文章發表:兩種方法在進化樹上可視化數據

2021-01-08 百家號

Ggtree is a comprehensive R package for visualizing and annotating phylogenetic trees with associated data. It can also map and visualize associated external data on phylogenies with two general methods. Method 1 allows external data to be mapped on the tree structure and used as visual characteristic in tree and data visualization. Method 2 plots the data with the tree side by side using different geometric functions after reordering the data based on the tree structure. These two methods integrate data with phylogeny for further exploration and comparison in the evolutionary biology context. Ggtree is available from http://www.bioconductor.org/packages/ggtree.

這篇文章講的內容，在多次的推文中都有涉及，算是比較零散，但細節就在這些零散的推文之中。

ggtree版本的plotTreealign genomic features with phylogenetic treeggjoy facet with ggtreephylomoji：用emoji畫進化樹用ggtree重現Figtree的示例進化樹ggtree for microbiome dataggtree for outbreak data 用戶數據注釋進化樹使用自己的數據來給進化樹上色facet_plot: 加圖層到特定的分面上facet_plot：加圖層到特定分面，方法二facet_plot: 關聯數據和進化樹的通用方法Y叔不想養蛙，只想養你！用圖片注釋進化樹而提煉出來無非是兩種方法，是我在為【科學嘎嘎會】的網絡講座準備slides的時候，總結出來無非是個【雙城記】，錄播和slides都有在公眾號裡提供：

webinar錄播 (2017-10-24)：plotting tree + dataggtree直播PPT第一部分ggtree直播PPT第二部分催生我去投這篇文章，是因為看到了MEGA X的發表，我感覺到自己也能發一篇類似的，而且MEGA發表會帶來巨大的流量，促使MBE影響因子上升，我也可以噌一下，算是如願以償，發了篇10分的文章。

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    我主要進行了少量數據處理和系統可視化部分，在這個過程中，覺得數據可視化是一個非常迷人的話題，這過程中也了解了很多相關的資料，學習了一些基礎的工具，在這裡分享給大家，也是為自己做一個整理和記錄。1、什麼是數據可視化？
  • 數據可視化的基本流程
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  • 最佳大數據可視化技術
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    所以這也促使我開啟了這個系列《網際網路人需要了解的數據可視化》，希望能夠給大家帶來一些不一樣的內容，為大家梳理一個完整的數據可視化框架。今天帶來的就是這個系列的第一篇，數據可視化的概念以及數據可視化設計的基本準則。最近一直在做國際外包，時間非常的零散，而寫邏輯性強的文章又非常耗費精力。所以從開題到現在，用了將近2個月的時間才將這篇文章徹底收尾。
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