◢ 類毒素
最常用於疫苗的兩種毒素是白喉和破傷風，分別由白喉桿菌和破傷風梭菌生產。兩種疫苗的生產有嚴格的法規要求，以確保疫苗的安全性及效力。
白喉類毒素疫苗的傳統生產步驟包括液態培養基培養用於類毒素生產的白喉桿菌，懸液離心後，膜過濾處理含有外毒素的上清液，添加福馬林，將毒素轉化為類毒素。TFF是從細胞上清液中分離純化白喉毒素最常用的方法，可在相對較短的時間內處理大體積的培養液，工藝規模放大簡單，並可完整監測和優化。如使用0.65μm TFF，總面積0.58m^2的膜可在3h內處理56L的收穫液，且不造成毒素損失。
破傷風疫苗的製備是將破傷風毒素經福馬林處理後，獲得無毒性但不損失免疫源性的類毒素。其中，從發酵液中分離細胞的過程傳統上常使用離心和死端深層過濾，但兩種方法都非常耗時，且回收率較低。為了簡化操作，提高產量，並降低操作人員風險，很多生產商現在都在積極向可拋棄型設備轉移，如可拋棄型囊式或深層濾器。
而TFF微濾也是最為可行的替代方法之一，且膜生產批次間可保持質量的高度一致性，從而可簡化在GMP環境下的驗證，與深層濾器等相比更具便利性和經濟性。報導顯示，可使用0.2μm的TFF組件對破傷風料液進行常規初步澄清，毒素過膜性良好，回收率在處理批次間保持較高穩定性。
◢ 質粒DNA疫苗
目前，已有上市的獸用質粒DNA疫苗，同時，多種人用質粒DNA疫苗也正處於研發或臨床評估等不同階段，其生產一般是在E.Coli發酵後，收穫細菌，裂解後釋放質粒DNA產物。細胞碎片一般通過離心或過濾去除。
質粒DNA疫苗工藝通常包括兩步澄清：初步澄清是從細胞培養液中分離細菌細胞，二級澄清是從細胞裂解液中去除細胞碎片。根據處理規模的不同，細胞收穫可使用離心或TFF微濾，但離心常會在其工作過程中形成較大的剪切，導致超螺旋質粒收率下降，所以，傾向於使用0.1μm或0.2μm的TFF微濾膜，特別是中空纖維組件，因其對高固含量料液的處理能力較高。
通常情況下，TFF工藝過程包括3-5倍濃縮及3-5體積洗濾。為降低剪切，並控制膜極化，推薦對濾液進行控制。相比離心，過濾設備更輕便，操作也更簡單。此外，針對特定的料液，還可添加絮凝劑進行預處理，以提高後續純化效率。
細胞裂解會形成含有大顆粒、細胞碎片、可溶性雜質、膠狀顆粒及pDNA的高粘度複雜料液，使分離澄清非常困難，使用TFF進行處理時，可在較低的流速和壓力條件下進行，以避免雜質進入膜孔，形成堵塞。
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