小工具—KaKs_Calculator2.0軟體計算Ka/Ks

2021-02-20 中草藥資源服務平臺

葉綠體基因組蛋白編碼基因的進化選擇分析需要計算Ka/Ks。

Ka/Ks(ω)表示非同義替換位點替換次數(Ka)與同義替換位點替換次數(Ks)的比值。

Ka>Ks或者Ka/Ks > 1，基因受正選擇(positive selection)

Ka＝Ks或者Ka/Ks=1，基因中性進化(neutral evolution)

Ka<Ks或者Ka/Ks < 1，基因受純化選擇(purify selection)

ka/ks的計算過程：

1. 利用PhyloSuite進行Extract得到葉綠體基因組的CDS_NUC文件夾中對應的CDS序列，此步注意檢查必須為所研究物種的共有序列。

2. 使用 mafft 進行多序列比對（也可使用MEGA X的Aligment——Align by ClustalW進行多序列比對）。

3. 使用在線序列格式轉換網站ALTER (ALignment Transformation EnviRonment) (sing-group.org)將*.fas比對文件轉換為*.aln格式。

4. 下載安裝KaKs_Calculator2.0 （Linux和Windows版）

https://sourceforge.net/projects/kakscalculator2/

5. Linux下分別執行命行：

chmod u+x KaKs_Calculator和chmod u+x AXTConvertor

賦予文件可執行權限。

6. Linux下執行命令行:

 ./src/AXTConvertor *.aln *.axt

利用 AXTConvertor 程序將比對結果文件轉化為axt文件。

7. Linux下執行命令行

./bin/Linux/KaKs_Calculator -i *.axt -o *.kaks -m YN -c 11

利用 KaKs_Calculator 計算 Ka/Ks值

8.在得到6的結果後也可基於Windows版KaKs_Calculator2.0計算 Ka/Ks值：

紅色方框標註出所需要選擇的參數以及最終的計算結果，可以通過「Export to File」將結果導出，並導入Excel中進行下一步計算和作圖分析。

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