從水底仰望睡蓮葉片。圖片：reddit.com
睡蓮屬在植物分類學中根據其雌蕊附屬物形態可劃分為5個亞屬，分別為：
澳洲睡蓮亞屬 / 缺柱睡蓮亞屬 Subg. Anecphya，原產澳大利亞
澳洲巨花睡蓮 Nymphaea gigantea
廣熱帶睡蓮亞屬 / 短柱睡蓮亞屬 Subg. Brachyceras，主要原產於亞洲、非洲熱帶地區
熱帶睡蓮『丹泉石』 N. 'Tanzanite'
新熱帶睡蓮亞屬 / 棒柱睡蓮亞屬 subg. Hydrocallis，主要原產中南美洲熱帶地區
夜雪睡蓮 Nymphaea potamophila
古熱帶睡蓮亞屬 / 帶柱睡蓮亞屬 subg. Lotos，主要原產東非、印度及東南亞。
埃及白睡蓮 Nymphaea lotus
廣溫帶睡蓮亞屬 / 耐寒睡蓮亞屬 subg. Nymphaea，主要原產歐洲、東亞和北美等溫帶及亞熱帶地區
溫帶睡蓮『暹羅小姐』 N. 'Miss Siam'
我們一般常能見到的睡蓮多為耐寒睡蓮亞屬、廣熱帶睡蓮亞屬以及古熱帶睡蓮亞屬的，其它2個亞屬不常見到。
這幾類睡蓮區別特徵還是很顯著的，對比如下：
Nymphaea亞屬：白天開花的耐寒性睡蓮；花多為白、粉、黃、紅色，缺藍紫色系；花常漂浮於水面上；葉子邊緣光滑無鋸齒。
Brachyceras亞屬：白天開花的熱帶睡蓮，花色豐富，除綠色外其它色系均有；花常挺出水面一小截；葉子邊緣常有鋸齒。
南非藍睡蓮Nymphaea capensis
Lotos亞屬：夜晚開花的熱帶睡蓮，主要有兩個原生種——埃及白睡蓮和印度紅睡蓮及其品種構成。花色為白色、粉色至紅色。
印度紅睡蓮Nymphaea rubra
而園藝上則根據其耐寒性大致分為兩類：耐寒睡蓮（hardy waterlily）和熱帶睡蓮（tropical waterlily）。耐寒睡蓮又根據其地下莖形態分為Marliac型、Tuberosa型、Odorata型、指型和走莖型。而熱帶睡蓮則根據其開花習性分為兩大類：白天開花的和晚上開花的。
白天開花的熱帶睡蓮『黑美人』Nymphaea 'Murasaki Shikibu'
白天開花的熱帶睡蓮『伊斯蘭達』Nymphaea 'Islamorada'
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