現在大棚種植各種蔬果的情況非常普遍，但通常前幾年的情況都非常良好，但後期就會出現死棵比較嚴重的問題，這也是大棚種植很常見的問題。但對於農戶來講可以不小的損失，想要避免這樣的情況發生，就需要清楚地了解發生的原因。其實最大的問題就是因為大棚種植，都是重茬操作導致的，土壤中病菌的數量越來越多，就是導致幼苗難成活的原因。所以農戶們知道用微生物菌劑來增加土壤中的有益菌，能很好的抑制病菌的繁殖，而且肥料的利用率也會提高很多。但微生物菌劑的使用是有方法技巧的，這樣才能達到理想的效果，否則就算用了效果也不好。
1、 使用方法和次數
用微生物菌劑改善土壤的環境需要一個過程，所以在使用之後不會很快就見到效果。需要使用過後經過一定時間的轉換，才可以真正的開始發揮作用。但通常使用生物菌劑之後，如果遇到高溫的天氣，或者是使用了沒有腐熟的農家肥，土壤中的有益菌也會被殺掉，所以補充微生物菌劑不能只用一次，需要多次補充使用。可以在澆水的時候添加一些菌劑，中間間隔半個月左右再次使用。也可以在為植物追肥的使用添加使用。
2、 和其它的方法結合使用
對於大棚的作物出現死顆的問題，但靠微生物菌劑是不能完全解決的。因為微生物菌劑並沒有殺死病菌的作用，對病蟲害的防治沒有一點作用。所以說避免出現死苗的問題，還是要對大棚進行殺菌消毒。高溫悶棚是必須要進行的工作，如果已經出現了死苗的情況，就要利用藥劑每周進行一次灌根殺菌的工作。
3、 要和肥料搭配進行使用
選擇微生物菌劑的時候，要根據作物的生長情況進行選擇。微生物有提高肥料吸收率的作用，雖然它不能直接代替肥料，但是如果和有機肥結合在一起使用，效果才能很好地發揮作用。能提升土壤中的有機物，讓肥料能很好地被吸收，提升吸收率等於降低了成本。
在使用微生物菌劑的時候，都要關注到以上三個問題。有利於提升產量保證品質，也能降低出現死苗的問題，土地的環境得到改善，管理工作也會相對容易很多。降低成本的同時，很好的 提升每年的收益。