細胞衰老是老化的標誌,不僅對衰老相關疾病的發病機制很重要,還是一個潛在的治療靶標。衰老的細胞有特定的分子標誌物,還會表現出獨特的形態從而被識別。
深度學習技術是一種極具應用性的解決複雜任務的工具。在深度學習中,卷積神經網絡(CNN)是一類深度神經網絡,提高了圖像分類任務的準確性,並越來越多地在臨床中用作診斷工具。在此基礎上,來自日本慶應大學醫學院的ShinsukeYuasa教授團隊,開發了一個基於形態學的CNN系統—定量評分系統(Deep-SeSMo),可以成功地對衰老內皮細胞進行分類,並評估抗衰老藥物的效果。
該系統通過預先訓練好的CNN來優化衰老細胞的分類,隨後輸出細胞衰老的概率,即基於形態學的深度學習衰老評分。隨後利用Deep-SeSMo正確的評估常見的抗衰老藥物的效果。接著該團隊進一步擴大其在藥物篩選中的應用—在激酶抑制劑庫中篩選調控細胞衰老的化合物,使用Deep-SeSMo系統對細胞衰老進行評分,並與對照樣品比對、標準化和排序,確定了4種候選化合物(terreicacid, PD-98059, daidzein,Y-27632·2HCl)。進一步轉錄組測序實驗證實,這4種藥物均可通過減輕炎症來降低細胞衰老的表型。此外,團隊還研究了另外4種通過Deep-SeSMo分析被確定為無效的抗衰老藥物(SC-514,TYRPHOSTIN51, Indirubin, and SU4312),其衰老評分與對照組幾乎相同,對抗衰老關鍵通路P53-P21信號通路的幾乎沒有作用,進一步說明了系統的穩定性。
因此,基於形態學的CNN系統可以成為抗衰老藥物篩選的有力工具。
Kusumoto, D., Seki, T., Sawada, H. et al. Anti-senescent drug screening by deep learning-based morphology senescence scoring.
NatCommun 12, 257(2021).
撰文:Wahoo
編輯:VEGF
給咖灰加點蜂蜜