《未來之城》本片上映於1991年，是原初系列的最後一部電影，接下來的第七到第十部，則開始由下一代的原班人馬參演，好了話不多說一起看片吧，繁星閃爍的宇宙深處，突然發生了劇烈的爆炸，一圈圈的能量波紋迅速向著四方散去，而此時蘇魯指揮的精益號星艦正在返程之中，瞬間到來的能置波，讓精益號遭受了巨大的衝擊，在一切恢復平靜後，眾人很快發現這股能量，竟然來自克林貢人的能源衛星，而這顆衛星此時已在宇宙中化成了碎片，兩個月後星際艦隊總部召開了一次秘密會議，原來克林貢人對其衛星的過度開採，引發了衛星的爆炸，而這次爆炸汙染了克林貢的臭氣層，導致他們的氧氣五十年後就會耗盡，在生存面前，克林貢人急切地要求結束敵對狀態進行和談。
但如果和談成功，也意味著星際艦隊面臨解散，這一決定引起了卡特上將的不滿，原本保持沉默的柯克也認為，克林貢人不值得信任，但讓他沒想到的是，斯巴克卻自作主張，讓柯克出任和平大使，迎接克林貢總理高岡前來會談，散會後柯克表達了自己的驚訝與失望，他認為斯巴克的做法無疑是對他的背叛，因為克林貢人殺害了他的兒子，柯克寧願讓克林貢人自食其果，在太空中孤獨的死去，隨後柯克一行人不情願地來到了企業'，而此時船員中卻出現了一張新面孔，瓦肯人韋麗麗，她是一名局材生，深受著斯巴克的喜愛，接著企業號便駛離了太空港，而柯克則用語音記錄著他的航行曰志，他發誓自己絕對不會相信克林貢人，因為他們殺了他的兒子，永遠不能被原諒。
可一轉身韋麗麗卻出現在了房門，並告訴柯克，企業號已經與克林貢飛船會合，雖然柯克排斥這份任務，但他還是禮貌地邀請對方共進晚餐，接著克林貢人便如約赴會，為了招待客人，柯克還專門拿出了星艦禁止的酒釀，克林貢總理高崗也非常禮貌平和，但他的手下張將軍似乎非常好戰，他的話語讓氣氛變得緊張，不愉快的氛圍也蔓延開來，好在高崗總理及時解了圍，隨後克林貢人離開了企業號，早已疲憊不堪的柯克也準備休息，但就在這時，斯巴克卻通知柯克迅速前往艦橋，原來企業號突然檢測到輻射激增，緊接著一枚飛彈便從企業號發射出去，直接命中了前方的克林貢飛船，這讓柯克立刻命令船員查出原因，但攻擊並未停止，很快第二枚飛彈再次射出，這次攻擊導致克林貢飛船的，引力系統遛到損壞。
而這時兩個穿著引力靴的身影，被傳送到了克林貢飛船，他們毫不留情地將所有攔路者殺死，然後徑直來到了總理的房間，在總理也被擊殺之後，兩人便從容地傳送離開，隨後柯克便收到了張將軍的質問，他表示肯定會讓柯克他們血債血償，而柯克為了查清真相，隨即就下令企業號投降，並帶著麥考伊傳送到克林貢飛船上一探究競，克林貢人將他們帶到高岡的房間，由於克林貢的醫療官已被刺客殺死，所以麥考伊只能想盡辦法進行搶救，但無奈麥考伊並不了解克林貢人的身體構造，總理還是在他們面前咽了氣，接著張將軍便命令手下拘捕了柯克與麥考伊，隨後高岡的女兒繼任了克林貢總理一職，而為了人民和文明的延續，她向聯邦總統表示她會堅持參與和談，但條件是要求柯克留在克林貢審訊。
總理也安慰著自己好戰的下屬，希望他們不要有開戰的衝動，柯克肯定會為她的父親償命，之後對柯克與麥考伊的審判，如期在克林貢進行，但讓柯克沒想到的是，自己曾經在航行日誌裡記錄的，克林貢人不能被原諒的言論，居然被秘密錄下，並被當做證據呈現，聽見此錄音的克林貢人群情激憤，而柯克面對自己的話也沉默了，柯克和麥考伊隨後便被，判決發配到勞改星球上等死，得到判決結果的斯巴克震驚不已，他立即開始調查飛彈發射事件，而斯科特表示，企業號彈藥庫中的飛彈數量並沒有減少，於是斯巴克通過之前的畫面回放，推斷出發射飛彈的飛船，可能一直躲藏在企業號的下面，而且企業號上也有內鬼修改了發射記錄，接著斯巴克便下令搜查整個飛船，看看能不能找到引力靴的蹤跡，與此同時柯克和麥考伊，被放逐到了冰天雪地的勞改星球上。
在這裡要想進行懲罰，只需將人扔在地表，幾分鐘後他便會被凍死。而地下的大型礦場，聚集了來自各個星球，不同種族的重刑犯，這些人似乎早已聽聞柯克的大名，全都對他不懷好意，一名野豬人甚至直接揪起了柯克，想拿走他身上唯一保暖的毛皮大衣，幸虧一個名叫馬提亞的女子及時相救，柯克才得以擺脫麻煩，夜晚柯克跟麥考伊聊起了這次事件的起末，他無奈地承認斯巴克是對的，只有和平才能讓雙方受益，如果兇手繼續在和談中搗亂，那真正的戰爭將會打響，而這時馬提亞突然出現，她在柯克唇上印上了一吻，然後告訴柯克自己有逃離的方法，柯克與麥考伊在電梯井中，與已經化身為高大怪物的馬提亞匯合，在到達密道時，馬提亞居然又變身為小女孩，成功破除了枷鎖，接著她便帶著兩人爬出了礦洞，但地表寒冷至極，穿上大衣的三人只能在冰天雪地中艱難地前行，與此同時韋麗麗終於從，一名船員的衣櫃裡發現了引力靴，但這名船員根本就沒法穿上靴子，這讓韋麗麗相當失望，而在艦橋上，斯巴克卻發現了柯克身上追蹤器的信號，這表明柯克已經逃出了勞改星球的磁力軍。
於是斯巴克隨即命令企業號飛往了克林貢邊境，另一邊馬提亞在雪地裡打開能量棒，給予了三人一點點的溫暖，柯克卻在這時突然打了馬提亞一拳，因為他認為監獄中不可能有能量棒，馬提亞一定是用能量棒在通風報信，而馬提亞則突然變成柯克的模樣，並打暈了麥考伊，原來她就是想讓柯克與麥考伊，死在逃亡的路上，這一切都是事先計劃好的，而這時獨眼克林貢人也根據信號找到了他們，容不得兩個柯克解釋，獨眼直接開槍打死了其中一個，因為對他來說，所有知道內情的人都必須死，柯克雖然驚魂未定，但他還是向獨眼詢問這個陰謀的幕後主使，就當獨眼要說出一切時，企業號的傳送光束籠軍了柯克與麥考伊，並將兩人傳回了企業號，接著斯巴克告訴柯克，接著斯巴克告訴柯克，克林貢人的猛禽號可以在隱形狀態下發射飛彈，就是它向總理的飛船發起了攻擊，而引力靴也已經在企業號上找到，殺害總理的兇手就在這裡，而這時他們卻發現兩名兇手已被滅口，於是柯克和斯巴克想到了一個方法，他們假裝兩個兇手正在接受搶救，然後全船播報等著幕後主使來自投羅網，但讓斯巴克沒想到的是，這個兇手正是他最喜愛的韋麗麗。
這讓斯巴克憤怒不已，隨後韋麗麗接受了眾人的審訊，她堅定的認為，自己是在拯救星際艦隊，而且是克林貢人與他們一起合作，暗殺了想要和平的總理高岡，所以好戰的克林貢人根本就不值得信任，隨後斯巴克入侵了韋麗麗的思想，他們這才知道，原來卡特上將與克林貢的張將軍，串通策劃了這起陰謀，他們的目的就是挑起戰爭，因此在和談的會議上，他們還會繼續執行暗殺行動，這讓柯克驚訝不已，但韋麗麗也不知道和談的時間和地點，好在精益號的艦長蘇魯及時聯繫了柯克，並告訴了他和談的相關信息，於是企業號飛速趕往了和談地點，只是張將軍並不讓柯克破壞他們的陰謀，隱形的猛禽號很快就追上了企業號，並向企業號發起了攻擊，眼看企業號連連受創，就快無力支撐，關鍵時刻精益號及時出現，為企業號承受著攻擊，而麥考伊與斯巴克，則利用氣體偵測的原理改造了飛彈，讓發射出去的飛彈能自動探測到，頻繁吸入等離子氣的猛禽號，在這次攻擊下，猛禽號的隱形罩消失。
猛禽號的隱形罩消失，目標暴露在了兩艘星艦面前，於是蘇魯和柯克毫不留情地向它發起了攻擊，徹底摧毀了猛禽號，而在和談的會場中，狙擊手正準備執行暗殺任務，以便開啟新的戰爭紀元，好在柯克一行人及時趕到，柯克救下了正在發言的總統，斯科特則很快找到了刺客並成功幹掉了他，卡特上將也被傳送過來的蘇魯等人截獲，接著柯克揭露了渴望戰爭之人的罪惡面目，這讓克林貢總理感激不已，而柯克也表示，他們可以放下恩怨，擁有一個和平的未來，這樣的舉動贏得了會場連綿的掌聲，柯克也命令企業號向前進發，但這時艦隊總部卻通知企業號返回太空港，因為星際艦隊馬上就要解散，只是星艦上的眾人，對於企業號仍然依依不捨，於是柯克拒絕了總部的命令，帶著一眾船員，準備在太空中來一次告別航行，而這不僅僅是對企業號的告別，更是他們對迷人太空的致意，柯克一行人的故事或許已經結束，但人類對於太空的探索，卻永遠沒有盡頭，