不知從何時開始，病毒來自研究所的消息開始喧囂塵上。儘管官方多次否認，由於至今未能找到確切來源，不少人的疑慮一直未能打消。
甚至，連最具權威的鐘南山都公開表示，病毒不一定源自中國。
嚴峻的疫情下，武漢病毒所一直處在風口浪尖。
說不清道不明的原因，有關該所的各種傳聞不斷。作為一個具有權威的科研機構，為何深陷旋渦無法自拔？
病毒所飽受質疑，石正麗卻選擇遠離公眾與媒體。日前，久未露面的石正麗終於走到了公眾面前，回應了她可以回答的質疑。
其中最大的質疑就是病毒是否來自研究所。儘管這個話題早已不是什麼新鮮事，但石正麗似乎必須要明確面對。
南都的一篇報導說：面對公眾，石正麗明確澄清，新型冠狀病毒絕對非人造。
她此次表態是在3月9日晚8時，一場「2020科學抗疫」的 系列科普公益直播活動第二期開播中。
活動主辦方是首都醫科大學校長饒毅等人發起的「智識學研社」與騰訊，而嘉賓正是石正麗。
媒體說：這是她自疫情發生以來，首次面向觀眾對新型冠狀病毒相關情況進行科普講解。
石正麗在直播中說，在2003年SARS冠狀病毒傳播時，香港科學家在廣東的市場關閉之前，成功採集了樣本，很快發現了和SARS冠狀病毒同源性達99.7%的病毒中間宿主，而隨後，學界花了8年時間找到了該病毒的源頭宿主是蝙蝠。
石正麗表示，在新型冠狀病毒的溯源中，因為華南海鮮市場的關閉，採集野生動物樣本的環節已經缺失。在此情況下，她認為，尋找新冠病毒中間宿主，一是需要通過病人來了解他們接觸過什麼野生動物，二是通過售賣野生動物的人了解這些動物從何而來。
石正麗甚至建議，需要到自然宿主蝙蝠主要棲息地，如雲南等地去尋找蛛絲馬跡。
新型冠狀病毒已被證實為與SARS冠狀病毒同源的「姐妹病毒」前，有研究指出，新型冠狀病毒和SARS病毒相比，在基因序列PRRA的位點存在差異，疑似有「人為插入」的痕跡，引發了網友對「新冠病毒是人造」的猜測。
她解釋，已有研究表明，在蝙蝠提取的冠狀病毒中發現了與新型冠狀病毒一致的PRRA位點。「這就證明這個位點不是人為插入的，是在蝙蝠種群裡面就有的」。
財新的另一篇文章則報導了石正麗對另一件猜忌的回應。
3月9日晚，中國科學院武漢病毒研究所研究員石正麗在《知識分子》舉辦的題為「知己知彼——了解新型冠狀病毒」的線上科普講座中說：「2018年時我曾判斷，蝙蝠SARS樣冠狀病毒跨種感染將是個大概率事件，但我沒想到它就發生在2019年底，就發生在我生活的城市（武漢）。」
值得一提是，財新的這篇報導中說：有聽眾向石正麗提問稱，被普遍認為是此次新冠疫情疫源地的華南海鮮市場在1月1日關閉，是否會讓病毒溯源變得困難。她坦言這個問題確實存在。
當年SARS病毒溯源時，香港科學家趕在市場關閉前把廣東市場上的動物樣本都採集到，很快發現與SARS病毒同源性達99.7%的病毒，這才在第一時間找到了中間宿主。而自然宿主則是石的團隊花了8年時間才找到的，「及時採集野生動物或市場上的野生動物的樣本，這個環節已經沒有了。」
她說，在這一環節丟失的情況下，還有兩種病毒溯源的途徑：一是通過病人來追蹤，「從事野生動物交易的病人，在關閉市場以後，他們交易的動物到哪裡去了？他們的動物最初是從哪裡來的？我們要去知道來龍去脈」；二是去自然宿主存在的地方，「比如說我們在雲南發現跟這個病毒最近的冠狀病毒，那是否可以到雲南以及周邊一些國家，從蝙蝠、從馴養的野生動物中發現它的蛛絲馬跡」。
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