Align
align首先執行序列比對，然後進行結構疊加，進行多次迭代以便進行微調，在蛋白序列相似性大於30%的時候可以達到良好的效果。
用途
Align常常在結構生物學以及虛擬篩選中使用，當對不同的蛋白結構並對其進行比較時，我們就可以使用align比較蛋白結構，查看兩者之間的差異，這個結構上的差異有一個量化的指標就是RMSD。它的概念和計算方式，都會在下面列出。目前，pymo是一個很流行的三維蛋白結構顯示工具。本次的目的是，使用pymol對蛋白結構進行align，結果可以通過肉眼觀測或者RMSD進行量化。
用法
align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_gap [, object [, matrix [, mobile_state [, target_state [, quiet [, max_skip [, transform [, reset ]]]]]]]]]]]]]
解釋：
mobile =字符串：需要移動的對象名 target =字符串：目標的對象名 cutoff = 浮點數：截斷值，默認2.0 cycles =整數：最大循環數，默認5 gap, extend, max_gap: 序列對比參數 object = 字符串：創建的一個比較對象名，默認無 matrix = 字符串: 序列比對的替換矩陣的文件名，默認BLOSUM62 mobile_state =整數: 移動選擇的對象狀態，默認全狀態 target_state = 整數：目標選擇的對象狀態， 默認全狀態 transform = 0/1: 是否做疊加，默認1
Alignment Objects
可以使用object = somename參數創建align對象。align對象可以：
（1）對比序列查看器
（2）對比原子對結果展示3D查看器中的線條
（3）可以保存到clustalw序列比對文件
RMSD
單位是埃 RMSD,root-mean-square deviation，也就是均方根偏差。原子位置的均方根偏差是疊加蛋白質的原子（通常是骨架原子）之間的平均距離的量度。注意，RMSD計算可以應用於其他非蛋白質分子，如小的有機分子。在球狀蛋白質構象的研究中，通常在剛體進行完疊加後通過計算Cα原子坐標之間的RMSD來表徵三維結構的相似性。
等式：
其中δi是原子i與參考原子之間的距離。計算時通常只計算為骨架重原子C，N，O和Cα或有時僅計算Cα原子。例如給出兩套原子坐標，v和w，計算他們的RMSD就是，如下：
通常，RMSD用作兩種或更多種蛋白質結構之間相似性的定量測量，通常越低越好。
Examples
#獲取蛋白fetch 1oky 1t46#比較這兩個結構align 1oky, 1t46# 比較這兩個結構，比較比較對象命名為：alnobj，並且將alnobj保存為clustalw 文件,文件名為alignment.alnalign 1oky, 1t46, object=alnobjsave alignment.aln, alnobj
結果
alignment.aln文本內容
PS
附加滑鼠操作流程：1t46右側的A按鈕-->align-->to molecule-->1oky
參考網頁：https://pymolwiki.org/index.php/Align