生物肥：也就是微生物菌肥，是現在在設施農業上常用的一種肥料。
優點：微生物菌肥可以改良土壤的微生物環境，增加土壤生物菌量，改善土壤中的一些固定的營養元素，促進農作物根部對養分的吸收。
缺點：微生物菌肥雖然也叫做肥，但是卻並不具備任何營養元素，只是充分活化了土壤原本就含有的養分，所以無法長時間為作物提供養料。
有機肥：
優點：有機肥中含有豐富的腐殖酸和有機質，所以對於土壤的理化性質有著非常大的改善作用。而且有機肥中的養分含量非常豐富並且可以直接參與作物的新陳代謝，被直接吸收利用。有機肥中的有機酸可以讓土壤中的難溶性礦質元素變成可溶性被作物吸收。
缺點：有機肥雖然養分全面，但是養分含量比較低，而且肥效比較慢，所以對於改善土壤環境有大用處，但是對作物增產效果不是特別明顯。
化肥：
優點：化肥養分含量比較高、肥效快、對作物的增產效果明顯、投入成本也相對較低。
缺點：化肥缺點也比較明顯，比如養分單一，容易揮發，利用率比較低，一旦使用方法不當就極易產生肥害。
至於多種肥料之間的配合，需要知道的是有機肥可以和多種肥料搭配並充分發揮它們的肥效，而化肥和微生物菌肥之間儘量不要混合使用，因為化肥會對菌肥中的微生物的活性產生危害，導致菌肥失效。