根據電影已有的信息，我們大概可以總結出這樣的的故事：三年前，外星人入侵地球，降落在燈塔。外星人通過一種光脈衝，產生了「閃光」。閃光是一個稜鏡，把所有東西都折射了，不僅僅是光和無線電信號，還有動植物的DNA。因此，人會變成植物，魚變得透明，鱷魚的牙齒變得像鯊魚，樹長出了了水晶，鹿角長出梅花，軍人肚子裡的內臟在流動，安雅（吉娜·羅德裡格茲 飾）的指紋在變化。除此之外，熊吃掉了凱茜（圖娃·諾沃妮 飾）的聲帶，再加上熊和凱茜的DNA發生了折射，於是熊發出了人類的聲音。科考組織從陸路、水路投放無人機、動物、人員小隊進行調查，通通是有去無回。一名外星人克隆成凱恩（奧斯卡·伊薩克 飾）的樣子，走出了X區域，並假裝成凱恩。至於走出X區域的是莉娜（娜塔莉·波特曼 飾），還是複製人莉娜，沒有標準答案。值得注意的是，整部電影都是由莉娜的視角展開，相當於是她對科學家洛馬克斯（本尼迪克特·王 飾）講的一個故事，而關於這個故事的真實性，我們不得而知。
《湮滅》不僅思想超前，還探討了人性、哲理的話題。電影裡的隊長說過：如果我不馬上趕到燈塔那裡，開始和結束這段旅程的就不是同一個人了。凱茜說過：從某個方面看，我失去了兩個親人，我美麗的女兒，和曾經的我。凱恩也說過：如果我不是凱恩，我是誰？我是你嗎？你是我嗎？莉娜的丈夫執行任務一年後才回來，就變成了另一個人複製人凱恩。而莉娜進入X區域再出來，也有可能成為了複製人莉娜。即便走出X區域的是真的莉娜，也不是以前的莉娜了。畢竟，在X區域DNA會受到折射，人們的肉體會像液體般流動，思緒會變化。於是，我開始思考：我們身邊的人還是Ta本人嗎？你還是你嗎？我還是我嗎？
《湮滅》是一個探討生命形態的故事。如影片中所展現，人類所熟知的生命，是從一個單細胞，慢慢進化成多細胞，最後逐漸進化成更豐富的生命形態，人類便是其中一種。我們一直以為，這種進化趨勢是理所當然的，是必須的，甚至有人認為這是上帝的意志。但在觀看這個故事的過程中，我們的這種慣性思維逐漸被打破：同一種植物，可以開出多種不同的花；鱷魚可以長出鯊魚的牙齒；鹿角可以開花；熊可以說話；樹木可以長成人形......導演用這些不斷地提醒觀眾：生命演變，是存在無數的可能性的，任何一個偶然因素的出現，都可能導致生命形態走向完全不同的方向。在這個故事裡，導致生命演變出現不確定的關鍵因素便是「折射」（影片開頭，導演用女主角和丈夫隔著水杯相握而顯得變形的手做出了暗示），從天而降的隕石製造出了一個獨特的生態環境，在這裡，決定生命演變的DNA也是可以折射的，不同的DNA經過折射，相互雜糅在一起，於是出現了前面所見過的在我們看來變異的生物。而離隕石越近，這種折射的效果越強，甚至可以折射出另一個完整的自己。
電影提供了很大的想像空間，比如塑造新女主的物質和能量完全來自領隊女的湮滅，那麼由女主血細胞DNA指導製造出來的東西到底算是誰？女主的視角裡的複製人是黑色的，那複製人的視角裡的女主是否也一樣？最後搏鬥中經歷數次暈倒和爬起，期間兩個萊納到底誰真誰假，本就已經模糊了。到最後女主無法確定自己是否是真身。而問及男主，答案也是「我想我不是」這種猜測的語氣。擁有了記憶和肉體，到底能否確定我即是「我」，此時已經不單純是觀眾相不相信，而是劇中的人物自己都已經不清楚了。影片中拋出的全是問號？即所謂沒埋的坑，然而想像一下我們觀影時所有恐懼之來源，以及這些恐懼所引發的強烈思考之原動力，到底在哪？此故事驚悚的魅力不恰恰來源於你所未知和不確定的東西嗎？越是好奇，越是害怕，越是不確定，越是從一個問題追問自己，越是欲罷不能的思考問題背後的問題，從而懷疑，從而假設，從而繼續思考，若非要給一個蓋棺定論、一個真相大白，那麼被給予一個多麼匪夷所思的結局，也抵不上百思不得其解的戰慄，換言之，這片子最寶貴的東西就沒了。所以我所理解的挖坑不埋，並不一定是導演劇本有傷，而是刻意為之。相反，如果所有的「坑」都給上一個明確的答案，那麼回想這片子就真沒半點「可怕」可言了。
《湮滅》的故事起於一股神秘的外星能量（影片中稱為閃光）墜落在美國南海岸的一座燈塔上，並由此燈塔開始不斷向外擴散，逐漸形成了一個與世隔絕的神秘區域，即為電影中的X區。女主莉娜的丈夫凱恩是一名特種兵，他奉命進入X區域調查但卻從此音訊全無，直到一年後他突然出現在莉娜面前，可此時的凱恩似乎失去了部分的記憶、身體也出現了明顯的不適。為了幫助丈夫痊癒，莉娜決定跟隨科考隊進入X區查清真相。創造了這片X區的神秘能量具有一種能「折射」生物基因的奇異能力，在「基因折射」的作用下，X區中所有生物都發生了基因變異，也包括了進入這片區域的人類。殘酷的事實令科考隊的成員們既要應對來自外部變異生物的攻擊，也要面對自身基因變異而造成的人類本性的迷失。在內外雙重壓力之下，科考隊員一個接一個的犧牲，只有莉娜堅持達到了科考隊原定的目標「燈塔」（神秘能量的老巢）去探尋X區的終極秘密。在燈塔中她看到了丈夫遺留下的自殺視頻，此時莉娜方才明白自己的丈夫已死，在外面的那個「丈夫」其實是由X區中的神秘能量折射創造出的「複製人」。震驚的真相將莉娜引入了燈塔下外星能量的老巢，在這裡外星能力吸取了莉娜的基因創造出了另一個「莉娜」，莉娜利用複製人學習模仿的習慣，將磷光彈放入她手中引爆，燃燒後的複製人焚毀了燈塔下的老巢，X區域也隨之消失。
一切生命融合之美。過程是很驚悚的，結尾稍顯冗長。但意思是清楚的，生命有自己的目的，無關善惡。生命沒有病態，一切都是自然。讓人類最恐懼的：意識在物質層面的轉移，人的鏡像化，identity的消失，都是最美的東西！融合！人覺得恐懼只是因為這些東西的異質性。不帶偏見的看，其實是宗教中講的。不管稱它為天人合一也好，因緣也好，我就是道路也好。一個意思。一切生命都是連在一起的！意識的進化就是這樣，總有一天，我們的意識可以在一朵花裡，可以在天空和海洋裡，也可以在我們自己的大腦裡。到那時，大腦和肉身就不重要了。