沒有多大影響。
目前公認的結論是：沒有任何證據能夠證實蚊子消失會對已知物種造成實質性損害。
《自然》雜誌發表的一項研究認為：沒有任何物種完全依靠蚊子存活。
生物學家奧利維亞·賈德森（Olivia Judson）：提倡對30種蚊子進行滅絕，消滅這30種危害最大的蚊子，能夠拯救100萬生命，且只會減少蚊子家族1%的基因多樣性。
如果蚊子消失了，以蚊子為食的動物會減少一些數量，但不會滅絕。以蚊子授粉的植物也會減少，但不會滅絕。沒有哪種生物是完全依靠蚊子而生存的，所以蚊子消失了對生態系統的影響不大。
很多人討厭蚊子是因為部分蚊子會叮人吸血，尤其是在夏天，煩人的蚊子嚴重影響人們的生活質量，所以很多人都希望蚊子通通消失，甚至網上有句名言——「萬物皆有靈，但蚊子除外」。但蚊子最大的危害可不只限於叮人吸血，而是在叮人吸血的時候傳播疾病，蚊子家族傳播的疾病有登革熱、瘧疾、黃熱病、寨卡病毒、基孔肯雅熱等，每年能導致超過70萬人死亡。甚至比爾·蓋茨都發文陳述蚊子的危害，並表示蓋茨基金會正致力於減輕蚊子造成的傳染病危害。
我們通常所稱的蚊子，是指昆蟲綱-雙翅目-長角亞目-蚊科的物種，約有3500種，但是會叮人的蚊子只有200種左右，大部分蚊子是以吸食花蜜、植物汁液和果汁為生的，會叮人的蚊子裡，也只有雌性蚊子會叮人。能傳播致命疾病的主要是瘧蚊屬、伊蚊屬、庫蚊屬和絨蚊屬的部分種類，如果能消滅瘧蚊屬那些攜帶感染性瘧原蟲的種類，就能消滅瘧疾，每年可以挽救數十萬人的生命。
國外的網友對蚊子滅絕的問題也很感興趣，Quora網站上有人就提了這樣一個問題——如果我們能消滅地球上的蚊子，那將帶來什麼樣的結果？臺大昆蟲學系助理教授Matan Shelomi（中文名薛馬坦）就給出了解答，他詳細分析了蚊子的利弊、消滅蚊子的風險以及消滅蚊子的方法。關鍵的幾段話如下：
蚊子的清除是否會損害蚊子捕食者？不會。蚊子並不是這些生物的唯一食物來源。
有沒有什麼植物是依賴蚊子授粉的？有，很多，但其中大部分植物（比如一枝黃花屬）也可以由其他昆蟲授粉。
蚊子中並不存在所謂的「關鍵物種」（keystone species）。沒有哪個生態系統會因為蚊子的消失而崩潰。唯一的例外可能是北極苔原，但那裡的蚊子種類不會傳染疾病，可以保留下來。
蚊子被消滅之後留下的空白（生態位）將被其他生物補上。最可能會發生的是，蚊子會被長角亞目除蚊科以外的其他類群，包括蠓科、蚋科、蛾蚋科、網蚊科、癭蚋科、幽蚊科、搖蚊科、細蚊科、山蚋科等科的物種所取代。這些物種當中某些雌性個體也會吸食人血。少了蚊科的競爭者，以及可能變得更少的捕食者，這些類群的物種可能會迎來數量爆發。而原本捕食蚊子的動物也會轉而捕食這些類群。
按照薛馬坦的觀點，消滅蚊子對生態系統沒有太大影響，但是蚊子消失後空出來的生態位會被其他近似物種快速補上，這些物種也是會叮人吸血的，就比如一個惡人被制裁了，還會冒出來另一個惡人。而原本捕食蚊子的動物也會捕食這些物種，生態系統重新達到平衡狀態。
所以指望消滅蚊子之後就不會再受叮咬之苦是天真的想法，人類數量眾多，分布廣泛，是某些動物最喜愛的食物來源，蚊子消失了，還會有其他和蚊子一樣討厭的傢伙來叮人。
但消滅整個蚊子家族太難了，可以先考慮消滅危害最大的那一些蚊子，不咬人的蚊子就不用去管。如何消滅危害性較大的蚊子物種，國內外都有不少的研究成果。
中國科學家奚志勇帶領團隊向登革熱疫情嚴重的廣州沙仔島和大刀沙釋出了兩億多雄性亞洲虎蚊（白紋伊蚊），這些蚊子通過感染三種不同的沃爾巴克氏體細菌而失去繁殖能力。他們還給雄蚊子餵了糖，使其更大更強壯，對雌蚊子的吸引力更強，與這些雄蚊子交配後的雌性產下的卵不會孵化。兩年之後當地野生蚊群基本消失，當地人被蚊子叮咬的記錄下降了96%。
絕育蚊子、以蚊滅蚊的方法取得了初步效果，未來有望在更大範圍推廣，以減輕蚊子叮咬傳播的疾病危害。