一、臺灣「原住民」的認定與被認定
1603年明朝陳第《東番記》中，將臺灣原住民稱為東番；當時在臺灣殖民的荷蘭政府，則依先前在馬來西亞殖民的經驗，稱臺灣原住民為Indias或Blacks。
18世紀初，清朝政府用「生番」定義不服從清政府的原住民，而「熟番」則指被漢文化同化，並服從清朝政府的群體。
19世紀末又稱「平埔番」和「高山番」，和熟番、生番交替使用。日據時期，日本人類學家也使用這個分類系統。
1898年，人類學者伊能嘉矩才提出了新的分類，分為4群8族11部，並說明各族的分布區域與文化特質。
1990年代初期，日本以平埔族代換之前的平埔番、生番，用高砂族代換之前的高山番、生番。而高砂族又被分為泰雅族、布農族、鄒族、賽夏族、排灣族、卑南族和阿美族。雅美族（後來的達悟族）和魯凱族稍後加入，成為臺灣原住民的傳統9族。
日本學者也有如土田滋者，以語言為判準，將臺灣原住民分成高山族和平埔族兩大類。前者含住在高山地區和東部的9個族。後者包括原居於臺灣北部和西部平原，現已幾近消失的十個族：凱達格蘭族、噶瑪蘭族、道卡斯族、巴宰族、巴布拉族、貓霧捒族、洪雅族、邵族（水沙連）、西拉雅族和猴猴族。
臺灣光復後，政府用平地同胞和山地同胞取代之前的日本的分類，又延用了日本的9族分類法。但去除了平埔族。
原住民文化復興後，各族爭取正名。邵族、噶瑪蘭族和太魯閣族分別在2001年、2002年和2004年被認可。撒奇萊雅族則是在2007年被認可；而賽德克族則在2008年被認可（先前撒奇萊雅族被歸類在阿美族，而賽德克族則被歸類在泰雅族）。2014年再增加拉阿魯哇族和卡那卡那富族（先前都被歸類於鄒族）。故現今有十六族。
其他目前正在推動申請認可的原住民族還有基模族（Chimo）、卡卡布族（Kakabu）、馬卡道族、巴宰族和西拉雅族等。
二、跟大陸關聯起來的臺灣少數民族
臺灣光復後，國民政府用平地同胞和山地同胞取代之前的日本的分類，其意義是把本來視為泛漢文化之外的民族，視為「同胞」，納入一個大的「中華民族」體系中。
但這時整個臺灣少數民族只是一個「高山族」（目前雖臺灣早已發生重大變化了，大陸卻因仍固守「中國五十六個民族五十六朵花」的認定，所以仍僵化地維持著一個「高山族」的籠統概括。。
同時，光復以後也須要從族源上說明臺灣少數民族與大陸本來就是有淵源、甚至是一體的。認為臺灣人的主要族源是大陸南方的古越人。「從古至今，他們與同是古越人後裔的一些南方少數民族之間，不僅保留了不少相同的生活習慣，還保留了許多相同的民情風俗，充分說明二者之間血濃於水，同根共祖的關係。」
「祖國的寶島臺灣在遠古的時候，原來和大陸連為一體，後來海平面上升，它才成為一個海島，所以兩者之間動植物的種類大致相同。從臺灣島發掘出來的動物化石證明，大象、犀牛、野鹿、劍齒虎等，它們本來生活在祖國大陸南部，是在遠古時期通過連接海峽的大陸橋到臺灣的。臺灣先住民也不是島內土生土長的，而是從大陸沿海地區渡海過去的，與中華民族血緣相通。先住民至今還保留著與大陸南方相同的民俗習慣，就是最直接的證明。」
這類觀點，看起來有點政治功能的考慮，但其實有學術支撐，不可抹煞。乃是延伸早期凌純聲先生等人的研究。
凌先生《東南亞古文化研究發凡》中認為，東南亞古文化圈分布的區域，除了包括東南亞的半島和島嶼，還有中國大陸的部分，即北起淮河秦嶺，東達於海，橫過中國中部和南部，西經滇緬，而到印度的阿薩姆。這一大區域又可分為三個副區：大陸區、半島區、島嶼區。東南亞古文化起源於中國大陸，向南遷移，和當地文化混合，其後又有其他文化傳入，因此各區的文化層次不同。
凌先生主要根據文化的特質與古史，特別是三國時東吳沈瑩所著的《臨海水土志》，來證明臺灣土著與古代閩越人是同一文化系統。即臺灣土著並不是新入的馬來系，而是在古代與原來廣義的苗族為同一民族，居於中國大陸長江之南，屬於同系的越濮（或越獠）民族，今稱之印尼或馬來族。從文化的特別質上來看，臺灣土著，也保持著閩越古文化的許多特質，如：獵首、文身、缺齒、拔毛、口琴、織貝、卉服、貫頭衣、腰織紡織、父子連名、親族外婚、老人政治、年齡分級、靈魂崇拜等。
另外， 張光直、格雷斯（G. Grace）與索爾海姆（W. G. Solheim）合作《馬來-玻里尼西亞語族的遷移史：公元前1500年至公元500年之間》，也以考古學與語言學結合起來探索華南與太平洋群島之間土著居民遷徙的路線、年代，開始將華南的繩紋陶文化與「南島語族」祖先聯繫起來。
然而，依此觀點，發展下去，卻漸漸形成兩種不可的思路，值得商榷。一是現今大陸的態度。有些人並不接受「臺灣原住民」一詞，強調正確的定義應是「臺灣先住民」。因為：
①這種說法不科學。小小的海島上不可能形成原始人類，臺灣在上古時代即使有人類活動，也是從大陸走過去的（臺灣過去與大陸相連，臺灣海峽被海水淹沒只是萬年之內的事）。只能稱為東亞大陸原住民，而不是臺灣原住民。
②與歷史事實不符。臺灣先住民源出大陸東南地區的古越人，證據確鑿。
③此說是模仿西方殖民者的說法，對臺灣先住民有歧視之意。歐洲人到了非洲，可以說尼格羅人是非洲原住民；到了美洲，可以說印第安人是美洲原住民。因為西方殖民者與殖民地的土著不是一個種族，不是一個民族。我們對臺灣先住民就不能如此稱呼，因為我們同是中華兒女，只不過到達臺灣的時間不同，他們先去，我們後去。最合理的稱呼是臺灣先住民。
有些人說：臺灣大坌坑的遺址跟我們福建福州沿海的遺址發現，文化面貌陶器比較接近。1968年以後，在臺東、臺南等地多次發掘出了大量黑陶製品，與大陸出土的同期的黑陶非常相似。
另有些人說：臺灣先住民和南方一些少數民族之間有許多共同的風俗，如男用口琴，女用鼻簫來表達心聲，這是古越人和他們的後裔經歷幾千年不變的風俗等等。
三、自成祖宗的南島民族論述
另一種是臺灣在李登輝主政時期開始的新論述。說臺灣原住民屬於南島民族，不但與大陸無關，而且是所有全世界南島民族的原鄉、祖宗。所有南島民族都是由臺灣遷移出去的。
論證方式各式各樣，例如從植物說：
（中央社記者陳至中臺北電）臺灣大學一項研究證實，臺灣是常見於大洋洲島嶼的「太平洋構樹」的原鄉，為南島語族「出臺灣說」找到有力證據。
這項研究由臺大森林系副教授鍾國芳領導的團隊，發表於最新一期的「美國國家科學院（PNAS）」期刊，獲得國際重視。
研究團隊指出，分布於太平洋島嶼的「南島語族」，來源重說紛紜，根據考古、語言學、人類遺傳學等證據，不少學者支持「出臺灣說」，也就是認為臺灣是南島嶼族的原鄉，但在物種上，還沒能找到有力證據。
鍾國芳將目光放在大洋洲島嶼常見的「太平洋構樹」上，也就是臺灣俗稱的鹿仔樹。南島嶼族在各島遍植構樹，取其強韌的內皮造成「樹皮布」，成為代表性的物質文化。
研究團隊分析來自臺灣、中南半島、印尼、菲律賓、大洋洲等地超過600個構樹樣本，發現在蘇拉威西、紐幾內亞及遠大洋洲等島嶼上，南島語族以根部萌櫱無性繁殖的構樹都，帶有與南臺灣構樹相同的葉綠體基因單型 (haplotype)，以此證明臺灣是「太平洋構樹」的原鄉。
研究團隊指出，上述構樹的研究，是第一個以民族植物學角度，佐證南島語族「出臺灣說」，見證臺灣在南島研究的重要性。
這是從植物角度論証的，另外更多的是從語言。認為：
南島語族包含800多種語言，可分為東、西兩支︰大洋洲玻裡尼西亞、密克羅尼西亞、美拉尼西亞三大群島，及紐幾內亞東部，屬東支。馬來亞語、印度尼西亞語、爪哇語、菲律賓語等，則屬西支。臺灣南島民族的語言，傳統上歸屬西支，但亦有學者認為︰可以獨立為「福爾摩沙支」。南島語的使用人口，大約兩億；分布於東至復活島、西迄馬達加斯加、南達紐西蘭、北到中國臺灣之間廣大洋面的島嶼上，約佔地球表面的2/3地區。臺灣不僅是南島語族分布的最北端，語言學家甚至認為︰南島語族的起源地是臺灣。
這類論證可詳李壬癸、林英津編《臺灣南島民族母語研究論文集》等文獻。李先生是其中大將， 2006年甚至因此當選為中央研究院院士。
另一種流行的論證是遺傳學式的，例如：楊茂年《臺灣原住民MICA基因之遺傳人類學研究》，慈濟大學人類學研究所學位論文，2007。張佩琪《臺灣原住民親緣關係之探討:以體染色體偽基因序列之比較》，慈濟大學人類遺傳學研究所學位論文，2005。朱家琳《臺灣原住民Y染色體微衛星基因座之遺傳人類學研究》，慈濟大學人文社會科學學刊，2005。林佑憲《以偽基因序列研究臺灣原住民之親緣關係》，慈濟大學人類遺傳學研究所學位論文，2005等等。
此外還有以海峽兩岸漢民族與南島民族的膚紋資料來比較異同的，如陳堯峰、張海國《海峽兩岸漢民族與南島民族膚紋之比較》等。