在閱讀一些生物代謝物研究的文獻過程中,我們經常會遇到一些分子的結構式,如下面兩篇文章的真菌毒素(稻曲菌素)和木犀草素(Luteolin)的結構式。
(Food Control,2018)
(Cell death & disease,2017)
那麼如何繪製這樣的結構式呢?當然國外非常有名的ChemDraw軟體可以做到,但軟體非常貴,今天給大家介紹一款完全免費的軟體——InDraw,完全可以用於教學、科研的作圖,還可以進行藥物設計。
InDraw 是Integle 公司(一家中國公司)開發的結構式編輯器,有網頁版和桌面客戶端兩種形式,公司宣稱永久免費。可應用於化學、醫藥和生物等領域,並具有化學結構式搜索服務,是比較好用的國產軟體。
網頁版編輯器的網址:
http://www.integle.com/static/indraw
點網頁版編輯器的LOGO,進入官網下載桌面端的軟體,桌面端的軟體功能多一點。為了方便大家下載,桌面端的軟體已上傳到OmicShare論壇,點下面連結可到論壇下載。
連結:
http://www.omicshare.com/forum/thread-3946-1-1.html
手工繪製的方法很簡單,可以自由繪製想要的的結果,方法如下圖(這裡用桌面端進行演示)。繪製的圖形元件框選(工具欄第1個工具)後,可以進行旋轉,縮放等,也可以直接複製粘貼到Word、PPT中做插圖使用,非常方便。
從網頁中或文獻中查到的結構式,如何能為我所用?若結構式比較複雜,用手工繪製的方法顯然比較費時。而InDraw 具有識別圖片中的結構式的功能,點擊工具欄的 「剪刀」工具(最後1個),對結構式進行截圖,點完成 即可生成圖中的結構式,方法如下圖。
當然,識別的準確率可能達不到100%,部分結構可能還需手工修改。
點擊任務欄的文本工具,輸入物質名稱(IUPAC命名法),框選文本後,右鍵/名稱轉結構,就會直接出結果,方法如下圖。
InDraw繪製的結構式可支持多種圖片格式和分子格式,也支持ChemDraw的cdx格式(如下圖)。有一點不夠好的是不支持導出矢量圖。
繪製的結構式雖可複製粘貼到word 、PPT中直接使用,但仍以位圖的形式顯示。當然,如果想要獲得高分率的結構圖也是有辦法的,你可以在InDraw中選中結構式,整體放大後再複製粘貼或導出。
今天的內容就到這裡啦~
IUPAC命名法是由國際純粹與應用化學聯合會(International Union of Pure and Applied Chemistry,IUPAC)規定的系統命名有機化合物的方法。
Fu X, Wang W, Li Y, et al. Development of amonoclonal antibody with equal reactivity to ustiloxins A and B forquantification of main cyclopeptide mycotoxins in rice samples[J]. FoodControl, 2018, 92: 201e207.
Song S, Su Z, Xu H, et al. Luteolinselectively kills STAT3 highly activated gastric cancer cells through enhancingthe binding of STAT3 to SHP-1[J]. Cell death & disease, 2017, 8(2): e2612.