宏基因組按：科研中數據分析解讀佔用了我們太多時間，學習R語言是生物測序領域數據(reads count表)分析及可視化的首選。舉個例子，擴增子分析從fastq到OTU表至多是de novo或reference兩種套路(1-3天)。而對OTU表開始的組間比較、網絡分析、機器學習等會有上百種方法和展示方式，每一篇優秀的文章，都是數據反覆咀嚼上百次優化出來的結果(3個月-3年)，而這一漫長的科研之路有R語言技能的相伴，可將統計分析可視化操作一網打盡，定能助你事半功倍。
前期公眾號己分享了擴增子、宏基因組分析流程及可視化文章上百篇，但一直缺少基礎入門的知識。今天起分享一位從18年3月1號剛要從wet轉dry的學生零基礎學習筆記，供初學者學習，雖然筆記會有不系統的地方，但也正是初學者需要經歷和面對的，希望想入行的快上車，共同學習，一起成長。
學習R語言，需要先安裝R語言，只需要從 https://www.r-project.org/ 下載適合你系統的最新版本軟體安裝即可。R語言有個優秀的環境叫Rstudio，具體安裝可參考 《R語言學習 - 入門環境Rstudio》一文。
R語言中的數據類型（Data Types）R語言的對象（Objects）主要包括向量、矩陣、數組、數據框和列表。
R語言的對象有五種最基本的類型，即，字符型（character）、數值型（numeric，包括小數）、整型（integer）、複數型（complex）以及邏輯型（logical，TRUE/FALSE）
屬性是R語言對象的一部分。主要包括以下幾種：名字（names，dimnames），維度（dimensions，包括矩陣等），類別（class，包括數字、整數等），長度（length），以及其他。可通過 attributes()函數查看對象的屬性，不是所有對象都有屬性，如果沒有則返回NULL。
1. 向量向量（vector）是R語言中最基本的數據類型，執行組合功能的函數 c()可用來創建向量。
各類向量如下例所示：
a <- c (1, 2, 7, -4, 5) ## numeric
b <- c ("Rice", "Wheat") ## character
c <- c (TRUE, TRUE, FALSE, TRUE) ## logical
d <- c (1+0i, 2+4i) ## complex
e <- c (9:17) ## integer
注意：單個向量中的數據必須擁有相同的類型（數值型、字符型或邏輯型）。
創建空向量可以使用 vector()函數。例如創建一個指定長度為10、類型為數值型的空向量：
> x <- vector("numeric", length = 10)
> x
[1] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
另外，標量是只含一個元素的向量，它們用於保存常量。例如
f <- 3
g <- "US"
h <- TRUE
2. 矩陣矩陣（matrice）是具有維度屬性的向量，矩陣都是二維的，和向量類似，矩陣中也僅能包含一種數據類型。
主要有三種創建矩陣的方法：
（1）直接創建
例：數字1-20自動創建為一個5行4列的矩陣，自動填充第一列之後開始填充第二列
y <- matrix(1:20, nrow = 5, ncol = 4)
> y
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 6 11 16
[2,] 2 7 12 17
[3,] 3 8 13 18
[4,] 4 9 14 19
[5,] 5 10 15 20
> dim(y)
[1] 5 4 ##dim()看維度，5行4列
（2）矢量+維度向量
添加維度向量 dim()是將矢量轉變為矩陣的方法
> m <- c(1:10)
> m
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
> dim(m) <- c(2,5) ##2行5列
> m
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 3 5 7 9
[2,] 2 4 6 8 10
（3）綁定行或列來創建矩陣
綁定行或綁定列可以通過 cbind()和 rbind()來實現
> x <- 1:3
> y <- 10:12
> cbind (x, y)
x y
[1,] 1 10
[2,] 2 11
[3,] 3 12
> rbind (x, y)
[,1] [,2] [,3]
x 1 2 3
y 10 11 12
3. 數組數組（array）與矩陣類似，但是維度可以大於2。數組可通過array函數創建。
4. 列表列表（list）是一種可包含多種不同類型對象的向量，是一些對象（或成分，component）的有序集合。
> x <- list(1, "a", TRUE, 1 + 4i)
> x
[[1]]
[1] 1
[[2]]
[1] "a"
[[3]]
[1] TRUE
[[4]]
[1] 1+4i
5.數據框數據框（Data Frames）是一種特殊的列表，其中所用元素長度都相等，列表中的每個元素都可以看作一列，每個元素的長度可以看作行數。
創建顯式數據框的方法是 data.frame()
> ID <- c(1,2,3,4)
> age <- c(25,26,55,43)
> diabetes <- c("Type1","Type2","Type3","Type1")
> status <- c("Poor", "Improved", "Excellent","Poor")
> data <- data.frame(ID, age, diabetes, status)
> data
ID age diabetes status
1 1 25 Type1 Poor
2 2 26 Type2 Improved
3 3 55 Type3 Excellent
4 4 43 Type1 Poor
參考資料：
https://bookdown.org/rdpeng/rprogdatascience/R Programming for Data Science
《R語言實戰》 Robert I. Kabacoff
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