【實驗目的】
1、掌握蛋白質序列檢索的操作方法；
2、熟悉蛋白質基本性質分析；
3、熟悉基於序列同源性分析的蛋白質功能預測，了解基於motif、 結構位點、結構功能域資料庫的蛋白質功能預測；
4、了解蛋白質結構預測。
【實驗內容】
1、使用Entrez或SRS信息查詢系統檢索人脂聯素 (adiponectin)蛋白質序列；
2、使用BioEdit軟體對上述蛋白質序列進行分子質量、胺基酸組成、和疏水性等基本性質分析；
3、對人脂聯素蛋白質序列進行基於NCBI/Blast軟體的蛋白質同源性分析；
4、對人脂聯素蛋白質序列進行motif結構分析；
5、對人脂聯素蛋白質序列進行二級結構和三維結構預測。
【實驗方法】
1、人脂聯素蛋白質序列的檢索：
（1）調用Internet瀏覽器並在其地址欄輸入Entrez網址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez)；
（2）在Search後的選擇欄中選擇protein；
（3）在輸入欄輸入homo sapiens adiponectin；
（4）點擊go後顯示序列接受號及序列名稱；
（5）點擊序列接受號NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])後顯示序列詳細信息；
（6）將序列轉為FASTA格式保存(參考上述步驟使用SRS信息查詢系統檢索人脂聯素蛋白質序列)；
2、使用BioEdit軟體對人脂聯素蛋白質序列進行分子質量、胺基酸組成和疏水性等基本性質分析：
打開BioEdit軟體→將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列輸入分析框→點擊左側序列說明框中的序列說明→點擊sequence欄→選擇protein→點擊Amino Acid Composition→查看該蛋白質分子質量和胺基酸組成；
或者選擇protein後，點擊Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看該蛋白質分子疏水性水平；
3、人脂聯素蛋白質序列的蛋白質同源性分析：
（1）進入NCBI/Blast網頁；
（2）選擇Protein-protein BLAST (blastp) ；
（3）將FASTA格式序列貼入輸入欄；
（4）點擊BLAST；
（5）查看與之同源的蛋白質；
4、人脂聯素蛋白質序列的motif結構分析：
（1）進入http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN網頁；
（2）將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；
（3）點擊Scan；
（4）查看分析結果（注意Prosite Profile中的motif information）；
5、人脂聯素蛋白質序列的二級結構預測：
（1） 進入下列蛋白結構預測伺服器網址：
http//www.embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html (The PredictProtein Server)；
（2）在You can欄點擊default；
（3）填寫email地址和序列名稱；
（4）將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄點擊Submit；
（5）從email信箱查看分析結果；
6、人脂聯素蛋白質序列的三維結構預測：
（1） 進入
http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）網頁；
（2）填寫email地址、姓名和序列名稱；
（3）將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄；
（4）點擊Send Request；
（5）從email信箱查看分析結果（註：需下載軟體入rasmol查看三維圖象）。
【作業】
1、提交使用上述軟體對人脂聯素蛋白質序列進行基本性質分析、同源性分析、motif結構分析以及二級結構和三維結構預測的結果；
2、相互對比結果，說明產生不同結果的原因，總結進行上述分析所需注意的關鍵事項。
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