必聽公開課:從零入門科研數據可視化雲平臺

2021-01-08 網易

2020-12-27 16:14:16 來源: 科研貓

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  導 語

  SPSS,Origin,Graphpad太貴買不起,

  R語言不會用,試試這款神器,

  Hiplot 在線可視化平臺。

  作為一名科研工作者,除了要不斷推進實驗進展、及時獲取實驗數據外,如何向他人清晰明了地呈現自己的研究成果也是一項必備的科研能力。科研成果要求專業、嚴謹、信息量,且兼顧審美,所以數據可視化在科研工作中發揮著越來越重要的作用。基於可視化圖形,我們可以更好地展示科研數據中的主要特徵和規律。

  學術成果匯報、科研交流、評獎評優、競選答辯等等場合都需要我們進行數據展示。進行一次條理清晰、層次分明、美觀大方的數據展示對於「具有一定科研審美」的我們來說也著實不是一件易事。以生物醫學為例,大多數臨床醫學學生和初級科研工作者一般需要花費數十天乃至數月的時間去熟悉和掌握常用的數據可視化工具,如SPSS、Origin 以及 Graphpad等。之後才有可能去完成部分基礎的數據統計分析和可視化。

  一圖勝千言,高質量的配圖不僅可以充分展示科研成果,還能吸引審稿人的眼球,提高SCI期刊論文的接受率。本次網絡研討會,我們將與Hiplot平臺合作,為大家帶來精彩的報告。Hiplot 是由 openbiox 社區於 2019 年 10 月發起,並在新冠疫情爆發後快速發展的一個社區開發項目:致力於建立一個快速迭代、支持中英文環境的科研數據可視化平臺和協作社區。目前該平臺建設已初具規模,已提供基於 R 語言的 70 餘種基礎可視化的功能,例如:折線圖( line)、柱狀圖( barplot )、三維柱狀圖( barplot-3d )、蜜蜂群圖( beeswarm )、箱線圖( boxplot )、氣泡圖( bubble )等等,基本涵蓋了我們常規的科研繪圖需求,同時含包含了80餘個高級繪圖和組學數據挖掘工具,比如功能富集分析,GSEA分析,TCGA數據挖掘,森林圖,臨床模型評估,機器學習等等,,如下圖所示:

  

  

  

  投必得雲課堂免費公開課

  12月26日(周六),「投必得雲課堂」將重磅邀請Hiplot 平臺創始人李博士為大家帶來:科研繪圖與Hiplot 可視化平臺實操。請大家一定把握住這次難得的機會,與繪圖高手對話,與Hiplot平臺李博士面對面交流期刊論文數據的可視化呈現方法與技巧!

  本次直播課程完全免費,還會在直播間現場發放投必得潤色業務九折優惠碼以及投必得雲課堂八折優惠券,此外,我們在群中(加群方式見文末)也會釋放個性化的直播宣傳海報,希望小夥伴們多多幫咱們宣傳,我們每次都會選出三位「宣傳大使」,「重金」獎勵

  直播詳情

  直播主題

  科研繪圖與Hiplot可視化平臺實操

  主要內容:

  1. 科研統計作圖實例講解

  2. Hiplot 可視化平臺簡介

  3. 具體實例繪圖操作演示

  直播時間

  北京時間12月26日(周六),21:00

  專家簡介

  李博士,來自上海交通大學,主要研究方向為多組學數據整合分析及其可視化應用開發,擅長數據分析流程開發、R語言可視化、網站應用開發等技術。目前一作在 PNAS、BMC Genomics、Frontiers of Medicine、Peerj 等雜誌發表 多 篇 SCI 文章。作為 Hiplot 可視化平臺項目的核心成員,主要負責並實現 Hiplot 平臺的前端界面和後端服務架構,同時也是 Hiplot 平臺20餘個分析插件的貢獻者。

  

  Hiplot 項目(https://hiplot.com.cn)由openbiox社區進行開發維護,發起的初衷就是為了解決廣大臨床醫學生和科研工作者的基礎科研方面的可視化和數據分析需求。其主要功能涵蓋了:①基礎可視化:覆蓋大多數基礎的科研可視化功能,參照SPSS、GraphPad、國內外開發的相關可視化軟體和工具;②進階可視化:包括Shiny在內的複雜可視化圖形和應用;文獻圖表的重現和再分析;新的可視化圖形展示插件:如基於Circos、circlize的二次開發;openbiox社區貢獻的可視化應用(如UCSC Xena Shiny和bioshiny);③開源書籍:Hiplot 還提供了一大批與數據分析和圖形可視化相關的專業書籍,共學有餘力的用戶去提升自我;④其他任務:低計算量的其他任務(如Pubmed文獻數據資源下載、RESTful APIs訪問等);⑤雲端文件管理(支持雲端存儲備份、上傳、下載、複製、移動、刪除、在線預覽和編輯等操作);其他諸多功能,大家可以自行探索這一神奇的網站。

  Hiplot 平臺自2020-9開放註冊以來,已獲取累計35萬人次的點擊,日均次完成計算繪圖任務5000餘次,累計使用用戶3.8萬人,註冊用戶5000餘人。更為重要的是,作為一個開源化的開發平臺,任何一位合格的開發人員都可以在Hiplot 平臺展示自己的工作,提高軟體的曝光率和可用性,現已吸引來自全國及海外各大高校和科研機構的共計50餘人參與項目建設。

  

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