正是伍修權的這把手槍，使林彌一郎開始改變了自己的立場。在林彌一郎影響下，三百多名日本空軍技術人員，大多數願意跟他一起協助共產黨、八路軍工作。伍修權派人將他們帶出原來被監管的地點，搬到一座大洋樓裡。除了少數幾個負責為他們服務和安全保衛工作的人員，沒有一兵一卒看管他們，使這批日本人感到「走上了一條從來沒想過的道路」。
伍修權安頓好林彌一郎等原日軍人員後，東北局決定成立以伍修權為主任委員的東北航空委員會，林彌一郎也是五名領導成員之一。
這是我軍第一個擁有飛機、機場，特別是航空專業人員的航空領導機構。航空委員會成立了下屬的航空總隊，林彌一郎也是副總隊長之一。
這個航空總隊是我國人民空軍的第一支部隊。接著伍修權在東北創建了我軍第一所空軍學校。
1949年初，伍修權代表東北軍區接受國民黨最大的軍艦「重慶號」起義後，又以全艦官兵為主組建海軍學校，培訓出我軍第一批海軍人才，並創建了我軍第一座海軍學校。
「文革」中引禍上身
1962年2月，時任中共中央書記處書記和中聯部長的王稼祥，提出了一個想使我國擺脫困難，後來被稱為「三和一少」的對外政策方針。其中心內容是對美國、蘇聯和印度採取相對緩和的「和平共處」的方針;對大包大攬全力支援一些國家的革命，要量力而為，適當減少。王稼祥將他的方案與設想遞交給中央，伍修權緊跟其後籤了名。「建議信」被送到毛澤東和中央政治局成員手上。康生感到信中所批評和反對的，正是中央正實行的、而自己也正熱衷的與帝國主義、修正主義和外國反動派要鬥，對各國革命鬥爭支援要多的「三鬥一多」方針，於是就向毛澤東進了讒言。毛澤東肯定了康生的意見，王稼祥成了「三和一少」修正主義外交路線的罪魁禍首。
「文革」開始後，康生指使中聯部的造反派批鬥王稼祥。一天，伍修權在參加會議時，周恩來把他拉到一邊，悄悄說：「你是了解王稼祥的，毛主席也幾次講過，稼祥同志是為黨立過大功的人。他在戰爭時受過重傷，不能再這樣鬥他。你應該出來為他講講話。」伍修權點點頭，決心擔起重任。
回到中聯部後，伍修權利用一次幹部大會的機會，向大家介紹了王稼祥對黨的歷史貢獻，並說：「如果鬥得人都翹了辮子，還叫人怎麼改正錯誤?」伍修權說著說著來了情緒，直指造反派們道：「你們也不要太驕傲了，我們經過幾十年革命，什麼艱難都經過了，向你們提一點意見，還是可以的吧。」不料這些話卻引禍上身了，康生認為伍修權是自己跳出來的「反革命修正主義分子」，之後「中央文革」又傳達了林彪和葉群的「指示」：「伍修權是個危險人物。」原來他在東北時支持彭真，得罪過林彪。由於林彪乘機報復，等著這位老革命的，就只能是蹲牛棚，掏廁所，進大牢了。