包括清華大學顏寧教授領導的科研小組在內的來自中國、美國、日本、歐洲的五個研究組幾乎同時報導了有關ABA受體的結構生物學研究,證實了PYL家族蛋白是ABA的直接受體,並揭示了ABA調控PYL蛋白抑制下遊PP2C的分子機制。
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    科研過程中需要查閱大量的文獻資料以及要對試驗做一些預測,分析和處理,現將常用到的一些網站與大家分享,建議收藏,備用!
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    的操作使用進行詳細介紹,見《SWISS-MODEL預測蛋白三級結構》。Phyre2是一個可以對蛋白結構、功能和變異進行預測和分析的在線工具,Phyre2是Phyre的升級版本,主要使用遠程同源檢測的方法進行3D建模,預測配體結合位點和胺基酸變異影響(e.g., nonsynonymous SNPs)。據作者稱,每天有700~1000個用戶在用Phyre2分析預測(Kelley, 2015)。
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    Nature:中國科學家發現新的不依賴於TIR1的生長素信號轉導途徑研究背景:經典的生長素信號通路是指生長素與其受體TIR1/AFBs結合後, 能穩定其受體與生長素信號抑制因子Aux/IAA蛋白的互作, 且能夠泛素化降解Aux/IAA蛋白, 釋放出被Aux/IAA蛋白抑制的生長素響應因子
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