在1945年3月28號，日本商船「阿波丸號」攜帶數千噸中國黃金、白銀和珠寶以及其他戰略物資返回日本，但是遇到了美國潛艇。美國潛艇當即發射了4顆魚雷襲擊了阿波丸號，不過沒有擊沉這艘商船，倒是日本人自己引爆了船上的自爆裝置。
就在這艘船即將沉沒的時候，美國軍艦準備去救這些日本人，但是這些日本人拒絕接受幫助，寧願全部葬身大海，不過其中有一個唯一的生存者，只是他對阿波丸號的事情絕口不提。
當時日本和美國已經達成了協議，商船是可以自由通行的，不過美國人說因為大霧天氣，所以才誤擊了這艘商船；不過經過事後調查，美國的軍艦是從正面攻擊阿波丸號的。
值得注意的是，在1972年的時候尼克森訪華，給我國帶來了一份厚禮，那就是阿波丸號沉船坐標，他表示北京人頭蓋骨很可能就在那艘船上。這件事情傳出以後，很多發達國家都願意幫助中國打撈，不過我國自己去打撈了三年，除了發現一些礦石和日本人的遺骸之外，什麼都沒有發現。
所以這艘船上最有可能的是出現了北京人頭蓋骨，為什麼該事件如此之重要，會導致2000人直接自殺呢？這件事情看上去不可理解，畢竟一個商船上的日本人沒有必要做出和軍人一樣的舉動。
顯然如果日本的商船上有北京人頭蓋骨，那麼就證明日本人當時知道了達爾文進化論；要知道在二戰之前日本人都相信日本的天皇是神，而這是證明日本天皇不是神的直接證據。
如果當時在日本說天皇不是神，那麼這些人全都是死罪。也就是說這些人如果被美國人救起，然後又知道了北京人頭蓋骨這件事，他們被送到日本之後也是被滅口。這可能是這些日本人自殺的主要原因。
北京人頭骨最終在戰爭中落到了日本人手裡
在1940年日本開始佔領北平，我國和日本到了戰爭時刻。當時我國的考古專家認為，我國的古化石以及文物非常不安全，於是就把這些化石存放在北京協和醫院，畢竟北京協和醫院是美國人的勢力範圍，日本人是不敢隨意攻打的。
後來國民政府認為，這些關鍵的文物需要運往美國保存，在1941年8月，美國人威廉在美國海軍陸戰隊的護送下，攜帶4塊北京人頭骨經過秦皇島中轉前往美國。當時到秦皇島的時候，太平洋戰爭已經爆發，日本人便把威廉抓了起來，而北京人頭骨也就消失了。
但是在1942年2月，日本的報紙突然表示，北京人頭骨現在失竊，可能被美國轉移。同年日本特工錠者繁晴在天津剖腹自殺，主要是因為沒有找到這些文物，以死謝罪。
在1971年的時候，中國考古專家找到了當年的美國人威廉，他表示在自己被日本人抓捕之前，把兩個箱子轉交給了兩個中國朋友；不過有關部門調查後，箱子裡並沒有頭蓋骨。到了1996年，一名731部隊的軍醫表示，北京人頭蓋骨當年落到了日本人手裡，他和同事在協和醫院研究過。
二戰末，日本人想和美國人在本土決一死戰，所以天皇是神這件事至關重
由此可以肯定北京人頭蓋骨最終還是落到了日本人手裡，因為這些北京人頭蓋骨對日本來說是至關重要的，畢竟它們能夠證明日本起源於中國；最早出現的猿人是在中國，那麼就否定了天皇的神聖性，承認了達爾文進化論。
在1945年的時候，日本幾乎已經戰敗了，但是日本民眾一直都認為天皇是神不是人。1945年4月日本在太平洋戰場上敗局已定，不過此時美國還沒有投放原子彈，蘇聯人也沒有進攻東北，有很多日本軍官認為可以拼死一戰。
但要想所有的日本人必須和美國決一死戰，其先決條件是承認天皇是神，發揚日本的武士道精神，保住日本本土不被佔領；而如果承認了天皇是人，那麼日本人可能會在短時間內投降。所以北京人頭骨可能是日本人最想銷毀的達爾文進化論證據。
其實日本高層早就知道天皇是人不是神，但是他們依然在欺騙底層的民眾。當然日本也不想滅亡，所以為了保守這個秘密，這些人很有可能會自殺。這是推測船上2000人死掉的最合理原因，畢竟該商船沉沒之後，美國軍艦想救人，這些人卻拒絕美國軍艦的救助，是一件匪夷所思的事。
由於這些落水的人並不是軍人，根本就沒有義務自殺，故而最有可能的就是保守天皇的秘密，和美軍絕死一戰，以達到保護日本本土的目的。