PCR ARRAY 應用指南——分子功能篇

2020-12-04 PCR晶片網

案例一:人抗病毒響應和人幹擾素受體PCR ARRAY

案例二:細胞-細胞和細胞-基質相互作用PCR ARRAY

案例三:細胞周期PCR ARRAY

案例四:凋亡PCR ARRAY

案例五:小鼠炎症反應與自身免疫PCR ARRAY

案例六:小鼠細胞外基質和粘附分子PCR ARRAY

案例七:小鼠幹細胞PCR ARRAY

案例八:壞死PCR ARRAY

案例九:氧化應激PCR ARRAY

案例十:壓力和毒性PCR ARRAY

● 案例一:寨卡病毒(ZIKV)損害視網膜色素上皮細胞的穩態和功能

文章信息:

Zika virus induces strong inflammatory responses and impairs homeostasis and function of the human retinal pigment epithelium

Yannick Simonin, Nejla Erkilic, Krishna Damodar, Marion Clé, Caroline Desmetz , Karine Bolloré, Mehdi Taleb

https://doi.org/10.1016/j.ebiom.2018.12.010

發表雜誌:EBioMedicine(IF=5)

實驗材料:iPSC衍生的人視網膜色素上皮(RPE)模型

實驗方法:ZIKV亞洲菌株和ZIKV非洲菌株分別感染RPE,進行人抗病毒響應和人幹擾素受體PCR 陣列檢測

實驗目的:檢驗RPE對ZIKV的抗病毒響應機制

使用晶片:人抗病毒響應和人幹擾素受體PCR ARRAY

● 案例二:去細胞化的胞外基質生物墨水和外部刺激增強體外培養心臟組織的發育

文章信息:

Decellularized extracellular matrix bioinks and the external stimuli to enhance cardiac tissue development in vitro

Sanskrita Das , Seok-Won Kim , Yeong-Jin Choi , Sooyeon Lee , Se-Hwan Lee , Jeong-Sik Kong , Hun-Jun Park , Dong-Woo Cho , Jinah Jang

https://doi.org/10.1016/j.actbio.2019.04.026

發表雜誌:Acta Biomaterialia(IF=7)

實驗材料:3D列印技術製造的工程心臟組織細胞 (EHT)

實驗方法:不同濃度細胞外基質(ECM)處理EHT,然後用細胞-細胞和細胞-基質相互作用PCR ARRAY檢測EHT

實驗目的:通過細胞-細胞和細胞-基質相互作用PCR ARRAY篩選涉及調節心臟組織結構的基因

使用晶片:細胞-細胞和細胞-基質相互作用PCR ARRAY

● 案例三:細胞周期調控和抑癌RNA的過度編輯促進惡性祖細胞增殖

文章信息:

Hyper-Editing of Cell-Cycle Regulatory and Tumor Suppressor RNA Promotes Malignant Progenitor Propagation

Qingfei Jiang, Jane Isquith, Maria Anna Zipeto, ..., Gabriel Pineda, Frida Holm, Catriona Jamieson

https://doi.org/10.1016/j.ccell.2018.11.017

發表雜誌:Cancer Cell(IF=26)

實驗材料:正常臍帶血,慢性粒細胞白血病急變期和慢性期病人臍帶血

實驗方法:通過細胞周期PCR陣列再用ADAR1 WT,ADAR1 E912A和慢病毒載體轉導的臍帶血造血幹細胞和祖細胞HSPC(n = 5)上的84個轉錄本進行qPCR檢測

實驗目的:篩選差異表達的細胞周期基因

使用晶片:細胞周期PCR ARRAY

● 案例四:TCDD通過使全身和肝臟鐵穩態失調來促進肝纖維化

文章信息:

TCDD promotes liver fibrosis through disordering systemic and hepatic iron homeostasis

Changying Li , Yingying Liu , Zheng Dong , Ming Xu , Ming Gao , Min Cong , Sijin Liu

https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2020.122588

發表雜誌:Journal of Hazardous Materials (IF=9)

實驗材料:72隻雄性Balb / C 小鼠隨機分為12組 (n = 6)

實驗方法:用不同劑量TCDD處理Balb / C小鼠,隨後進行凋亡PCR ARRAY檢測

實驗目的:研究TCDD誘導的肝細胞凋亡的機制

使用晶片:凋亡PCR ARRAY

● 案例五:漿細胞是衰老的骨髓中促進骨髓生成的專一性效應因子

文章信息:Plasma Cells Are Obligate Effectors of Enhanced Myelopoiesis in Aging Bone Marrow

Peter D. Pioli, David Casero, Encarnacion Montecino-Rodriguez, Sherie L. Morrison, Kenneth Dorshkind

https://doi.org/10.1016/j.immuni.2019.06.006

發表雜誌:Immunity(IF=26)

實驗材料:C57BL/6J幼鼠和老年鼠

實驗方法:幼鼠和huCD20和muCD138處理的老年小鼠漿細胞分選出My-HSCs和CMPs,使用84個基因的小鼠炎症反應和自身免疫PCR陣列檢測My-HSCs和CMPs

實驗目的:年齡對幼鼠和huCD20和muCD138處理的老年鼠細胞因子和趨化因子的基因表達影響

使用晶片:小鼠炎症反應與自身免疫PCR ARRAY

● 案例六:Smad2和Smad3在調節小鼠成纖維細胞體內穩態功能中的作用

文章信息:

The role of Smad2 and Smad3 in regulating homeostatic functions offibroblasts in vitro and in adult mice

Shuaibo Huang, Bijun Chen, Claudio Humeres, Linda Alex, Anis Hanna, Nikolaos G. Frangogiannis

https://doi.org/10.1016/j.bbamcr.2020.118703

發表雜誌:BBA - Molecular Cell Research (IF=4)

實驗材料:C57 / BL6J小鼠

實驗方法:從正常小鼠(C57 / BL6J)心臟中分離並培養成纖維細胞,Smad2 siRNA、Smad3 siRNA、Smad2-siRNA+Smad3 siRNA轉染成纖維細胞,對細胞進行小鼠細胞外基質和粘附分子PCR 陣列檢測

實驗目的:敲低Smad2和Smad3對小鼠心臟成纖維細胞基線膠原基因轉錄的影響

使用晶片:小鼠細胞外基質和粘附分子PCR ARRAY

● 案例七:Ras激活有助於乳腺癌小鼠模型中Sca-1 pos細胞的維持和擴增

文章信息:Ras activation contributes to the maintenance and expansion of Sca-1 pos cells in a mouse model of breast cancer

Ran-Ju Kim , Soo-Rim Kim , Kyung-Jin Roh , Sang-Bum Park , Jeong-Ran Park

https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2014.10.010

發表雜誌:Cancer Letters(IF=7)

實驗材料:人乳腺癌4T1細胞

實驗方法:Sca-1標記的4T1細胞分為Sca-1 pos組,Sca -1 neg 組和對照組,然後使用小鼠幹細胞PCR陣列進行檢測

實驗目的:比較Sca-1 pos和Sca-1 neg 之間幹細胞相關基因的基因表達差異

使用晶片:小鼠幹細胞PCR ARRAY

● 案例八:MsrA調節並保護細胞免受生殖支原體對細胞的毒害

文章信息:

Methionine sulfoxide reductase A (MsrA) modulates cells and protects against Mycoplasma genitalium induced cytotoxicity

Kishore Das , Omar Garnica, Javier Flores , Subramanian Dhandayuthapani

https://doi.org/10.1016/j.freeradbiomed.2020.03.019

發表雜誌:Free Radical Biology and Medicine (IF=6)

實驗材料:HeLa細胞,生殖支原體G37

實驗方法:G37感染HeLa細胞組,MsrA預處理HeLa細胞組,G37感染MsrA預處理HeLa細胞組和對照組進行含84個基因的壞死PCR ARRAY檢測

實驗目的:通過壞死PCR ARRAY篩選出G37感染HeLa細胞中,細胞死亡的核心基因

使用晶片:壞死PCR ARRAY

● 案例九:氟氰菊酯(CYF)對人神經母細胞瘤SH-SY5Y細胞的氧化應激及相關基因表達的影響

文章信息:

Oxidative stress and related gene expression effects of cyfluthrin in human neuroblastoma SH-SY5Y cells: Protective effect of melatonin

María-Aránzazu Martínez, José-Luis Rodríguez, Bernardo Lopez-Torres, Marta Martínez, María-Rosa Martínez-Larraaga, Arturo Anadón, Irma Ares

https://doi.org/10.1016/j.envres.2019.108579

發表雜誌:Environmental Research(IF=5)

實驗材料:人多巴胺能神經母細胞瘤SH-SY5Y細胞系

實驗方法:SH-SY5Y細胞CYF處理組,CYF+MEL處理組和對照組進行氧化應激PCR ARRAY檢測

實驗目的:氟氰菊酯對人神經母細胞瘤SH-SY5Y細胞氧化應激的影響

使用晶片:氧化應激PCR ARRAY

● 案例十:吸菸和肥胖為變量研究人類對環境危險因素的敏感度

文章信息:

Transcriptional differences between smokers and non-smokers and variance by obesity as a risk factor for human sensitivity to environmental exposures

Maria Nikodemova, Jeremiah Yee, Patrick R.Carney, Christopher A.Bradfield, Kristen MC.Malecki

https://doi.org/10.1016/j.envint.2018.02.016

發表雜誌:Environment International(IF=7)

實驗材料:吸菸者25人,不吸菸者25人,其中吸菸者有15人不胖,10人肥胖

實驗方法:取測試者血液進行含84個基因的壓力和毒性PCR ARRAY檢測

實驗目的:比較吸菸者和不吸菸者之間、肥胖者和不胖者之間的壓力和毒性相關基因表達差異使用晶片:壓力和毒性PCR ARRAY

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