消旋及其反應機理
多肽合成過程中，部分胺基酸在活化的過程中會導致不同程度的消旋，特別容易消旋的胺基酸有：Cys，His，當然這些消旋化還和溶劑，溫度以及多肽合成中的有機鹼等因素有關。對於這些胺基酸，昂拓萊司生物，通過採用gao效縮合試劑（例如HATU），減少反應時間，可以減少消旋的比例。固相合成中不適用Wang resin，選用CTC resin作為載體等。一般條件選擇適當，消旋化都可以控制在 5% 以內。
D-G重排
D-G重排既是Asp-Gly在多肽合成中，Fmoc脫除的時候甘氨酸的氨基會和天冬氨酸的側鏈成環。解決這個重排反應辦法有；在脫保護時，在脫除液中加入HObt或者dinitrophenol來減少重排。要完全避免重排則可以在甘氨酸和天冬氨酸之間引入Hmb。（昂拓萊司生物提醒：Hmb還可以在合成中肽鏈縮聚嚴重的合成反應中引入它減輕縮減現象。）
DKP 反應 （內成環）
DKP 副反應出現在 Fmoc-Wang 樹脂合成過程中，主要出現在第 一個胺基酸為 Pro 的時候，當第 二個胺基酸脫 Fmoc 的時候，α- 氨基被游離出來之後，立即對 Wang 樹脂的苄酯鍵進行分子內胺解，生成衍生物，同時從 Wang 樹脂上釋放出來，導致反應終止。該反應很迅速，文獻報導採用 50% Pip/DMF，脫 1min，4min 的條件，但是昂拓萊司生物實驗證明在多數情況下，即使是 1min 左右反應就吵過了 20%。因此一般在第 一個胺基酸為 Pro 的時候，建議採用 2-Cl-Trt 樹脂合成，由於該樹脂較大的空間阻力，可以完全避免該副反應。這個副反應在 BOC 策略合成過程中，卻可以完全避免，因為 BOC 在使用 TFA 脫除後，使氨基以 TFA 鹽的形式存在，從而失去了親核性，不能進攻苄酯鍵。
固相合成難合成序列
固相多肽合成中也經常遇到多肽合成失敗或合成效率很低的問題，這裡面的主要原因是由於多肽序列引起的，因為有些多肽序列在樹脂上形成 β-摺疊，改變了樹脂的溶脹性能，還有可能將反應的活性位點埋藏在樹脂裡面，這樣使得反應很難進行，目前昂拓萊司生物使用的主要方法有：
①使用混合溶劑，DMSO/DMF，6N 胍啶/DMF 溶液
②反應溫度變高，或採用微波方法
③使用高離液鹽，LiCl，NaClO4 等。
④使用溶脹性能更好的 PEG-PS 樹脂，或者減少樹脂擔載量（0.05-0.2 mmol/g）
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