地球上所有不同種類的生物之間都具有或多或少的共同特徵，對這種現象的通常解釋是它們都起源於一個共同的祖先。例如，所有的哺乳動物都有毛髮，這是因為諸如綿羊、獅子、海豚、人類以及蝙蝠等都是從一個有毛髮的動物物種進化來的。因為當這個共同的祖先出現時，毛髮已經成為它的一個重要特徵了。再如，上面提到的綿羊、獅子等動物都用肺在空氣中呼吸而不是用鰓在水中呼吸；同樣，鴿子、老鷹、眼鏡蛇、蝮蛇等也用肺在空氣中呼吸，因此，所有這些動物肯定都是從一個用肺在空氣中呼吸的祖先進化來的。同時，由於擁有肺的動物的種類數量遠遠超過有毛髮的動物的種類數量，而且，擁有毛髮的動物全都有肺，因此，我們可以斷定，那個擁有肺的動物比那個第一個有毛髮的動物出現的要早，它是上面提到的那些動物的更加古老的祖先；它的許許多多代以後的某一個子孫成為了鴿子和老鷹等鳥類的共同祖先，另一個若干代以後的子孫成為了眼鏡蛇和蝮蛇等蛇類的共同祖先，還有一個不知多少代以後的子孫成為了綿羊、獅子、海豚、人類以及蝙蝠等哺乳動物的共同祖先。
按照這樣的推理方法，我們可以發現，地球上的生物都可以分門別類地找到一些各自的共同祖先；這些祖先型生物又可以分別追溯到一些更為古老的祖先那裡；最後，所有的生物的最早祖先都可以歸到一個生活在非常非常遙遠的過去的一個生物身上。用線條圖描述這樣的過程，就像是基部源於一根主幹，越向上分枝越多（當然，有些中間分枝沒有能夠繼續向上發展）的一棵大樹，我們把它叫做生物系統樹（也稱為進化樹）。
狗
我們每一個人都能夠感覺出，各種生物之間的關係有近有遠。例如，同樣都是動物，猴子比狗與人類更為相象；而同樣都是靈長類動物，黑猩猩比猴子更像人（黑猩猩沒有尾巴而猴子有尾巴就是一個證明）。正是在這種認識的基礎上，十八世紀的瑞典科學家林耐首創了一套生物分類系統，根據不同生物之間在形態結構的相似程度上的不同，把生物分成由高到低的一系列分類階元。經後人的不斷完善和發展，這套分類系統現在基本上從高到低分為界、門、綱、目、科、屬、種這幾個階元。
一隻獅子狗、一條捲毛狗、一隻蘇格蘭牧羊犬、一條德國黑背狼狗，它們的外表看起來相互區別很大，但是我們卻知道它們在某種意義上都屬於同一種動物。這是因為擁有非常類似的生物組織，尤其是擁有共同的遺傳物質——基因。回憶一下「生命工廠」的比喻，我們可以形象地說，同一個物種「中央控制系統」中「磁帶」中錄製的信息必須體現著相同的「設計思想」。
用科學的語言給物種下個定義就是，物種（也就是「種」）是生物分類的最基本單位，是指具有一定的形態和生理上的共同特徵、擁有共同的基因庫、分布在一定地理範圍、佔有相同生態位的那些生物體的集合。同種個體間可以隨機交配並能夠產生有繁殖能力的後代；一個物種中的個體一般不與其它物種中的個體交配，或交配後不能產生有生殖能力的後代。一個種的名稱以林耐創立的雙名法命名，即對每一種生物都給予一個拉丁文的名稱，用表示種屬的兩個詞來表示：前面的詞為屬名、後面的詞為種名。
兔子
即使在親緣關係較遠的物種之間，比如說蝙蝠和鯨，「設計思想」上的類同也往往大大地超過它們外表所表現出的不同。蝙蝠和鯨都是從一個不太遠的共同祖先進化而來的哺乳動物，它們賴以形成和生存的「設計思想」的大部分是相同的。例如，呼吸、消化和排洩系統的組織結構，神經和血液循環系統的分布，造皮和造骨的方法，維持身體恆定體溫的方式以及組成機體的蛋白質分子的種類等等，所有這些以及其它許多方面在蝙蝠和鯨之間的類同都多於不同。因此，這兩種動物從某種意義上來說也可以被看作是外表不同的同一類動物，儘管這一次需要做一些比較深入的研究以後才能確定。至於鯉魚和兔子，則需要做更加深入的研究才能看出它們之間在什麼地方類似，同樣，鯉魚和兔子之間的類同也多於不同。
按照這種「設計思想」和形態特徵在不同研究深度上顯示出來的相同與不同，我們可以把生物分成一級級的階元：例如由許多種組成屬、由許多屬構成科、由許多科組成目、由許多目組成綱、由許多綱組成門，最後，由許多門組成界。在上述這些基本分類階元之間還可以插入一些略高一些（超）和略低一些（亞、次）的階元，例如稍高的超科、稍低的亞科和次科等等。由此我們已經發現，地球上生命的多樣性並不是一團亂麻般的無章可循，各種生物的相似與相異在不同層次上井然有序地表現著。
玫瑰花
那麼，拿蝙蝠和玫瑰花來比呢？這兩種生物在較高層次的「設計思想」上無疑有些不一樣。玫瑰花沒有任何像蝙蝠的皮膜翅膀之類的東西，也沒有骨頭，沒有心臟，沒有那種能夠發出超聲波並用來判斷障礙物的能力等等。毫無疑問，蝙蝠和玫瑰花的區別已經是現有生命世界中更高層次的區別了，我們把這個層次定義為界。現在被科學家廣泛接受的高層次生物分類系統是五界系統，即將所有生物分為原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界和動物界。