中國的十二生肖紀年以鼠居首，這一點人所共知，然而為什麼要以這樣一種看似不起眼、甚至未必招人喜歡的動物打頭，卻很難解釋。
民間廣為流傳的說法是：上天本來想安排牛居首，但狡猾的老鼠坐在牛角上，在最後一刻跳到了牛前面，排在了第一。1074年編纂成書的《突厥語大詞典》中的bars（虎年）條也有一個傳說：一位可汗因計算某次戰爭的年代出錯，故決定設置紀年法，為此下令趕動物過伊犁河，「其中有十二種泅水過了河，於是便用這十二種動物的名字當作十二個年的名稱。」它們過河的先後順序是：鼠、牛、虎、兔、鱷魚、蛇、馬、羊、猴、雞、狗、豬。除了漢文化中的「龍」替換成了「鱷魚」，其餘生肖及順序在此都完全一致。
不過，可以想見，這都是因為後人已經「知其然而不知其所以然」，才由此產生出來的解釋性傳說。一如後世不知道「無錫」本是古越語，而強解為「此地本有錫礦，後錫山開採完畢，沒有錫了，故名」。這通常被視為通俗語源學（folk etymology），在古希臘神話中就有一類是推源論神話，即解釋某些現象、事件、名稱的起源或緣故的神話。
這些當然不是歷史的真相，那麼，在這個問題上，合理的解釋究竟是什麼？
中國十二生肖與傳統計時、易經八卦、中醫等都有密切聯繫
十二生肖的中國化
十二生肖如今被視為最典型的中國文化特色之一，但其起源長久以來都是個謎團。直到近代國門大開，人們才發現，不只中國有十二生肖，埃及、希臘和印度都有，只是動物的種類、順序不完全一致——例如印度的十二生肖中，對應老虎的是獅子，而對應龍的則是摩睺羅迦（天龍八部之一的大蟒神）。
郭沫若認為，世界各族的生肖都可追溯到古巴比倫，中亞居民模仿巴比倫黃道十二宮紀年，由此才東傳到中國；他在《甲骨文字研究·釋幹支》中推斷中國自古用以紀年的十二地支，真正的源頭就是黃道十二宮。
黃道十二宮圖人像，出自西方中世紀《貝裡公爵的豪華時禱書》，創作於1412年至1416年
在這個問題上，雖然學者間還有一些細節的爭論，但大體都同意，是兩河流域的古巴比倫人最早將黃道十二宮與十二神獸代表的星座聯繫起來。這隨著其佔星術於公元前3000年左右就開始外傳，由此在西方發展出十二星座，而在東方則衍生出十二生肖。
黃道十二宮因與十二神獸相配，故被古希臘人稱為「動物圈、獸帶」，後簡化為zōidiakòs（『circle of animals』），即英語zodiac的詞源，另一個英語詞zoo（動物園）與此同源，都可追溯到希臘語zōion（「動物」）。英國漢學家魏根深在《中國歷史研究手冊》中指出：這裡的「基本不同之處就是，黃道帶在西方被用於通過出生月來決定人的性格。在中國，黃道帶則是通過一種傳說的方式來紀年，因此通過一個人出生的年份來決定他的性格。」
十二生肖竟然起源於遙遠的兩河流域文明，這乍看令人驚詫，但確實有其可能。對上古馬車、青銅器、小麥的起源研究均表明，中國與西北內陸的通道（即後來的「絲綢之路」）在極為久遠的年代就已存在。另一個可能的證據是：兩河文明盛行十二進位，中國文明中盛行的一般都是二進位、十進位和十六進位（「半斤八兩」就是十六進位，以十六兩為一斤），但唯獨在年、月、時辰的計算上採取的卻是十二進位。
商朝的數字
當然，月亮的陰晴圓缺對原始社會的人們而言是最明顯的周期，因而不同文明幾乎都把一年分為十二個月，但紀年、時辰可就不一定了，像孟加拉國傳統計時法prohor將一天分為8份，其時間計量單位dondo大致相當於24分鐘。
我們現在慣於十年（「90年代」）、百年（「世紀」）來分段，而一天中的時段劃分，在戰國時代竟有分為10、12、16、18或32個時段等不同習慣，1975年雲夢楚簡的曆書上，一天也分為16個時段，直至西漢才確定為一天12個時段。
即便如此，中國當時歷來使用的也是幹支紀年，用的是子醜寅卯等十二地支，最早將十二支與鼠、牛、虎等十二種動物對應的文獻只能追溯到東漢王充的《論衡》，但為什麼形成這樣的對應關係，卻很難解釋，日本學者中野美代子猜測可能起源於印度。一種通行的看法認為這是東漢以後經由中亞，通過「北俗」傳入中原的。
清人趙翼在《陔餘叢考》「十二相屬」條中指出：「蓋北俗初無所謂子醜寅卯之十二辰，但以鼠牛虎兔之類分紀歲時，浸尋流傳於中國，遂相沿不廢耳。」不過1975年睡虎地秦簡、1986年天水放馬灘秦簡的出土，證明這種對應關係至遲在秦代就已形成。
如果把十二生肖和通行的十二星座做一比較，差異立刻就出來了，除了紀月和紀年的不同，還有兩個顯著不同：首先，現在西方的十二星座大量和神話人物相關，動物能與十二生肖比對上的寥寥無幾，更沒有老鼠；其次，十二星座一般是從3月21日開始的，也就是每一年的春分點，而不像中國這樣是從仍在嚴寒季節的正月初一開始。
在此值得注意的是，古希臘人所說的zōion，並不僅是野獸之類的「動物」，而是任何「有生命的存在」（animatedbeing），包括魔鬼、諸神、有靈魂的星宿——乃至有靈魂的整個宇宙。無論十二星座還是十二支，其理論基礎都是一樣的，即相信天地間有某些具備特殊靈性的存在，主宰著宇宙間的生命力，所以出生在特定星座或生肖的人，其個性、命運受這一神物所影響。
在印度，十二生肖原本都是神的坐騎，「象頭神」（Hastimukha）迦納什（Ganapati）是印度教、佛教和耆那教共同崇奉的神，系溼婆與雪山神女之子，號稱「一切障礙的主人」（Vighnesvara）和「障礙的克服者」（Vināyaka），但他的坐騎卻是一隻老鼠——雖然兩者體型懸殊，但老鼠也是「障礙克服者」。鑑於老鼠在印度的十二生肖中就已出現，在此不妨推斷，鼠既居十二生肖之首，必定也因為在它身上體現著宇宙的某種神秘力量。
宇宙時間是連貫不斷的，紀年、紀時原本都是為了方便起見所作的人為分段，由此而來的一個問題便是：哪裡才算是個頭？現代人或許理所當然地覺得：新年是從1月1日開始，每一天則從半夜0點開始，然而，在古代不同文明、不同地方，計時方式是千差萬別的。英國史學家伊恩·莫蒂默在《歐羅巴一千年》中指出，16世紀初的歐洲，新年開始的時間有1月1日、3月1日、3月25日、9月1日、12月25日等不同起始時間。波斯新年諾魯孜節、東南亞的潑水節/宋幹節都在三四月之交的春分點附近，這也是很多文化中普遍的觀念：一年應從春回大地起始，而一天也應從第一縷陽光出現的時刻算起。
《貝裡公爵的豪華時禱書》：三月，雙魚與白羊的交界
中國歷史上，也曾有過這樣的計時。睡虎地秦簡《日書》中，已經提到「子，鼠也」，但當時一天的時間是從寅時（3-5點）算起的，並不以「子」居首；西漢王莽改制，採用殷歷，以十二月為歲首，「雞鳴為朔」，即以雞鳴時分定為一天的起始。文獻記載普遍認為，夏商周三代，夏曆建寅、殷歷建醜、周曆建子——所謂「建子」，即以子月（十一月）為歲首的曆法，雖然在漢武帝太初改歷之後，通行至今的一直是以寅月（正月）為歲首的夏曆，但周代八百年以子月為一年之始、子時為一日之始的做法可能已深入人心。
刻有天幹地支符號的甲骨文
東漢班固《漢書·律曆志上》在劉歆《三統曆》基礎上發揮：「三統者，天施、地化、人事之紀也。十一月，乾之初九，陽氣伏於地下，始著為一，萬物萌動，鍾於太陰，故黃鐘為天統，律長九寸。九者，所以究極中和，為萬物元也。」稍晚，許慎在《說文解字》解釋：「子，十一月，陽氣動，萬物滋。」可見當時的觀念認為陽氣在夏曆十一月的冬季就已萌動。
到宋代，理學家邵雍總結出「天開於子，地闢於醜，人生於寅」一語，《西遊記》第一回也引邵雍的話說「冬至子之半，天心無改移。一陽初動處，萬物未生時」，強調「到此，天始有根」，也就是說，「子」是宇宙的起始。
之所以將一日之始定在最黑暗的半夜子時、一年之始定在陰氣最盛的隆冬，是因為在中國的氣化宇宙觀中，認為宇宙之間充滿了「氣」這種生命力，而日夜、四季說到底都是「氣」的消長變化。在《黃帝內經·靈樞》的「順氣一日分為四時」篇中，就認為黃昏時「氣」漸漸衰微，而入夜後則「氣」鹹伏，直到夜半陽氣漸生，再次發生變化。換言之，子時正是氣化宇宙的平衡點開始出現變化，所謂「一元復始，萬象更新」的起點。
也就是說，按照這種觀念，一天、一年不是在黎明、春天才開始，而是在「陽氣」剛開始萌動時就算起了。就像嬰兒，不是從它呱呱墜地那天才算起，而是它在母體內受孕結合為胚胎那一刻就是生命了——也正因此，中國傳統的「虛歲」是從受孕時算起，往往顯得比西式的實歲要多上一年。
在古羅馬，每天的時辰是從黎明算起的，如第1小時相當於現代的早晨6點；羅馬人最尊敬的神祇之一瑪圖塔聖母（偉大的母親）是生育、起源和曙光女神，可見在羅馬人的觀念中，這三者密切相關。
中國沒有這樣的神靈，但推想可知：在中國人的觀念裡，宇宙、時間、生命的胎動是在陰陽之氣初露消長的黑暗中就開始了。在生活實踐中，這樣的曆法規定有兩個明顯的優點：新年定在隆冬，則可以長期歡慶、休息而不耽誤農時；一日之始定在半夜，則可以固定時間，因為四季晝夜消長，每天太陽升起的時間都不一樣。這大概是它最初被普遍採用的最根本原因。
鼠：神秘動物
很有可能，正是這種不同的生命、時間本源觀念，導致了中國人慣於把老鼠列為十二生肖之首。
鼠對應的地支正是「子」。《史記·律書》解釋：「子者滋也，滋者，言萬物滋於下也。」《漢書·律曆志》也說：「孳萌於子。」子、孽本意均指陽氣始萌，為生命之始；「字」也是指孳乳衍生出的文字。老鼠是夜半陽氣萌動時最為人所熟知的動物，而且繁衍生殖能力極強，當十二生肖出現時，逐漸被用來和十二地支的「子」對應，可說順理成章。
值得注意的一點是：「鼠」字最初並不僅指老鼠。《說文解字》：「鼠，穴蟲之總名也。象形。凡鼠之屬皆從鼠。」段玉裁《說文解字注》解釋得更明白：「鼠，穴蟲之總名也。其類不同而皆謂之鼠。」參照《說文解字》中對「鳥」的解釋可以讓我們更好地理解這一點：「鳥，長尾禽總名也……凡鳥之屬皆從鳥。」也就是說，「鼠」在當時不是對某一種動物的「種名」，而是對一類動物的「類稱」，所有「穴蟲」均可稱為「鼠」。這種思維方式在雲南基諾族中仍可見到，他們把所有動物分為三大類：梢（獸）、合（鼠）、厄（鳥）。三類動物分屬於不同的獸神：「梢」指四腳的、能在山上跑的動物；「合」指有四腳、能在樹上爬的小動物；「厄」指兩腳而能飛的動物。在日語中，「鼠」（ネズミ，nezumi）的詞源據考也是指「棲居在暗處的動物」，並非特指。
我們現在還是會把9000多種不同鳥類都稱作「鳥」，但卻已經不會把所有穴居動物都稱作「鼠」了，其詞義早已大為窄化。不過，在漢字中仍可看到最初的痕跡：以「鼠」為部首的，包括鼬、鼯等不同動物，其中有一些甚至根本不是老鼠所屬的齧齒目動物，如鼩鼱屬鼩形目、鼴鼠則屬食蟲目。貂（鼦）現在被看作食肉目鼬科動物，但《說文解字》卻說：「貂，鼠屬。」而「鼫鼠」一詞甚至可以用來指昆蟲類的螻蛄。李時珍《本草綱目·獸三·鼫鼠》：「鼫鼠處處有之，居土穴、樹孔中……好食粟、豆，與鼢鼠俱為田害。《本草經》云：『螻蛄一名鼫鼠。』謂此也。」
至今在漢語中，松鼠、飛鼠（蝙蝠）等還可看出，在古人心目中「鼠」不僅指老鼠，還泛指許多與鼠相似的動物；而河狸、豪豬屬於齧齒目，卻不被視為鼠類。鼬、貂、海獺、獾都有親緣關係，但從構字偏旁看，中國人認為它們分別屬鼠類和獸類，有時甚至模稜兩可，如鼧鼥可稱為「土撥鼠」或「旱獺」。在日語中，甚至刺蝟也叫「針鼠」。這些都表明，古人在做動物分類時，根據的是其外表、習性上的相似性，雖然看起來「不科學」，但想想看，澳大利亞的Kangaroo，近代中國人得知後，也一樣照著其外形譯作「袋鼠」，雖然它和老鼠在動物分類上甚至連亞綱都不一樣。
作為夜行穴居動物的「鼠」，對古人而言有著特殊意義。這不僅是因為他們深信代表生命本源的「陽氣」始萌於夜半陰陽交替之際，還因為在這樣的宇宙觀中，穴本身就是宇宙生命誕生之處。所謂「玄之又玄，眾妙之門」，生命本就產自孔道。在氣化宇宙觀中，洞穴又尤為蘊藏活力之所。據《漢書·南蠻西南夷列傳》，巴郡南郡蠻本有五姓，其祖先均生於山中的「赤黑二穴」，而能「擲劍於石穴」者就被奉為君主。不僅生於穴，死後的墓地也叫「穴」，風水術上講究地脈、地穴，認為這可以神秘地保佑整個家族的延續。最後，人作為小宇宙，也有經脈、穴道、七竅，《莊子·齊物論》中提到的「人籟」是指人從七竅之一的口中吹奏之音，「地籟」是地上無數的洞穴經風發出的聲響，而「天籟」則是宇宙自然之音。
雖然十二生肖與十二支對應關係確定的東漢時，中國社會早已擺脫了原始狀態，但人們仍然清楚地知道，上古時的初民是穴居生活的。東漢初年成書的《漢書》卷二五郊祀志記載：大夫祭門、戶、井、灶、中霤五祀。韋昭註：「古者穴居，故名室中為中霤。」《墨子·節用中》：「古者人之始生未有宮室之時，因陵丘堀穴而處焉。聖王慮之，以為堀穴。」現代考古學也證明，新石器時代的仰韶文化遺址最普遍的居址是往地下挖半人高的深度，這樣既可安全，又可躲避溼冷空氣；在碾子坡先周居址中則發現有穴居和半穴居兩類房屋基址，證明《詩經·大雅·綿》描繪周人遷岐以前「陶復陶穴」的居住生活是真實的。我們的語言中至今還留有這樣的痕跡：人們常把自己家稱作「窩」，而婚房則叫「洞房」。
處於這樣生活中的先人，很自然地會把穴居動物神秘化。《周禮》記載上古還有一種官職叫「穴氏」：「穴氏掌攻蟄獸，各以其物火之。以時獻其珍異皮革。」所謂「蟄獸」，是指熊羆等穴居冬眠的生物，在古人看來，這些動物每年有規律地消失又重現，仿佛死而復生，將之視為親近生命源泉或大地奧秘的象徵。很多洞窟因而成為人們的崇拜對象，佛教傳入後，人們隨之開鑿石窟以造佛像；在泰語中，wat以此既指「窟穴」，又指「寺廟」。
在佤族創世神話《司崗裡》中，「司崗裡」一詞就是「從崖洞中出來」之意，指最初的人類都是從洞穴中生出，且提到「我們由老鼠帶領去到有水的地方」，是穴居的老鼠引導人類發現賴以生存的水源。
玄奘《大唐西域記》卷十二還提到瞿薩旦那國（今和田）有鼠壤墳傳說，據說土堆中的鼠王有神力保佑該國。這或許有助於我們理解《莊子·應帝王》的一句：「鳥高飛以避矰弋之害，鼷鼠深穴乎神丘之下以避燻鑿之患。」此處所說的「神丘」乃指祭社神之壇，鼷鼠深穴於神壇之下，那很可能本身也被看作具有神性。
在秦漢以後，「鼠」越來越多地被用於特指老鼠，其形象也越來越不討人喜歡——畢竟對農業文明的中國人來說，老鼠、田鼠都是害獸。早在春秋時期，《左傳》就已有三處「鼷鼠食郊牛」的記載，《漢書·五行志》認為這均屬不祥之兆，因為「鼠，小蟲，性盜竊，鼷又其小者也；牛，大畜，祭天尊物也」，預示著以下犯上的內亂。這當然是神秘性的解釋，但也足見鼠在人們眼中的地位已很低。
郪江鎮金鐘山漢墓中的石雕，被人稱為「狗咬耗子」
中國人都知道「一人得道，雞犬升天」的傳說，但其實它還有下半段，最早記載此事的西晉人張華《博物志》中說：「唐房升仙，雞狗並去。唯以鼠惡不將去，鼠悔，一月三出腸也，謂之唐鼠。」連雞犬都能沾光，卻唯獨老鼠不行，可見在當時人的心目中，老鼠已算是家宅中地位最低的動物了。
現存鼠類共有多達1700多個物種，其中最為人所熟知的無疑是家鼠——小家鼠、黑家鼠、褐家鼠、黃胸鼠等從進化論角度而言其實都是非常新的物種，是隨著農業文明村落才逐漸演化而成的。正如家畜一樣，它們的諸多特性都是在近一兩萬年內與人類共生中不斷適應性演化的結果，但這種頑強的生命力，既令人驚嘆，又招人厭惡：因為老鼠能在汙濁的角落裡生存，常攜帶某些病原體，看上去不怕髒、不怕病。
在歷史上，鼠疫不止一次令人談虎色變，中世紀奪走歐洲三分之一人口生命的「黑死病」，一般認為就是淋巴腺鼠疫。由此帶來的一項制度創新影響至今：鼠疫流行時，威尼斯規定東方歸來的船隻必須先在海上停留40天，予以隔離，確定船客無人感染瘟疫才可登陸，義大利語「40」為quaranta，英文的「檢疫」（quarantine）一詞就是由此而來。
遊戲《A Plague Tale: Innocence》中的場景
正因為老鼠的這些形象，烏丙安《中國民間信仰》中搜羅了全國各地的資料，卻沒有一點關於鼠崇拜的記載。雖然後世小說中也有「五鼠鬧東京」的故事，「西天走下五鼠精，神通變化，往來難測」（見《包公案》第五十八回），但大體上，離上古的穴居生活和思想觀念越遠，人們對老鼠這種穴居動物的好感（更不必說敬畏）就越淡。「蛇鼠一窩」原本應出自對這兩種動物都穴居的觀察，卻成了「壞人相互勾結」的隱喻。
不過，那種對於鼠類作為生命本源的信仰，在道教中還是有痕跡可尋的。五四時期，教育家胡哲敷曾說道教「收羅一切民間低下思想」，「說好聽一點，就是包羅萬象；不好聽一點，就是一個垃圾箱子」，魯迅也說「中國之根柢全在道教」，它那些看似「愚民迷信」的東西，也許換個角度看正是傳統理念的頑強沉澱。
據晚清薛福成《庸盦筆記》記載：「北方人以狐、蛇、蝟、鼠及黃鼠狼五物為財神。民間見此五者，不敢觸犯。」北方民間信仰中所謂的「胡黃白柳」四大門（狐狸、黃鼠狼、刺蝟、蛇），其共同特徵便是穴居，行蹤詭秘。事實上，中國民間眾多的狐仙、狐女傳說很可能也是由此而來。從這個意義上說，對穴居動物神秘、變化難測等的信仰並未消失，只是從鼠類轉移到了狐狸身上。
