這是一隻高智商猩猩,它叫凱撒,被人類關進監獄,這裡充滿它的同類,可它卻遭遇排擠,被猩猩毆打,被人類虐待,受盡委屈的凱撒,用石頭畫下家中閣樓的窗戶,以此懷念家中的溫馨。主人威爾曾發誓要帶它離開,它日盼夜盼,終於盼來,凱撒興奮不已,然而威爾食言了,它失望透頂,不再相信人類,它親手抹去對家的思念,決定為自己而活,靠自己獲取自由!
會議上威爾正在介紹,研發的112號藥物,這種藥物在猩猩身上,取得重大突破,它極大地提高了猩猩的智力,可以讓大腦產生新細胞,從而修復受損細胞,如果人體試驗成功,將會極大地治癒老年痴呆,這無疑會為公司帶來巨額收益。然而意外發生,實驗猩猩突然發瘋,表現出極強攻擊力,最終猩猩被開槍射殺,威爾實驗也因此中斷。事後,在探查猩猩暴動原因時,威爾發現,原來猩猩是為了保護孩子,才表現出極強攻擊力,女子本弱為母則剛,老闆為避免麻煩,決定處死所有試驗猩猩,管理員不忍下手,將小猩猩寄託給了威爾。
威爾給它起名為凱撒,或許是遺傳了母親基因,凱撒從小便展現出超高的智慧,18個月時,便學會24個單詞的手語,兩歲時便學會了為8歲孩子設計的模型遊戲,三歲時便展現出遠超同齡孩子的智商,威爾見證著凱撒的成長,也收穫了凱撒的信任。隨著智商的不斷提高,凱撒也愈發對外界充滿嚮往,威爾將它帶到紅樹林,凱撒興奮不已,威爾準備給它套上繩索,這時父親說道不用套繩索。進入紅樹林後,威爾解開項圈,警告凱撒不要跑得太遠,可凱撒並未離開,它向威爾伸出手掌,表達著對他的信任與順服,在獲得威爾同意後,凱撒衝進紅樹林中,它對於這裡的一切充滿好奇,不停地穿梭其中,釋放著自己的天性,可它卻不知自己原本就屬於這裡。
轉眼五年已過,凱撒的眼神逐漸變得深沉,現在它的智商與普通人類並無差別,當它看到同樣被項圈束縛的狗時,也會變得情緒低落。向威爾詢問,自己是否也只是你的寵物,並會問起自己的出生,威爾將它帶到實驗室外,講述了它母親的故事,凱撒聽後內心五味雜陳,它站在鏡子面前,看著自己的模樣,是啊他雖智商頗高,擁有一顆人類的內心,可它的模樣卻始終,決定了它的地位!
這天威爾父親,遭遇鄰居責罵,這一幕正好被閣樓上的凱撒看見,為保護爺爺,凱撒衝下閣樓,用一套詠春拳法,暴揍了鄰居,並咬傷了他的手指,凱撒冷靜下來後,意識到了自己的錯誤,它像犯了錯誤的小孩一樣,撲在爺爺懷裡請求安慰,然而凱撒的行為,在圍觀群眾眼裡卻變了味,他們叫來動物管理局,粗魯的用套繩抓住凱撒,將它關進了「監獄」。
凱撒救人心切,打傷鄰居被關「監獄」,威爾發誓要帶它離開,可現在他食言了,凱撒失望透頂,它對於人類僅存的信任,也徹底沒了。與此同時,威爾父親的病情愈發嚴重,為儘快治癒父親,威爾向老闆提出重啟實驗,老闆在看到巨額利益後,同意重啟,他們抓捕大量猩猩進行實驗,將113號藥物用於實驗,這次實驗的猩猩名叫科巴,可實驗途中發生意外,霧化的113號藥物外洩,管理員小胖不慎吸入113號試劑,而這次事故差點導致人類滅亡。
科巴在吸入新型藥劑後,表現出超高智力,只是它的表情,讓人有點不寒而慄,而小胖則開始身體不適,甚至咳出了鮮血,另一邊變態管理員,仍舊在不斷地虐待猩猩,這也讓凱撒漸漸對人類,有了強烈的敵意,這天凱撒利用偷來的小刀,打開監獄房門,成功逃了出來。並放出大猩猩,幫助自己收服了監獄中的猩猩老大,從此凱撒成了它們的新老大,為儘快帶走凱撒,威爾賄賂了官員,可當凱撒看見威爾手中的項圈時,凱撒眼含熱淚,它有了自己的決定,它要帶領同類獲取自由。
凱撒開始暗中訓練猩猩,並回到家中偷走藥物,然後將它們釋放,第二天所有猩猩的眼睛都變綠了,這是他們智力提升的表現。當晚凱撒激怒變態管理員,將其打暈,隨之向族群發出了怒吼,無數猩猩衝破牢房,它們按照凱撒計劃,攻入基因實驗室,釋放出所有實驗猩猩,接著解放動物園,凱撒帶領族群,一路奔向原本屬於它們的地方紅杉樹林。
猩猩突然暴動,大量警察對它們圍追堵截,現在它們距離自由,只差一座金門大橋。此時的金門大橋,迷霧重重殺機四伏,警察早已埋伏與此,做好全殲猩猩的準備,只是凱撒又豈非常猩,它從容指揮大軍,分三路進攻人類,人猿大戰一觸即發,很快人類不敵猿族,凱撒也一直約束著猩猩,不要濫殺人類。可是基因公司老闆趕來,命人瘋狂掃射凱撒,大猩猩救下凱撒,並衝上直升機將其擊落,只是自己也重傷而亡,至此凱撒徹底對人類失去憐憫之心,它讓科巴殺死了老闆。
大戰過後,凱撒帶領猿族,進入紅杉樹林,這時威爾趕來,勸說凱撒跟他回家,並發誓會保護好它,可凱撒抱著威爾的頭說道,凱撒回家了!此時所有猿族伸出手掌,紛紛臣服凱撒,凱撒也將作為領袖,帶領它們追尋自由!
只是面對猿族的強勢崛起,人類卻陷入空前危機,113號藥物含有大量病毒,猩猩可以對其免疫,對於人類來說卻是災難,小胖臨死前,將病毒傳染給了機長,機長則駕駛飛機,將病毒傳染到了世界各地,不久 人類將面臨滅絕危機。
這是兩個種族之間的戰爭,沒有和平,只有勝負與生死,凱撒見證了人類的善良,同時也見證了人類的醜惡,它想與人類和平相處,可現實卻一次次將它打倒,直至希望磨滅,現實就像套在凱撒脖子的項圈,它可以被取下,但卻一直存在!