南方醫科大學南方醫院感染內科主任醫師、教授。在感染病領域傳染病防控及慢B肝優化治療臨床和科研方面有較深造詣與創新，享有國際聲譽。曾任亞洲和太平洋肝病學會主席、中華醫學會感染病學分會主任委員。發表SCI論文120多篇，先後獲國家自然科學基金傑出青年基金、國家科技進步二等獎2項、中華醫學科技二等獎2項、廣東省科技進步一等獎3項。曾獲全國防治非典型肺炎工作優秀共產黨員、衛生部有突出貢獻的中青年專家、全國教育衛生系統職工道德建設標兵、廣東省五一勞動獎章、廣東好醫生、廣東省「我最喜歡的健康衛士」、全國先進工作者等稱號。
他潛心B肝科研，優化診療規範。經過長期大量的臨床積累和研究，侯金林擬定了「三個時間點」和「四化」的「慢性B肝抗病毒個體化治療路線圖」，首先在中國發現獨特的B肝病毒基因重組體和突變株及耐藥進化規律，揭示與治療應答和疾病進展的新機制，並通過一系列創新性臨床研究，用中國方案和技術改變了中國慢性B型肝炎抗病毒治療現狀和格局，用大數據證實中國方案可以大幅度提高療效，大幅度減少肝臟疾病進展和肝癌的發生。另外他首次提出制定了我國肝纖維化的無創診斷流程，形成國內首個專家共識，並驗證了結構學定量創新肝活檢診斷的新技術策略。
他致力公益項目，堅守醫者初心。侯金林在國際上首次提出「B肝母嬰零傳播」新理念，創造性地開展B肝母嬰零傳播工程公益項目，構建了世界衛生組織認可的B肝母嬰傳播全程防控跨學科跨社區臨床管理體系，在國際臨床權威雜誌發表《B型肝炎母嬰阻斷臨床管理流程（英文版）》，世界衛生組織稱這是中國制定指南國際應用的經典案例。為了因地制宜地調整防治方案，曾前往西藏崗巴、青海玉樹、新疆喀什等多地實地考察，了解這些偏遠地區的情況。