計算生物學

2021-02-15 ChuanWorkstation
計算生物學（Computational Biology）是指通過開發和應用數據分析的理論和方法、數學建模、計算機仿真等技術來研究生物醫學相關問題的學科。當前，生物學數據量和複雜性不斷增長，每14個月基因研究產生的數據就會翻一番，單單依靠觀察和實驗已難以應付。因此，必須依靠大規模計算模擬技術，從海量信息中提取最有用的數據。

計算生物學的各種計算方法已開始廣泛應用於藥物研發、疾病發病機制的研究和治療等。同時，運用計算生物學，科學家有望直接破譯在核酸序列中的遺傳語言規律，模擬生命體內的信息流過程，從而認識代謝、發育、進化等一系列規律，最終為人類造福。

相對於生物信息學，計算生物學的層次更高。雖然兩者之間界限模糊，但生物信息學略微偏向於生物，而計算生物學略微偏向計算機。生物信息學側重於數據的提取、挖掘，而計算生物學側重對數據的處理、運用。計算生物學的最終目的不只局限於測序，而是運用計算機的思維解決生物問題，用計算機的語言和數學的邏輯構建和描述並模擬出生物世界。

今天分享一段由 GitHub 製作的短片 Octotales（《章魚貓的故事》），講述位於美國華盛頓州西雅圖的 Fred Hutch 腫瘤研究中心（Fred Hutchinson Cancer Research Institute）運用計算生物學進行腫瘤研究和治療的故事。

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    ，就是計算生物學。起因是，他感覺到了計算生物學並不為主流生物學界所接納，同時，也沒有得到應有的重視和理解。對此，他深感遺憾和憤懣，因而藉此文引起人們對計算生物學的關注。小編也深感贊同，故現將該文翻譯現整理如下。
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    2015年是《Plos Computational Biology》創刊十周年，藉此機會，正好可以梳理十年來計算生物學領域的發展，展望今後計算生物學的機遇和挑戰。作為計算生物學領域的著名期刊，《Plos Computational Biology》幾乎囊括了該領域的所有方向，總結該期刊的發展歷程也正好可以講述計算生物學領域的十年來的成就。　　從「什麼是計算生物學」到「什麼不是計算生物學」　　實際上計算生物學的起步很早，發展至今已經有了很多的分支和方向。
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    支撐這一技術的科學叫做計算神經生物學，用最簡單的話說，就是為不同的大腦功能建立不同的模型。什麼是計算神經生物學？「計算神經生物學是近年來迅猛發展的關於神經系統功能研究的一個新的交叉學科。它吸收了數學、物理學等基礎理論，以及信息科學等相關領域的研究理論和方法來研究神經科學所關心的大腦工作原理。」
  • "計算神經生物學"研究:給機器人一個"大腦"(圖)
    支撐這一技術的科學叫做計算神經生物學，用最簡單的話說，就是為不同的大腦功能建立不同的模型。　　什麼是計算神經生物學？　　「計算神經生物學是近年來迅猛發展的關於神經系統功能研究的一個新的交叉學科。它吸收了數學、物理學等基礎理論，以及信息科學等相關領域的研究理論和方法來研究神經科學所關心的大腦工作原理。」
  • 會議|第三屆世界華人計算生物學大會
    大會簡介隨著理論算法和計算機軟硬體的發展，計算生物學在生物大分子結構預測、藥 物小分子及蛋白質設計、生物分子及系統層面的功能機理研究等領域起到了越來越 重要，越來越定量的作用。世界華人計算生物學大會（以下簡稱「大會」）旨在將 全球計算生物學領域的傑出華人科學家匯集在一起，分享世界計算生物學領域的最 前沿研究成果並推動中國計算生物學領域的發展。首屆會議於 2012 年在張增輝和 李國輝教授的倡議下在中國科學院大連化學物理研究所成功舉辦；第二屆會議於 2018 年在廣州中山大學成功舉辦。
  • 計算生物學夥伴研究所舉行UliSchwarz實驗室揭牌儀式
    10月16日上午，中國科學院副院長李家洋、德國馬克斯－普朗克學會副主席赫伯特教授在中科院－馬普計算生物學夥伴研究所共同為Uli Schwarz實驗室揭牌。2003年，他倡導並組織召開了計算生物學前瞻研討會，引起國際學術界的高度重視。基於此次會議富有成效的研討，2005年中科院和馬普學會共同在上海成立了計算生物學夥伴研究所。夥伴研究所的建立標誌著中德科技合作進入了一個新的階段。鑑於Schwarz教授在促進中德合作方面的顯著成就，他先後被授予中華人民共和國國際科學技術合作獎(1997年)和友誼獎(2003年)。
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    1992—2000年，Sorin Istrail擔任桑迪亞國家實驗室計算生物學項目技術人員、項目負責人首席高級成員，創立並領導了美國能源部（DOE）計算生物學項目。2000—2005年，他擔任美國應用生物系統公司和賽萊拉基因組公司（Celera Genomics）信息學研究小組高級主管和組長。
  • 魏冬青——上海交通大學——生物信息學,計算生物學,計算化學...
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    生物信息學/計算生物學這門學科所包含的內容實在過於龐大和繁雜，你幾乎不可能同時掌握所有細分領域。/醫學理論計算機基礎和程式語言數學基礎統計學習與算法分布式計算......生物學/醫學理論《Lewin 基因X（中文版）》([美]J.E.克雷布斯，[美]E.S.戈爾茨坦，[美]S.T.基爾派屈克)《正版 癌生物學 原書第2版 腫瘤生物學生命科學專著系列 腫瘤遺傳學腫瘤研究治療 詹啟敏癌症分子生物學》
  • 計算生物學第一黨支部開展觀看黨史紀錄片《重生》主題黨日活動
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    來源：Biodatamining編譯：Kathy機器學習已經成為很多領域的必備工具，除了在通常的計算機領域風生水起，在生物信息學、計算生物學和健康信息學中都逐漸變得舉足輕重。同時隨著近年來數據的增加和網絡服務的拓展，生物學正在被新的技術不斷變革創新，和機器學習產生了前所未有的緊密結合。
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