珀耳修斯是宙斯與達那厄所生的兒子。達那厄的父親是阿耳戈斯國王阿克裡西俄斯，他得到一則神諭說：「國王的外孫將會篡奪王位並謀殺他。」珀耳修斯出生後，國王便將他和他的母親達那厄裝進一隻箱子裡，扔到了大海中。宙斯庇佑母子倆平安漂流到塞裡福斯島。島上有兩位國王，是狄克提斯和波呂得克忒斯兩兄弟。
狄克提斯正在海邊捕魚，看見水中漂著一隻箱子，就馬上將它拉上岸來。兄弟倆都十分同情達那厄母子，波呂得克忒斯娶達那厄為妻，並養育珀耳修斯長大。
珀耳修斯長大成人後，繼父波呂得克忒斯鼓勵他出去冒險，建功立業以博得美譽。珀耳修斯非常樂意，經過大家商議，決定讓他去砍掉墨杜莎那顆可怖的腦袋，帶回給塞裡福斯的國王。
珀耳修斯出發了，眾神指引他來到遙遠的地方。他想方設法找到魔法精湛的仙女，從她們那兒得到三件寶物：一雙飛鞋，一隻皮囊，一頂狗皮頭盔。擁有了這三件寶物的人，可以自由自在地飛翔，可以隱身看到想見的任何人。他從赫耳墨斯那兒又借到一副青銅盾牌。他準備好這些寶物，飛到了大海中怪物之父福爾庫斯的三個女兒戈耳工的住地。珀耳修斯就是前來斬取三女兒墨杜莎的腦袋的。
珀耳修斯看見女妖們正在酣睡，她們沒長人的皮膚，渾身遍布著龍鱗，她們的頭髮根根都是毒蛇，盤纏在頭上。任何人看到這些女妖都會馬上變成石頭，珀耳修斯知道這個奧秘。他背對著她們，用光亮的盾牌做鏡子，從中看清誰是墨杜莎。智慧女神雅典娜及時相助，他便順利地砍下了墨杜莎的腦袋。
珀耳修斯小心翼翼地將墨杜莎的腦袋裝進背上的皮囊中，迅速逃離。這時，墨杜莎的兩個姐姐飛身追趕，但珀耳修斯戴著仙女的狗皮頭盔，女妖們只得悻悻而歸。當他在天空中飛行時，狂風吹得他搖搖晃晃，結果墨杜莎的腦袋上滲出的鮮血，滴落在利比亞沙漠上，變成了許多五顏六色的毒蛇，從此以後，利比亞這地方毒蛇非常之多。
珀耳修斯向西飛行，中途在阿特拉斯國王的國土上降落，想歇息一夜。國王有一片樹林，樹上結著金果，旁邊有一條巨大的惡龍守衛著。國王惟恐珀耳修斯偷走他的金果，便拒絕珀耳修斯的請求，要他快點離開，珀耳修斯飛到衣索比亞的海岸邊，那是刻甫斯的領地。珀耳修斯看見海水中聳立的一塊巖石上，捆綁著一位姑娘。海風吹散了她的秀髮，姑娘淚流滿面。珀耳修斯對她一見傾心，便向她問道：「請告訴我，你為什麼會綁在這兒？告訴我你的名字和家在哪裡。」
姑娘羞澀地沉默了片刻後，為了不使年輕人誤以為她犯了什麼罪過，就回答道：「我叫安德羅梅達，是衣索比亞國王刻甫斯的女兒。我的母親向涅柔斯的女兒們，也就是海洋女仙們自誇，說自己比她們更美麗。海洋女仙們被激怒了，便請海神引發洪水，淹沒了全國。海神還派出一個妖怪，見了東西就吞吃下去。一則神諭說，要想免除這場大災難，就必須將我這個國王的女兒送給妖怪吃掉。父親就被國人所逼迫，只得含悲忍淚將我綁在這兒。」姑娘的話音剛落，海浪便滔天洶湧，從海底冒出一個妖怪，寬闊的胸脯遮蓋了整個海面。姑娘見狀嚇得大聲尖叫。她的父母也隨即趕到，母親因內疚而痛苦萬分。他們緊抱著女兒悲泣著，卻無計可施。
珀耳修斯趕緊說道：「你們想痛哭一場今後有的是時間，現在救人要緊。我是宙斯和達那厄的兒子，名叫珀耳修斯，神奇的翅膀能助我天空飛翔，墨杜莎也被我一劍砍死。如果姑娘在平安無事時，她也會在眾多的求婚者中選中我的。我現在就向她求婚，將她搭救出來。你們能答應我嗎？」她的父母由悲轉喜，答應將女兒嫁給他，還會把自己的王國作為陪嫁。
妖怪飛快地遊了過來，距離巖石只有一箭之遙。珀耳修斯雙腳蹬地，飛到了空中。妖怪看見他在海面的投影，立即向影子狂撲而去，好像有敵人要與它爭搶獵物。珀耳修斯像一隻雄鷹猛撲下來，落在妖怪的背上，他用殺死墨杜莎的利劍拼盡全力刺入妖怪的體內，外面只露出劍柄。他又使勁抽回寶劍，妖怪疼痛得一下衝向天空中，一下又鑽進海底，四處亂撞，就像一頭受傷的野豬。珀耳修斯一劍又一劍地向妖怪連連刺去，最後妖怪口中黑血向外噴湧。這時，珀耳修斯的雙翅也沾溼了，不能在空中久留。萬幸的是，水面上恰好有一塊露出水面的礁石，珀耳修斯就落下去用左手抓住石壁，右手持劍在妖怪的內臟中攪動了三四次。起伏的海浪捲走了妖怪的屍體。珀耳修斯飛到岸邊，爬到巖石上，解救了姑娘。姑娘滿懷著感激和愛慕之情，迎接珀耳修斯。他把姑娘交還給她欣喜若狂的父母，王宮的大門為他敞開，迎接這位乘龍快婿。
婚宴正在熱烈進行之際，王宮裡突然出現騷動。國王刻甫斯的弟弟菲紐斯帶著一隊武士衝了進來。他以前曾向侄女求婚，但在她的生死關頭卻拋棄了她。現在，他又來重提自己的要求。菲紐斯被國王刻甫斯一陣責罵，又氣又惱，用盡全力把長矛向珀耳修斯投去，但他的眼神欠佳，長矛一下子扎進了墊子中。珀耳修斯跳了起來，朝門口擲出標槍，菲紐斯閃身躲進祭壇後，逃過穿胸的致命一擊，但這一槍擊中了他的一名武士的前額。菲紐斯的武士們見勢不妙，立即衝上前去，與參加婚禮的賓客一場混戰。
菲紐斯的人在人數上大佔優勢，珀耳修斯被戰士團團包圍，大量飛箭向他射來。珀耳修斯靠著柱子的掩護，殺死了很多敵人。可是珀耳修斯眼見寡不敵眾，無奈之下只能使出最後的絕招了。他高聲喊道：「我這是被你們逼迫的，我要讓過去的敵人助我一臂之力了。是我朋友的都請背轉身去！」他從皮囊中取出墨杜莎的腦袋，朝衝殺過來的一個武士伸去，這人舉起標槍剛要投擲，卻保持著姿態變成了石頭。後面衝殺過來的人也同樣如此。珀耳修斯把墨杜莎的腦袋高高舉起，菲紐斯剩下的兩百個武士看見它後，也即刻變成了石頭。
這時菲紐斯後悔莫及，他的周遭全是姿態各異的石像。他驚恐萬狀，哀求珀耳修斯饒他一死。可是想到剛剛戰死的朋友，珀耳修斯異常激憤。菲紐斯不停躲閃，最終還是看見了那可怖的腦袋，連他眼中的淚水也變成了石頭。他驚懼地站著，雙手垂下，完全一副奴僕的嘴臉。珀耳修斯攜著美麗的安德羅梅達回到了故鄉，見到了思念已久的母親達那厄，過上了幸福的生活。
但他仍未躲過神諭的安排，他的外祖父阿克裡西俄斯因為害怕神諭成真，便逃到了彼拉斯齊國王那兒。這天，外祖父出席了一個競技會，珀耳修斯也因想去亞各斯看望外祖父而途經這裡。他十分欣喜，也參加了競技，誰知投擲出的鐵餅打中了他的外祖父。他後來知曉了事情的來龍去脈，心中悲痛異常。他將外祖父安葬在城外，然後賣掉了他所繼承的王國。
從此以後，命運之神再也沒有加害於他。安德羅梅達後來為他生下了一群可愛的兒子，他們將父親的榮耀一直發揚光大。
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