大神教你5分鐘學會sgRNA設計

2021-01-14 泓迅生物科技

● 基因ID

● DNA序列

● 蛋白質ID

● 胺基酸序列

(全新物種的數據配置、相關基因獲取,以及sgRNA設計和篩選)

● sgRNA的長度一般為20 nt左右;

● 可選3' 末端含GG的序列的鹼基,同時sgRNA種子序列儘量避免4個以上的T結尾,GC%含量最佳為40%~60%;

● 種子序列與脫靶位點的匹配數儘可能低;

● 如果構建U6或T7啟動子驅動sgRNA的表達載體,需考慮5' 鹼基為G或GG,以提高轉錄效率;

● 如需基因移碼突變,sgRNA靶向基因的結合位置需儘量靠近基因編碼區的ATG下遊,最好位於第一或第二外顯子;

● 檢查sgRNA靶向結合位點基因組序列是否存在SNPs;

● 如採用Cas9單切口酶,設計paired-gRNA需考慮成對sgRNA的間距;

● 全基因脫靶效應分析,需考慮脫靶位點最大允許幾個錯配鹼基數,建議最少5個鹼基。重點考察種子序列和非種子序列鹼基錯配數、及脫靶位點是否位於基因編碼區等,以及考察是否存在鹼基插入或缺失的脫靶位點。

如果你認為照著以上的方案就能順利做出來,那就太圖樣圖森破了。由於沒有固定的程序算法,不同的實驗思路和實驗方案都需要不同的個性化的算法,所以如果沒有足夠的經驗和專業的技術平臺,實際sgRNA的設計操作就會存在種種問題。不過有什麼關係呢,做不出來有我們啊。


迄今為止泓迅科技已完成了40餘個sgRNA文庫的設計與構建,包括家蠶、小麥、山羊、豬、伊蚊、小鼠和人等多個物種。我們同時擁有專業的CRISPR-Cas9基因編輯平臺,可精準的完成基因的敲入、敲除、CRISPRa和CRISPRi等項目的內容。提供13種模式動物的sgRNA設計與構建、活性檢測、sgRNA文庫構建、慢病毒包裝等豐富的服務項目。我們可以根據客戶需求,提供專業的技術諮詢、實驗方案設計、定製化的實驗服務,全面滿足CRISRP-Cas9基因編輯需求。

 

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