有機肥是富含有機質肥料的統稱，它主要包括農家肥、人糞尿、各種禽畜類圈肥、各種綠肥、堆肥、農作物秸稈、柴草、落葉、沼肥等，當然也包括商品有機肥。
植物（包括果樹）不能直接吸收利用植物秸稈、落葉雜草、樹皮等有機物質，果樹吸收利用的是有機物質經過腐熟、分解後形成的腐殖酸、胺基酸等。所以嚴格的說，未經發酵腐熟的人糞尿、各種禽畜糞、樹枝、農作物秸稈、柴草落葉等，只能叫做有機物，不是有機肥。就好比生的米、面、油、肉，只是食物，不是食品，更不能直接食用。
作物生長不光需要氮、磷、鉀等無機合成營養和礦物質營養，更需要腐殖酸、胺基酸等有機營養。有機營養是連接植物、土壤、土壤微生物和植物營養的紐帶，處於植物營養的中心位置。
有機營養的主要作用有：
（1）直接參與植物新陳代謝。植物可以直接吸收簡單糖類、胺基酸、腐殖酸等有機物，這些有機物直接參與到植物內部轉化、代謝、合成等生物化學過程。
（2）提高礦物質元素有效性和肥料利用率。腐殖酸中大量的有機酸類等，使土壤中難溶性礦物質養分轉成可溶，有利於同親脂性和細胞膜親和，提高礦物質營養元素的有效性。
（3）提高作物抗性。腐殖酸中水溶性多糖可調節植物細胞質濃度，降低冰點使植物抗寒，生物鹼、酸類物質抵禦或殺滅病原菌和有害昆蟲，增強植物抗病蟲能力。
（4）激活、增加土壤有益微生物。腐殖酸為土壤微生物提供了充足的營養，使土壤微生物種群和數量增加。
（5）改善土壤理化性質。腐殖酸中的活性有機物和土壤礦物質形成有機膠體，促使土壤團粒結構形成，可全面改善土壤水、肥、氣、熱狀況。
施用生物菌肥，增加土壤生物菌量，活化土壤，增加土壤養分的利用效果。生物菌肥可在植物微生物代謝循環中起催化作用，能促進土壤團粒結構的形成，改善土壤內部空隙空間，增加土壤生物活性，增強速效性養分的釋放，有利於根系生長，提高植物的抗逆性。生物菌肥與有機肥配合使用效果最好，有機肥提供有機質，生物肥提供有益微生物，另外有機質是微生物的食物，土壤中有機質越多微生物才能活的更好！
有機物為有益微生物提供大量食物，有益微生物促進有機肥的腐殖，二者搭配施肥，相互促進，取長補短，相互利用，可以改良疏鬆土壤，提高土壤的透氣性、保水性，增強根系的吸收能力，提高肥料利用率，從而降低化肥的施用量。
無機肥料是通過土壤中有機質的分解、轉化、間接供作物吸收，而有機質的增加又促進土壤活性的增加，給微生物創造了生存活動、繁殖的空間，反過來生物菌的大量活動又激活了土壤活性，形成對土壤十分有利的良性循環。
隨著有機物的增加，作物的抗逆能力也隨之增強，同時把土壤中殘留下來的無效磷、無效鉀變為有效磷和有效鉀，供作物吸收利用，這樣可減少化學肥的用量，提高肥效，降低成本。