分子化學結構式的繪製

2021-02-28 基迪奧生物

在閱讀一些生物代謝物研究的文獻過程中,我們經常會遇到一些分子的結構式,如下面兩篇文章的真菌毒素(稻曲菌素)和木犀草素(Luteolin)的結構式。

(Food Control,2018)

(Cell death & disease,2017)

 

那麼如何繪製這樣的結構式呢?當然國外非常有名的ChemDraw軟體可以做到,但軟體非常貴,今天給大家介紹一款完全免費的軟體——InDraw,完全可以用於教學、科研的作圖,還可以進行藥物設計。

 

InDraw 是Integle 公司(一家中國公司)開發的結構式編輯器,有網頁版和桌面客戶端兩種形式,公司宣稱永久免費。可應用於化學、醫藥和生物等領域,並具有化學結構式搜索服務,是比較好用的國產軟體。

 

網頁版編輯器的網址:

http://www.integle.com/static/indraw

點網頁版編輯器的LOGO,進入官網下載桌面端的軟體,桌面端的軟體功能多一點。為了方便大家下載,桌面端的軟體已上傳到OmicShare論壇,點下面連結可到論壇下載。

 

連結:

http://www.omicshare.com/forum/thread-3946-1-1.html

手工繪製的方法很簡單,可以自由繪製想要的的結果,方法如下圖(這裡用桌面端進行演示)。繪製的圖形元件框選(工具欄第1個工具)後,可以進行旋轉,縮放等,也可以直接複製粘貼到Word、PPT中做插圖使用,非常方便。

從網頁中或文獻中查到的結構式,如何能為我所用?若結構式比較複雜,用手工繪製的方法顯然比較費時。而InDraw 具有識別圖片中的結構式的功能,點擊工具欄的 「剪刀」工具(最後1個),對結構式進行截圖,點完成 即可生成圖中的結構式,方法如下圖。

當然,識別的準確率可能達不到100%,部分結構可能還需手工修改。

點擊任務欄的文本工具,輸入物質名稱(IUPAC命名法),框選文本後,右鍵/名稱轉結構,就會直接出結果,方法如下圖。

 

InDraw繪製的結構式可支持多種圖片格式和分子格式,也支持ChemDraw的cdx格式(如下圖)。有一點不夠好的是不支持導出矢量圖。

 

繪製的結構式雖可複製粘貼到word 、PPT中直接使用,但仍以位圖的形式顯示。當然,如果想要獲得高分率的結構圖也是有辦法的,你可以在InDraw中選中結構式,整體放大後再複製粘貼或導出。

 

今天的內容就到這裡啦~

 

IUPAC命名法是由國際純粹與應用化學聯合會(International Union of Pure and Applied Chemistry,IUPAC)規定的系統命名有機化合物的方法。

Fu X, Wang W, Li Y, et al. Development of amonoclonal antibody with equal reactivity to ustiloxins A and B forquantification of main cyclopeptide mycotoxins in rice samples[J]. FoodControl, 2018, 92: 201e207.

Song S, Su Z, Xu H, et al. Luteolinselectively kills STAT3 highly activated gastric cancer cells through enhancingthe binding of STAT3 to SHP-1[J]. Cell death & disease, 2017, 8(2): e2612.

相關焦點

  • ChemOffice怎麼畫分子式結構圖 快捷繪製教程方法說明
    ChemOffice 作為一款專業性極強的化學和生物應用集合,強大的化學生物結構繪圖功能是大多數用戶親睞的主要原因,支持二維、三維模型的繪製,快速建立分子模型,幫助用戶完成整體的展示效果,下面就跟小編了解下具體繪製方法吧。
  • KingDraw PC教程 丨如何繪製結構式——化學鍵的使用
    KingDraw PC v1.0的左側工具欄中包含繪製結構式的多種鍵和工具,包括化學鍵、環形模版、電荷工具、括號工具、基團工具,以及流程圖工具等等,方便我們繪製各種結構式基礎化學鍵目前版本提供以下基礎鍵類型
  • 居然用化學結構式、分子式做驗證碼
    前幾天,突然收到一個求助,讓我幫忙看看一個化學結構式的分子式怎麼寫。我想這也太簡單了吧!看了一眼就給發過去了,但細想,簡單僅僅只是對理科生而言,遇到文科生,那可就真的難住了,這驗證碼簡直就是對文科生的歧視!
  • ChemDraw Pro(化學結構繪製工具)
    3、化合物快速搜索命名功能化學家可以使用ChemDraw Pro繪製並提交SciFinder化合物和反應直接搜索,無論是什麼化學類型或結構類型,都能夠更加迅速和準確地找到相關的化合物(結構),大大減少科研時間。
  • 看看ATP的結構簡式錯了沒?什麼是化學式(實驗式、分子式、結構式、示性式、電子式)
    咱們需要補充下化學知識,什麼是化學式?化學式是用元素符號表示物質組成的式子。化學式不僅表示物質由哪些元素組成, 還表示其中各元素原子數目的相對比數。 化學式僅表示純淨物, 混合物沒有化學式。化學式是實驗式、分子式、結構式、示性式、電子式的統稱。
  • 化學成分、結構及質譜查詢資料庫
    註:以下資料庫皆免費使用一、名稱與結構查詢首先推薦:
  • 論道醫藥專利|醫藥化工領域利用化學結構檢索專利的技巧
    採用PATENTSCOPE進行化學結構式檢索時,具有2種方式:(1)可以通過上傳結構式進行檢索,接受的格式包括結構式文件(文件類型MOL)或者圖片格式(文件類型png、gif、tiff和jpeg等);具體如下圖所示:(2)採用結構編輯器繪製或編輯結構,以非常直觀的方式繪製化學結構、反應和片段;具體如下圖所示:除此之外,近期PATENTSCOPE
  • 自從研究了化學分子結構後,我的笑點變得很奇怪……
    話說最近每天在科研裡投入了很多時間,畢竟化學理論知識的基礎比較差。我周圍的同學高中的時候幾乎都參加過化學奧賽,而我只參加過化學帕運賽。
  • 這些好看的化學化工圖形是如何繪製的?
    與文字敘述相比,圖形能夠更加形象、直觀地表達科學內容與技術知識,作為化工專業的學生,不管是做化工設計,還是寫科技論文,經常需要繪製工藝流程圖、實驗裝置圖、反應機理圖等等,除了最常用的Word、Excel、PPT,以及專業的繪圖軟體AutoCAD和科研必備萬能的Photoshop ,
  • 水的化學分子式是H2O,你知道人體化學方程式是什麼嗎?
    歡迎訂閱 我們都知道水的化學分子式是H2O,但是你未必知道自己的分子式。 美國德克薩斯州奧斯丁的科幻作家和生物學家Joe Hanson博士仔細考量和研究了這個問題,終於得出了人體的化學分子式。 他表示「人體化學分子」可能包含3.75億個氫原子,1.32億個氧原子以及0.85億碳原子。 相比較而言,「人體化學分子」僅有1個鈷原子和3摩爾的鉬原子。
  • 第三節 酶的分子組成和化學結構
    第三節 酶的分子組成和化學結構   一、酶的分子組成   根據酶的組成成份,可分單純酶和結合酶兩類。   單純酶(simple enzyme)是基本組成單位僅為胺基酸的一類酶。它的催化活性僅僅決定於它的蛋白質結構。
  • 高中化學知識點:非極性分子與極性分子
    2 通過對簡單的非極性分子和極性分子結構的分析,了解化學鍵的極性與分子的極性的關係。  教學重點:非極性分子與極性分子。  教學難點:分子結構與分子極性的關係。  教學方法:講授法、比較法、動畫模擬法及練習法等。
  • 材料、化學領域常用的十六大繪圖軟體
    ,將CIF文件轉成三維晶體形式,是一個程序用於繪製所有類型的原子結構,包括晶體,聚合物和分子。該軟體可用於畫化學結構、反應和圖形。也可用於設計與化學相關的報告和演講材料。該軟體一個重要功能是能夠自動計算所繪結構式的分子式、分子量、摩爾體積、摩爾折射率、折光率、表面張力、密度、介電常數、極化率等數據,免除人工計算的煩惱。
  • 荷蘭研究人員繪製出B型肝炎病毒的結構與組成圖
    荷蘭研究人員繪製出B型肝炎病毒的結構與組成圖 2008年07月31日 13:41 來源:科技日報 發表評論   荷蘭烏特列支大學研究人員利用一種最新開發的噴灑技術,繪製出了B型肝炎病毒的結構與組成圖
  • 繪製植物科學的分子圖—新聞—科學網
    科學家為模式植物擬南芥繪製比如將光能轉化成化學能並產生氧氣的葉子,或者從土壤中吸收養分的根?答案就在各自組織細胞的蛋白質模式。 蛋白質是每個細胞的主要分子。它們是生物催化劑,在細胞內部和細胞之間傳遞信號,形成細胞結構等等。德國慕尼黑工業大學的蛋白質組學和生物分析教授Bernhard Kuster解釋說:「要形成這些蛋白質模式,不僅重要的是組織中存在哪些蛋白質,更重要的是數量。」
  • 美研究人員繪製出新冠病毒關鍵蛋白分子的3D結構
    美國科研團隊首次繪製出新型冠狀病毒一個關鍵蛋白分子的3D結構,這種蛋白是開發疫苗、治療性抗體和藥物的關鍵靶點。 研究成果19日在線發表在美國《科學》雜誌上。
  • 化學結構式編輯步驟
    KingDraw作為一款專業型化學結構式編輯器,一直深受歡迎,尤其是它便捷的操作界面、熟悉的中文語言,無需過多的學習就能讓無數化學研究工作者輕鬆掌握,下面就跟小編一起來看看吧。 1、首先打開KingDraw電腦版,進入主界面,選擇【新建】,這裡小編以簡單的三甲胺(C3H9N)分子式為例。
  • 材料、化學領域常用的十六大繪圖軟體(部分附下載連結)
    它給出了直觀的圖形界面,開創了大量的變化功能,只要稍加實踐,便會很容易地繪製出高質量的化學結構圖形。該軟體可用於畫化學結構、反應和圖形。也可用於設計與化學相關的報告和演講材料。該軟體一個重要功能是能夠自動計算所繪結構式的分子式、分子量、摩爾體積、摩爾折射率、折光率、表面張力、密度、介電常數、極化率等數據,免除人工計算的煩惱。
  • 五大化學專業繪圖軟體
    該軟體可用於畫化學結構、反應和圖形。也可用於設計與化學相關的報告和演講材料。該軟體一個重要功能是能夠自動計算所繪結構式的分子式、分子量、摩爾體積、摩爾折射率、折光率、表面張力、密度、介電常數、極化率等數據,免除人工計算的煩惱。
  • 襄陽四中學生DIY400多件化學分子結構模型(圖)
    高二(13)班學生展示尖晶石分子結構模型。見習記者 劉濤 攝理科生觀看化學模型製作展。見習記者 劉濤 攝  湖北日報(荊楚網)消息(見習記者 劉濤 通訊員 劉建功)3月9日,襄陽四中校園內化學分子結構模型展吸引了眾多學生圍觀,這些利用桌球、牙籤、竹筷、橡皮泥、訂書釘等材料製作的化學分子結構模型讓同學們學習化學的興趣更加濃厚。