生命的起源

2021-01-20 凌哥雜談



量子力學奠基人之一的薛丁格在他的著作《生命是什麼》裡說:生命以負熵(熵是無序狀態的度量)為生,從環境中抽取有序,來維持系統的組織和運行,往外界排放更多的熵(無序)。


生物學裡,把生命定義為一種可以繁殖,可以遺傳和變異,存在新陳代謝的半封閉物質系統。


既然生命只是一種特殊的物質系統,那麼它們其實和非生命物質並沒有本質區別。現在生物學家都相信生命最早是從非生命物質轉化而來的。問題是,它是怎麼轉化的呢?


一般認為生命三要素中先出現新陳代謝,有了新陳代謝複製才有意義,然後才是遺傳和變異。



但是生命存在的先決條件是必須要有脂類物質,胺基酸,蛋白質,核酸這些基礎的有機化合物。46億年前地球剛誕生時,到處是巖漿,地表溫度非常高,這種環境下肯定不可能存在這些物質。隨後地球溫度下降,出現海洋,這些物質會不會自然地產生呢?



20世紀50年代,當時還在讀博士的米勒,在一個封閉的實驗系統裡放入一些無機物,通入模擬的原始地球大氣,利用電極放電模擬閃電。經過一周的實驗後,他發現實驗裝置裡有10%-15%的碳變成了有機化合物,其中2%是胺基酸。從而證明在原始的大氣環境下,可以自然地產生像胺基酸等簡單的有機物。這個實驗就是我們中學都學過的米勒實驗。(有意思的是在這個實驗是米勒在讀博的第一年做出來的,接下來他的整個博士階段並不是繼續往這方面研究,而是花在了怎麼證明那些有機物濃湯裡確實有胺基酸。因為當時生物學家懷疑他的實驗結果,而當年的技術下,要證明存在胺基酸不容易)


中學學過的米勒實驗



我們現在知道自然環境下,生成胺基酸,脂肪酸,糖類和嘌呤(DNA中的A和G都是嘌呤)都是很容易的。但是嘧啶(DNA裡面的T和C都是嘧啶),核苷酸,核糖以及長鏈脂肪酸很難自然形成。



假設這些物質都已經具備,還有另外一個問題,DNA,RNA複製需要酶(一種蛋白質,是生物反應的催化劑)。但是製作酶又需要DNA,RNA。這是一個先有雞還是先有蛋的問題。


諾貝爾化學獎得主艾根通過計算發現,沒有酶的幫助,自然環境下RNA或者DNA大概只能自發生成100個核苷酸的鏈條,也就是只能編碼30多個胺基酸(3個核苷酸對應1個胺基酸)。但是酶一般有幾百到一千個胺基酸,沒有酶的催化作用,RNA,DNA複製出錯率會非常高,以至於根本無法正確複製自身。


為了解決這個問題,艾根和舒斯特於1979年提出了超循環理論。超循環是一組常微分方程,見下圖(如果現在手機背景色是黑色,會看不太清,請點擊一下圖片)。

超循環反應示意圖


這張圖中每個點,比如I1,I2都是一種化合物,每個小圓圈代表它們可以自己複製自身。I1指向I2,I2指向I3這些箭頭的意思是:I1也可以作為原料生成I2,以此類推。轉一圈I5又可以作為原料生成I1.這個大的循環叫做超循環。在這種循環的增強作用下,是有可能生成較複雜的有機化合物的,比如長鏈條RNA,DNA。



 

不過這個理論有一個致命的缺陷,反對者認為根據博弈理論,這種反應能長期維持須有一個前提條件:就是大循環中的各個反應是誠實的合作者,而這種狀態會被自私的反應所破壞。大家也許聽說過自私的基因,自私的反應其實原理類似。為了幫大家更好地理解,我打一個比方。

 

假如中日韓合作生產一種工業晶片。三國中,只有日本能生產必須的原料,日本必須無償地把原料輸送給韓國。三個國家中,只有韓國能利用日本提供的原料來生產晶片,生產出來的晶片必須無償地給中國。只有中國有加工廠能把晶片加工成電子產品。中國加工出來的電子產品也要無償地給予日本。而日本必須利用這些電子產品才能生產更多的原料。超循環就類似於這樣的合作。如果合作順利,這是多家共贏的。但是如果整個循環中有一個環節的化學反應變得很自私,比如日本把原料無償地給了韓國,如果韓國不選擇生產晶片再無償給中國,而是選擇賣給美國。那麼整個循環鏈條就斷了。日本生產原料無償給韓國對自己沒有實際利益,所以慢慢地願意無償輸送原料給韓國的企業就倒閉了。剩下的企業會選擇讓原料自己低效的複製自身。


所以因為存在自私的化學反應,無私的化學反應一定會被自然選擇淘汰。這有點類似於生物的進化,只不過這是在非生命的層次的自然選擇。



為了解決這個問題,科學家提出這種超循環反應必須是封閉的。在自然海洋中,超循環反應是開放式的,很容易被自私反應破壞。但是假如超循環反應是封閉式的話,就解決了上述的問題。假如中日韓必須只能沿著上述的路線貿易,且不允許與第四國貿易。那麼為了得到更多商品,它們自然不會做出背叛行為。


那什麼情況下超循環反應是封閉的呢?如果這些物質都被某種脂類油膜包裹著,那麼它們不可能跟其他外界物質進行交換。只有大家無私合作,才能實現共贏。如果某個反應變異成自私的反應,這樣對整個小液滴整體是不利的,它們會很快被其他小液滴淘汰。這有點類似人體,每個細胞必須無私合作才能使得整個人體變得更成功,如果某個細胞變異成自私的細胞,拼命複製自己(也就是癌變),那麼作為整體的人會很快被淘汰掉。所以封閉環境是必須的。


雙層磷脂在自然環境下就能形成小液滴




不過還有一個問題,物質是不能憑空產生的,沒有物質交換,小液滴裡的化學反應也不能持續進行。所以科學家認為原始的小液滴必須是封閉並且允許物質交換的。其實生物細胞就是這樣的,我們身體裡的細胞雖然是封閉的,但是有嵌套在細胞膜間的離子通道和跨膜蛋白負責和外界交換物質。


但是原始小液滴沒有複雜的蛋白質,這是怎麼做到的呢?科學家認為原始的細胞應該是一種浮在水表面的小液滴,它並不是完全封閉的,而是和海洋有一個漏口,小液滴可以從漏口和外界交換物質,但是大部分化學反應產物還在小液滴裡。


綠色的是跨膜蛋白藍色的是離子通道,高中生物都學過這些


 

拉斯穆森有一個論文《非生命物質到生命物質的轉變》,探討了這一過程,論文篇幅不長圖中節選了第一頁。


《非生命物質到生命物質的轉變》大家有興趣可以自行搜索



但是,這些超循環反應具體是一些什麼反應呢?



為了解開上述這個謎題,麻省理工大學每年會舉辦一屆國際遺傳工程機器設計競賽(IGEM)。每年麻省理工大學提供參數隊伍一份DNA樣本,各小組須設計可行的化學反應體系,以實現真實生物可以「運行」的生物工程系統,也就是這個競賽的標題,遺傳工程機器。這個競賽最近兩年高中組冠軍都是來自深圳的中學。本科組前年季軍是深圳大學。研究生及以上組2013年,中山大學拿到過季軍。

 

這個比賽有什麼意義呢?其實生命的起源肯定是從非生命物質轉化成生命物質的。如果我們真的能破解這種轉化的來龍去脈,我們人類就可以自己設計新的生命形式,用非生命物質工業化生產能夠自我複製的生物機器人。這將會為醫學和材料學等領域帶來無限的想像空間。



不知道為什麼,我就是覺得應該放這張圖






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