目前生產的番茄質量不盡人意，農藥殘留超標.硝酸鹽累積嚴重，重金屬汙染、病原微生物汙染等時有發生，已成為發展無公害番茄生產的嚴重障礙。因此，如何保證無公害番茄的生產，以儘快滿足消費者的需要已成為農技推廣工作者關注和亟待解決的問題。腐殖酸在番茄生產中的應用對於解決上述問題將會起到積極的作用。
（1）增施腐殖酸，能夠提高肥料的利用率
番茄是喜肥作物，需肥量較一般大田作物大，故而在一定範圍內施用肥料對番茄的生育、產量及品質有著顯著的促進作用。但過量施用，不僅肥效下降，造成經濟上的巨大浪費，而且還會破壞土壤結構，造成土壤板結、環境汙染。氮肥的過量施用已造成了許多地區番茄中硝態氮的超標累積以及地下水和土壤的嚴重汙染。
化肥利用率低，肥效下降，重氮輕鉀，重無機肥輕有機肥的施肥習慣已成為制約無公害番茄生產的重大障礙。腐殖酸既具有一般化肥的速效增產作用，又具有有機肥料的活化土壤、緩釋培肥作用，而且無公害、無汙染，對解決既要發展農業又要保護環境的矛盾、促進生態良性循環有著十分重要的意義。增施腐殖酸能夠提高氮肥特別是尿素的利用率。腐殖酸與尿素作用可生成絡合物，對尿素的緩釋增效作用十分明顯，可使氮利用率提高6.9%~11.9%，後效增加15%。
腐殖酸對磷肥具有增效作用，一方面腐殖酸與磷肥形成腐殖酸一金屬一磷酸鹽絡合物，從而防止土壤對磷的固定，磷肥肥效可相對提高10%~20%，吸磷量提高28%~39%；另一方面腐殖酸能夠提高土壤中磷酸酶的活性，從而使土壤中的有機磷轉化為有效磷。
腐殖酸對鉀肥具有增效作用，腐殖酸是一系列酸性物質的複雜混合物，其酸性功能可吸收和貯存鉀離子，減少其流失，並可避免因長期使用無機鉀遺留陰離子對土壤造成的不良影響。腐殖酸可促使難溶性鉀的釋放，提高土壤速效鉀特別是水溶性鉀的含量，同時還可減少土壤對鉀的固定。腐殖酸能夠提高土壤中微量元素的活性，一些微量元素如硼、鈣、鋅錳、銅等，多以無機鹽形式施入土壤，易轉化為難溶性鹽，使其利用率降低甚至完全失效。腐殖酸可與金屬離子間發生螯合作用，使其成為水溶性腐殖酸螯合微量元素，從而提高植物對微量元素的吸收與運轉能力。
（2）增施腐殖酸可減少農藥使用量，降低番茄產品中的農藥殘留一方面腐殖酸對某些植物病菌有很好的抑制作用。施用腐殖酸在防治枯萎病、黃萎病、霜黴病、根腐病等方面效果達85%以上。因此從某種意義上講，腐殖酸也是農藥，儘管其作用機理還不十分清楚，但腐殖酸的無毒、無副作用是許多農藥所望塵莫及的。腐殖酸不僅能明顯地促進植物對氮：磷.鉀的吸收，還能有效地提高植物體內超氧化物歧化酶SOD、硝酸還原酶NR的活性。
因此，腐殖酸有助於提高番茄自身的抗逆防衰能力。另一方面，腐殖酸對農藥的緩釋增效作用，可降低農藥的使用量。腐殖酸作為一種無毒、無汙染的物質，不僅可單獨作為農藥，而且還可以與農藥混用。腐殖酸與有機、無機磷農藥複合可使有機磷分解率大大降低。這是由於腐殖酸分子中含有較多的親水基團，與農藥混合，能有效地發揮其良好的分散、乳化作用，從而有助於提高農藥活性。
此外，腐殖酸具有很大的內表面積，對有機物、無機物均有很強的吸附作用，與農藥配伍，會形成穩定性很高的複合體，從而對農藥起緩釋作用。腐殖酸與農藥複合，可使農藥用量減少1/3至1/2，使藥效延緩3~7天。而且腐殖酸與農藥復配後，其毒性大大降低，這對於減少環境汙染，發展無公害番茄生產無疑具有重要的意義。
（3）腐殖酸具有改良土壤的作用腐殖酸是一種良好的土壤改良劑。腐殖酸對土壤中多種微生物和酶都有激活作用。這是由於腐殖酸系高分子有機化合物，其容量大，能提供充足的碳、氮元素給土壤微生物，從而促進微生物代謝及生長發育，增強微生物活性；同時腐殖酸還能促進土壤團粒結構的形成，降低土壤容重，提高陽離子代換量，緩衝酸鹼度，從而提高土壤保水、保肥、保溫和通氣能力，最終改良了土壤結構，培肥了地力。