既然進化是生物之間相互聯繫和秩序的根源，我們希望分類系統能適得其所，很好地體現它。通過逐級分類，就有助於達到這一目標。這一系統能容納很深的內涵範疇，可以清晰地體現生命之樹的拓撲結構——小枝聚在一起成為樹枝，樹枝一起成大枝，大枝連樹幹。（就如人與猿和猴子聚在靈長目之下，靈長目動物和犬在哺乳動物之下，哺乳動物和爬行動物在脊椎動物之下，脊椎動物和昆蟲在動物之下，諸如此類。不過，既然林奈等在達爾文之前的生物學家也使用逐級分類系統，進化就不是這一系統可以體現的唯一秩序根源。
但是，以分化為形式的進化，確實可以被解釋為從共同的祖先類群開始逐步分枝的過程。而形成的拓撲結構，唯有逐級分類系統體現得最好） 現代分類學認同七個基本層次，從種（被認為是不可再低的基本進化單元）到界（內涵範疇最深的群組），從低到高，依次為——種、屬、科、目、綱、門、界。 最高一級是界。在這一級，最早被認為只有動物和植物之分。過去的學校裡教的，是分為動物、植物和單細胞原生生物。現在，這些被更方便，更準確的五界系統取代，即植物界（Plantae）、動物界（Ammalia）、真菌界（Fungi）（三者皆為多細胞生物）、（具有複雜結構的單細胞生物的）原生生物界（Protista）〔或原始有核界（Protoctista）〕、（沒有細胞核、線粒體及其他一些細胞器的單細胞生物的）原核生物界（Monera）（細菌和藍藻）。 下一級是門。
門是界以下的基本區分單位，它體現了同一類群的基本解剖學構型。例如在動物中，具有相同典型特徵的最大基本類群被定義為門，像海綿、「珊瑚蟲」（包括水螅型的珊瑚蟲和水母）、環節動物（蚯蚓、螞蟥和其他海洋多毛類動物）、節肢動物（昆蟲、蜘蛛、龍蝦等）、軟體動物（蛤、蝸牛、魷魚）、棘皮動物（海星、海膽、沙錢）、脊索動物（脊椎動物等）。或者說，門代表了生命之樹的骨幹。
本文探討的是動物界的早期歷史，議題集中在門類的起源、最初的數量，以及門類之間的差異程度，我們要問的是有關我們動物界組成的最根本問題——如今地球上的動物有多少個門類？ 對這個問題的回答不一，因為這個問題包含了一些主觀因素。（物種是自然的基本單元，生命之樹末端的小枝是客觀的，但樹枝要多大才算得上是大枝條？）儘管如此，我們達成了一種共識，門類的體量要大，易區分。大多數教科書認可的動物門類有20～30個，現在最好的分類綱要列出的有32個。
那是一本專門定義和描述門類的書，它估計的數目比其他的要多。動物的門類，除了上面已提到的7個類群，還有櫛水母動物門（Ctenophora）、扁形動物門（Platyhelminthes，即扁形蟲，包括在實驗室常見的渦蟲）、腕足動物門（Brachiopoda，雙瓣殼無脊椎動物，常見於古生代化石中，現在已很稀少）、線蟲門（Nematoda，蛔蟲一類的動物，身體不分節，蟲體通常細微，大量存在於土壤之中，也有一些是寄生蟲）。 專門用這麼大的篇幅解釋，用意何在？
再看看伯吉斯頁巖，大家很快就能歸納出來——在伯吉斯頁巖，區區一個不列顛哥倫比亞的小小採石場，15～20類動物之間的差別如此之大，與如今的動物天壤之別，以至於每一種都能成其為一個門類。給予單一物種如此之「高」的地位，我們有所猶豫。按傳統，要發生數以百計的物種形成事件，而且每一次都要產生一點顯而易見的差別，最終結果才能形成一個門類。
所以，如果沒有大量周而復始的物種形成事件，沒有集聚極其豐富的多樣性，這樣一個類群的解剖學構型就不足以達到卓爾不群的水平，該類群也就無法成為一個獨立的門類。以這種慣常觀點為標準評價，伯吉斯頁巖動物各自單獨成一門類的理由，要麼不對，要麼不充分——一個僅包含一種或幾種物種的譜系，其趨異程度遠遠不足以被認定為一個門類。但是，que faire？——該怎麼辦？伯吉斯頁巖動物的15～20種構型之所以各成一門，是因為其解剖學結構的獨特性。我們必須承認這一非同尋常的事實，不管最終決定給它們什麼樣的名分。