馬達加斯加全境大概有二十個國家公園，除了昂達西貝、石林等比較有名建立較早的國家公園以外，其他 的國家公園都比較偏遠，一般情況下是要先搭乘國內航班到離其最近的城市，然後再包車或者是報團前往， 路程都要兩三天，而且很多公園內部無酒店，需要露營在野外，條件非常艱苦，也許正是因為遠離人類活動， 這些國家公園才能保存好現有的自然環境，宜於動植物生活。
一、Andasibe Mantadia
這是距離首都最近也是遊客遊覽最多的國家公園，是馬達加斯加最早設立的保護區之一。由兩處保護區組成，分別是MANTADIA國家公園和ANALAMAZAOTRA保護區。完整的熱帶雨林生態系統為大量稀有動植物提供了絕侍的棲息環境，包括11種狐猴（其中最著名的是INDRI狐猴，這是所有狐猴當中體型最大也是儀有的短尾狐猴，目前只在該區域生存，且迄今為止，還從沒有被人類成功籠養的先例），幾十種鳥類和上千種爬行、兩棲動物，此外還有大量的稀有植物包括蘭花屬和蕨類植物等。
二、Andohahela
該保護區因地形的多樣化（包括高山、河流、盆地和稀樹草原）而同時具有多種生態而出名，佔地面積76000公頃，有"濃縮的馬達加斯加"之名。這裡生活著13種狐猴，也是SIFAKA狐猴（跳舞狐猴）的老家，而這裡的植物90%都具備藥用功效，是巨大天然的藥學農場。
三、Kirindy Mitea
對著莫三比克海峽，從海岸線上向內陸延伸，這裡是馬達加斯加西部和南部相接的地帶，熱帶灌木林和針刺植物覆蓋著這片草原，但是主角卻是或高聳或粗壯肥胖的「猴麵包樹」。這片保護區的物種獨有性是馬達加斯加國家公園裡面「本土化率」最高的之一，生活著11種哺乳動物（4種狐猴），47種鳥類（33種當地獨有）和23種爬行動物（全是當地獨有的）。
四、Ankarana
形成於數百萬年前的這塊保護區有著巖溶地貌，峽谷與地下暗河密布，這裡蜿蜒著全非洲最長的暗河河水系（有110公裡），大小不一的巖洞是探洞愛好者的樂園。保護區內生活有11種狐猴，60種爬行動物和92種鳥類以及全島一半以上種類的蝙蝠也生活徵這片保護區內。
五、Ankarafantsika
這裡豐富的溼地和湖泊是馬達加斯加禽類棲息的天堂，多達126種鳥類（包括著名的MESITEBLANC）吸引著來自全世界的鳥類愛好者。保護區內生活著大約8種狐猴，是最小的靈長類動物——小鼠狐猴MICROCEBE主要棲息地。該國家公園是馬達加斯加為數不多的常年有國際動物科研組織駐紮的保護區之一。
六、Baly
這裡是近年來馬達加斯加政府新設立的國家公園之一，儘管相對其它國家公園還不為遊客熟悉，但這片保護區卻有著獨一無二的明星動物——世界上最珍稀瀕危的陸龜種類（全球十大最瀕臨滅絕動物之一）安格諾卡龜(ANGONOKA)，俗稱犁頭龜。另外，因為其獨有的位於海灣區域的地理環境，熱帶灌木和溼地並存的生態系統也為多種動植物提供了寬泛的生活條件，海灣區域還是火烈鳥和海豚經常出沒的地點。
七、Bemaraha
這裡是不僅是馬國最大的國家公園，也是最早入選UNESCO世界自然遺產的馬達加斯加國家公園，以其世界獨一無二的喀斯特石林地貌著稱於世。這裡完整的保存了億萬年來馬島孤獨進化的地質地貌和生態。被譽為「世界最大的天然迷宮」。至今還沒有任何一支科考隊能完整詳實的探測該地區，所以這裡堪稱是自然科學家和崇尚探索發現的背包客們夢寐以求的聖地。
八、lsalo
這是馬達加斯加"最受歡迎"也是每年參觀遊客人數最多的國家公園之一，公園特色在於其形成於侏羅紀時期的獨特地貌，對地殼運動有著極為重要的研究意義，所以被稱之為地質公園。保護區內峽谷溝壑縱橫，暗河流淌，卻又存在著保存良好的原始森林，並且生長棲息著眾多獨特珍奇的動植物。目前這裡生活著14種狐猴，如環尾狐猴、黑白狐猴和77種鳥類，大約400種旱帶植物中大部分是當地獨有的。
九、Andringitra
馬達加斯加第二高峰LEPICBODY（2658米）位於該國家公園內，因為當地居民多信本土宗教，一些傳統和禁忌為該保護區增添了神秘的外衣，高海拔的環尾狐猴被當地人認為是聖物，這裡也是生物多樣件最集中體現的保護區之一，有"大自然的實驗室"美譽。在這裡能發現進化史上最佔老的和最近代的爬行動物共存，還包括不少14種狐猴，109種鳥類和200多種昆蟲以及多達1000多種植物。