學R語言太難?薦你一款heatmap作圖神器

2021-01-18 解螺旋

特別福利：關註解螺旋微信號，回復關鍵詞"05月"，可索取2016年5月資源包：UCSC+TCGA資料庫教程


作者：解螺旋.冬至

轉載需授權注來源：解螺旋，醫生科研助手



這些高大上的美圖怎麼做出來的？答案非R語言莫屬了。在CNS等頂級雜誌發表的諸多文章中，不管是複雜的統計分析還是"高大上"的制表繪圖，methods裡面總少不了R語言的身影。通過R語言輕鬆完成各種繪圖，例如：韋恩圖，熱圖，線性回歸，小提琴圖，GWAS相關曼哈頓圖，乃至三維圖，地圖，circos圈圖等等。

但是R語言學起來有點難怎麼辦？今天冬至兄就是來告訴你一個熱圖神器的。Stanford大學的Ashley實驗室開發了一款製作heatmap圖的軟體，（回復heatmap下載，為了對別人工作表示尊重和感謝，大家使用這款軟體時記得引用文獻：

King JY, Ferrara R, Tabibiazar R, Spin JM, Chen MM,Kuchinsky A, Vailaya A, Kincaid R, Tsalenko A, Deng DX, Connolly A, Zhang P,Yang E, Watt C, Yakhini Z, Ben-Dor A, Adler A, Bruhn L, Tsao P, Quertermous T,Ashley EA. Pathway analysis of coronary atherosclerosis. Physiol Genomics. Sep21 2005;23(1):103-118.）

這款軟體基於.NET environment，首先得要安裝.NET Framework 3.5以上，按照說明將Heatmap builder.123，重命名為Heatmap builder.exe即可使用。


主界面如下圖所示：




首先導入數據文件，點擊Select input file，注意僅支持"制表符分隔的文本.txt"文件，數據格式見下面的Excel表。數據必須經過均一化，否則heatmap圖沒有意義。




在Heatmap菜單裡有多種選項，大家可以根據自己的要求，選擇合適的參數和圖形。Image菜單中可以對導出的圖片要求進行設置。






最後返回Main菜單點擊Generate image file，即生成heatmap圖，如右圖。

冬至兄我只是在R語言作圖的路上走得比較久一些，慢慢摸索出這一條捷徑出來，你問下面這些圖能不能不學R語言就做出來，我可不敢隨便攬這瓷器活，還是老老實實去學點R語言吧，所謂熟能生巧，當然R語言這個東西自己研究起來還是有點難度的，還是報個學習班吧。



解螺旋將於5月份舉辦在線課程《R語言實用繪圖及SCI論文插圖製作培訓班》，講解R語言作圖基礎知識，將結合高分文獻實例，講解科研論文繪圖的基礎知識，雜誌對圖表的要求，圖片的修正，常用繪圖軟體Photoshop，矢量圖製作軟體AdobeIllustrator等實用內容。專門針對醫學、生物背景的科研人員設計，趕緊報名去吧。






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