日公務船一進入即是入侵
領海基線是沿海國建立海洋管轄權主張的起始線。它是領海劃界，也是專屬經濟區，大陸架以及外大陸架的起始線和國家計算合法的海岸線的重要參考依據。《聯合國海洋法公約》規定，領海和內海都是有絕對主權的，包括水體，海底，上空的主權，和領土無異。而《中華人民共和國領海及毗連區法》第六條規定：「外國非軍用船舶，享有依法無害通過中華人民共和國領海的權利。外國軍用船舶進入中華人民共和國領海，須經中華人民共和國政府批准。」第七條則規定了「外國潛水艇和其他潛水器通過中華人民共和國領海，必須在海面航行，並展示其旗幟。」
按照《聯合國海洋法公約》的規定，有3種確定領海基線的方法：正常基線法、直線基線法、混合基線法。其中，直線基線法與正常基線法相比，明顯地擴展了國家管轄海域。除非另有主張，沿海國會有一條「正常」基線，它與沿岸低潮線是一致的。然而，根據國際法還可以劃出一些直線基線作為正常基線的補充。
復旦大學教授馮瑋指出，中國對釣魚島及附屬島嶼領海基線的確定，就意味著釣魚島及其附屬島嶼及其領海是具有絕對主權，日本公務船或者自衛隊進入釣魚島海域將直接被視為是入侵，中國海監或者漁政甚至是中國海軍的軍艦完全有責任和義務維護國家主權和領土完整不受侵犯。
同時，釣魚島領海基線的確定，也在東海劃界問題上給日本狠狠一擊，徹底否定了日本對釣魚島的所謂實際控制，以後外國軍船要進入釣魚島海域，必須經過中國政府許可，同時未來東海劃界中日之間的談判空間基本已經被封死。