院派工作組到化學所和微生物所進行調查研究整風試點
1961年1月14日至18日，中共八屆九中全會在北京舉行。會議正式通過了「調整、鞏固、充實、提高」的八字方針，決定在農村進行整風整社等。在會上，毛澤東號召全黨大興調查研究之風。1月25日，院黨組討論貫徹中共八屆九中全會精神，決定在北京召開座談會，聽取科學工作者的意見；並決定「抓點」，到一些研究所進行整風試點，調查研究，總結大躍進的經驗教訓。2月，向化學所和微生物所派出由張勁夫、杜潤生、謝鑫鶴帶隊的兩個調查組。5月8日，召開兩所全體人員大會，動員科技人員對「科學十四條」草稿提意見。同年夏結束調查。兩個所的調查工作，為「科學十四條」的制定提供了背景材料。
承接大型熱應力試驗設備研製
大型熱應力試驗設備(代號151工程)是研究高速飛行器結構的重要設備。飛行器在高速飛行時，因與空氣摩擦，溫度急劇上升，從而引起飛行器材料性能的惡化；又由於產生附加的熱應力，使結構材料的承載能力大大降低。因此，有可能出現險情。由於飛行器結構複雜，對這種熱應力難以用分析計算方法來精確研究。大型熱應力試驗設備用於在地面模擬研究飛行器高速飛行時受熱應力情況。1961年初，七機部提出要求，經國防科委批准，委託自動化所研製。1961年2月，自動化所正式組建151任務辦公室，同時組成了以自動化所為主，七機部702所參加的研究隊伍，開始研製工作。協作單位還有長春光機所、瀋陽金屬所、上海冶金所、力學所。
設備包括加熱、加載、測量三個系統。加熱系統模擬高速飛行器在空中受到氣動力加熱情況；加載系統模擬飛行器高速飛行時承受載荷情況；而測量系統則對溫度、應力分布情況進行測量、計算、記錄和顯示。科研人員自力更生，團結協作，完全用國產元件、器材，自行研製成功。1965年7月組織鑑定。七機部運用這套設備對飛彈彈頭、尾翼以及高速飛機的結構進行了地面試驗，取得了預期的結果。
「04」單位各所實行院與國防科委雙重領導
為了進一步發揮中國科學院的作用，根據聶榮臻關於「04」單位各研究所由中國科學院與國防科委雙重領導的指示，國防科委於1961年2月23日召開會議，研究如何實現和具體分工協作等問題，中國科學院、五院、國防科委有關領導出席。會議議定：(1)「04」單位各研究所建制、行政與政治領導仍屬中國科學院；有關國防科學研究任務和發展規劃，由國防科委和中國科學院根據國防科學研究任務的統一安排，共同商定；(2)「04」各所仍本著中國科學院黨組所提「一保、二補、三探」方針，著重理論性的研究和方向性的探索，儘可能先走一步，為設計部門工作提供資料和途徑；(3)對委託尖端研究項目、材料供應和資料使用方面擬議了有關規定。此後，聶榮臻批准了國防科委呈送《關於中國科學院『04』各研究機構實行雙重領導關係的會議紀要》。
世界上第一隻無父的母蟾蜍產卵傳種
1961年3月7日，實驗生物研究所所長朱洗及其助手實現了世界上第一隻無父的母蟾蜍產卵傳種。蛙科動物的人工單性生殖研究工作，中、法、美、德、比、日本等國科學家，在此之前的五十年中做得很多，雖然得到一些蝌蚪或極少數無父的子代，但這些後代從來未能到達產卵傳種的階段。朱洗等自1951年以來，對此進行了多年研究。1959年3月，他們給2076個蛙卵針刺注血，一共得到14隻蝌蚪，其中有兩隻成為小蟾蜍，都是雌性的。這其中的一隻，經過冬眠，於1961年3月初出蟄，與對照組的雄體抱對數日後，未見產卵，經過腦垂腺催產注射，36小時後順利產出3000多隻卵球，受精後發育良好，成為無外祖父的蝌蚪。這一成果證明人工單性生殖的子裔是能夠傳種接代的。
錢學森主持五院、力學所協作會議
1961年5月，錢學森主持召開國防部五院與科學院力學所協作會議(稱518會議)，為發揮科學院的科技潛力，為火箭和飛彈服務，確定五大協作任務：即液體火箭發動機燃燒，傳熱理論與實驗研究(代號101任務)；飛彈氣動力學問題研究(102任務)；飛彈彈體結構強度的研究(103任務)；衝壓噴氣發動機的關鍵理論問題(104任務)；金屬薄板典型零件爆炸成型的基本理論研究(105任務)。為了確保任務完成，力學所先後組織了五個研究室進行這些工作。
由於力學所早在1959年就在北京郊區建立了高能燃料推進劑和火箭發動機實驗基地，初步具備接受「液氫液氧發動機的燃燒及傳熱問題」委託研究的實驗條件。在錢學森、林鴻蓀指導下，科研人員用了兩年多時間，完成了氫氧發動機總體方案的探索性研究，進行了小型發動機的實驗研究，建立了液氧在超臨界壓力下傳熱實驗系統和液氫液氧火箭發動機燃燒試車系統。根據國防科委安排，1966年4月完成鑑定總結，並將全部研究成果和技術資料交給五院。「105任務」，在鄭哲敏領導下，用了四年多時間，和有關部門合作，進行了上千次試驗，得出「爆炸成型相似律」理論。並進一步研究無模自由成型法，解決了大型模具澆鑄的困難。其他各項任務，也都有很好的結果，為五院飛彈研製，提供了理論和實驗數據。
聶榮臻指示「三家要扭成一股繩」
1961年5月，聶榮臻說：「五院、二機部、中國科學院，三家要扭成一股繩，共同完成國防尖端任務」。據此指示精神，1961年7月24日，國防科委向中國科學院、二機部、五院發函指出：為更好地在國防尖端部門貫徹中央關於「調整、鞏固、充實、提高」和「縮短戰線，集中力量打殲滅戰」的方針，國防科委決定成立中國科學院與二機部、中國科學院與五院兩個協作小組，以便加強對協作的領導，充分發揮中國科學院有關研究所的作用，更密切地為「兩彈」服務，真正做到中國科學院、二機部、五院三家扭成一股繩。
中國科學院與二機部的協作小組由劉傑(二機部部長)、錢三強(二機部副部長)、張勁夫、裴麗生、劉西堯(國防科委副主任)組成；中國科學院與五院的協作小組由王諍(五院副院長)、錢學森(五院副院長)、張勁夫、裴麗生、劉西堯組成。
組織星際航行座談會
為開展星際航行做學術上、幹部上的準備，1961年下半年，科學院組織進行了六次「星際航行座談會」。第一次座談會於6月3日召開，由院黨組副書記、副院長裴麗生主持，力學、電子、自動化、地球物理、生物物理、數學、金屬各研究所及上海機電設計院共9個單位42人參加。會上錢學森做了「今天蘇聯及美國星際航行中的火箭動力及其展望」的報告，並展開了熱烈的專業討論。以後參加人數逐步增多，發展到200人。並邀請了五院、國防科委、國家科委有關人員參加。錢學森曾給新技術局寫信，對座談會的組織、近期學術報告的選題範圍以及名詞標準化等問題提出建議，對座談會起到了很好的引導作用。
三年內先後共組織了12次星際航行座談會，分別由裴麗生、錢學森、趙九章主持。由此很好地交流了學術觀點，為開展人造衛星、星際航行的研究工作，做了一些學術上的準備。座談會上的報告，由新技術局編成《星際航行座談會資料彙編》，於1965年1月由科學出版社出版。
起草《科學十四條》
1958年的「大躍進」和1959年的廬山會議，由於指導思想和政策上的失誤，給工作造成巨大的困難。毛澤東感到問題的嚴重性，於1961年初號召全黨大興調查研究之風，並要求各條戰線總結出方針政策性的條條來。據此，全國第一個出現的政策性文件是《農業六十條》，第二個就是《關於自然科學研究機構當前工作的十四條意見(草案)》(簡稱《科學十四條》)。
十四條的起草分兩個階段。第一階段是出於中國科學院內部政策調整的需要；第二階段則是在聶榮臻副總理直接領導下作為全國性的科技工作的綱領性文件。起步時，院黨組決定此事由杜潤生負責組織，汪志華，吳明瑜，朱琴珊等同志參加文件的起草工作。經過深入細緻的調查研究，吸取了上海神仙會眾多科學家的意見，1961年2月提出了當前工作的若干條意見。2月底召開研究所領導參加的黨組擴大會議，集體討論修改為14條。3月，院黨組決定由黨組成員率隊到化學所和微生物所進行整風試點。杜潤生分工到化學所蹲點，開展地毯式調查研究。在此基礎上，對十四條作了修改補充。1961年4月，草稿呈送聶榮臻，他認為這十四條很好，建議面向全國，文件改用國家科委黨組和中國科學院黨組聯署上報，文件名稱改為《關於自然科學研究機構當前工作的十四條意見(草稿)》,簡稱《科學十四條》。同時，要起草一份以聶總的名義給中央的報告，對十四條中的最重要的幾項政策規定作了詳細闡述。4 月下旬，在杭州，在聶榮臻的直接領導下，韓光、範長江、于光遠、張勁夫、杜潤生等負責同志又進行了討論，此後回到北京還討論過一次。4 -5月間，張勁夫、杜潤生先後兩次到上海，徵求上海市委和上海分院領導的意見，在北京又召開科學家座談會，聽取修改意見。科學院的汪志華、吳明瑜，科委的甘子玉，中宣部的龔育之等，參加了這些討論，並在杜潤生組織下，進行具體的文件修改工作，最後由聶榮臻定稿。6月，十四條和聶榮臻的報告上報中央。7月19日，經中央正式批准下達，對全國科學界產生了重大影響，被譽為「科學憲法」。
《科學十四條》的內容概要是：(1)研究機構的根本任務是提供科學成果、培養研究人才(後簡稱「出成果、出人才」)；(2)保持科研工作相對穩定；(3)正確貫徹理論聯繫實際的原則；(4)計劃的制定和檢查要從實際出發，適應科學工作的特點；(5)發揚敢想、敢說、敢幹的精神，堅持工作的嚴肅性、嚴格性和嚴密性(簡稱「三敢三嚴」)；(6)堅決保證科學研究工作時間；(7)建立系統的幹部培養制度；(8)加強協作、發展交流；(9)勤儉辦科學；(10)百花齊放、百家爭鳴；(11)團結、教育和改造知識分子；(12)加強思想政治工作；(13)大興調查研究；(14)健全領導制度。
在當時的歷史條件下，「十四條」中最關鍵、最敏感的問題有四個。第一，明確研究機構的根本任務是「出成果、出人才」；第二，尊重科學家、保護科學家，提出「初步紅」的標準(擁護黨，擁護社會主義，用自己的專業為社會主義服務)；第三，明確所一級黨委才有領導權，基層黨組織只起保證作用，黨員要尊重非黨科學家的意見；第四，認真貫徹「雙百方針」，區分政治問題和學術問題的界限，思想問題和行動問題的界限。
中央政治局討論通過《科學十四條》
1961年7月6日，政治局開會討論聶榮臻的《關於自然科學工作中若干政策問題的請示報告》，和國家科委黨組、中國科學院黨組《關於自然科學研究機構當前工作的十四條意見(草案)》。聶榮臻對《十四條》產生的過程和內容做了說明，張勁夫補充介紹了〈科學十四條〉在科學院試點的情況和反映。
鄧小平在討論發言中認為這「是個好文件，可以試行，很有必要。試行後在實踐中加以修訂補充，使其成為科學工作中的憲法。」他對有關黨的工作部分提出了補充修改意見，提出「黨怎樣工作？要創造一個生動活潑，人心舒暢的局面，出科學成果。黨的領導幹部要和科學家交朋友，關心幫助他們……要老老實實當好勤務員，為科學家服務，替他們解決困難。」周恩來說：「要向我們的幹部講清楚，我們為科學家服務好了，科學家就為社會主義服務得好。總而言之，都是為了社會主義。」
《科學十四條》在中央政治局會議上獲一致通過。1961年7月19日正式以中央文件下發。中央認為這個文件不僅適用於科學院，也適用於一切有知識分子的地方，所以下發的範圍較廣，被譽為「科研機構的憲法」。
裴麗生、錢三強赴東北安排與原子彈研製有關的任務
五人協作小組成立後，中國科學院與二機部的協作關係又進一步發展到一個更新的階段。雙方領導親自動手，共同摸索安排任務的有效方式。1961年7月12日至31日，裴麗生、錢三強帶領中國科學院與二機部共同組成的工作組，赴瀋陽、長春、哈爾濱，與中國科學院金屬所、應化所、土木建築所共同磋商，分別安排了二機部有關金屬鈾冶煉、核燃料化學、反應堆結構力學的研究任務。
這次安排任務，首先貫徹了「三家扭成一股繩，共同完成國防尖端任務」的精神。過去國防部門因為保密，不敢技術交底，只簡單「交題目」，造成科研人員辛勤努力完成的結果卻常與實際需要有距離，影響積極性。這次是以「共同完成任務」為目標，雙方技術交底，通過共同討論，明確技術關鍵，確定任務方案。提高了科學家承擔任務的積極性，增強了完成任務的信心。其次，在安排任務中貫徹「十四條」的精神，充分調動一切研究技術人員的積極性，改變了過去對人員政治審查偏嚴的作法。上述研究所被吸收參加到三項工作上的人力，相當於二機部本項工作人員的一倍至一倍半以上，並有相當一批高中級研究人員參加。此外，在組織措施上，還採取了對核心工作組織專業研究室的辦法，理論性和遠期性的工作則仍在原來的研究室、組進行。
此後，兩位領導人還用同樣的方法，相繼赴中南、華東安排任務。
承接核燃料前處理中化學問題的研究
核燃料前處理是指從鈾礦中提取、純化和精製鈾的一系列化合物的化工生產過程，為製造各類核燃料提供合格原料。核燃料前處理中化學問題研究，主要是解決鈾的純化和四氟化鈾、六氟化鈾的製備。由於中國科學院早在五十年代末就組織了原子能化學聯合作業組，所以在1961年7月接受二機部委託任務時，能較快地解決鈾水冶廠設計和建設中提出的科學技術問題。
蘇聯毀約停援，給正在安裝設備的衡陽鈾水冶廠造成很大技術困難。1962年1月，二機部在該廠召開技術現場會，由錢三強副部長主持，邀請中國科學院新技術局、上海有機化學所、長沙礦冶所、長春應化所的專家參加，幫助解決了該廠投料試生產中的148個技術問題，對該廠的順利投產起了很大作用。
應化所用熱分解法解決鈾的純化，用三種方法從二氧化鈾製備四氟化鈾，收率達第二次日內瓦國際會議記錄的水平，又用氟化法製得六氟化鈾，向二機部提供了六氟化鈾結晶樣品。化學所開展了四氟化鈾反應動力學、四氟化鈾燒結問題和雜質研究等，研究結果對生產實際有重要指導意義。
承接核燃料後處理工藝流程委託任務
核燃料在反應堆內發生裂變反應以後，其物理性能和化學組成均發生變化。到一定限度時就必須將輻照過的燃料元件從反應堆內卸出，經過一段時間「冷卻」，即讓放射性明顯衰減後，再通過一系列的化學處理，從中回收和提取有價值的物質(如鈽—239和已貧化的天然鈾)，這一過程稱為「輻照過的核燃料後處理」，簡稱「後處理」。提取出的鈾可送回鈾同位素分離廠濃縮，鈽也可返回元件製造廠，再製成反應堆元件。因此，後處理是構成核燃料循環不可缺少的環節。科學院的有關研究所對後處理工藝流程有關問題的研究始於1961年。1963年8月30日，二機部在長春召開會議，提出要在短期內，依靠自己力量完成蘇聯留下的沉澱法後處理工廠的設計及建廠工作。長春應化所與化學所接受了委託，承擔沉澱法後處理工藝參數的驗證及其化學問題的研究，做了多項工作，按期完成並提交報告，作為建廠的依據。
但沉澱法流程是國外四十年代的陳舊流程，操作複雜，放射性廢物量大。自五十年代，美蘇已相繼改用萃取法流程。應化所、化學所又承擔了萃取法流程的部分工作。為中國第一個萃取法鈽分離工廠提供了部分設計數據。1965年後又開展了幹法流程的研究，化學所、應化所、化冶所合作承擔。1968年為二機部提供了整套設計參數。
承接核燃料元件研製委託任務
為了滿足反應堆的各種性能要求，以及便於補充、更換和後處理，在大多數情況下，必須把核燃料製成一定形狀的可更換的單元體，才能裝入堆內。這種單元體就稱為「核燃料元件」。核燃料元件是反應堆的核心部件，它的性能直接影響反應堆的安全可靠性，故其研究與製造在核工業中極為重要。按照反應堆用途的不同，核燃料元件分為生產堆元件、試驗堆元件和動力堆元件。
1961年7月，金屬所承接的生產堆元件是中國大型生產反應堆的核心部分。該所接到任務後，立即抽調100餘人組建了兩個研究室(鈾化學冶金室和鈾物理冶金室)、兩個研究組(分析組和軋制組)，立即開展工作。所長李薰和副所長張沛霖，分別兼任該兩室主任。到1966年初，先後建立了生產堆核燃料元件工藝技術實驗室10個，測試儀器設備29臺(其中自行研製18臺)，四年多共完成較大研究課題30餘個，寫出研究報告60餘篇。除把研究成果提供二機部外，還先後派數批科技人員下廠，與二機部元件廠的工程技術人員和工人一起，進行試生產，修改了蘇聯原來的工藝參數，建立了多種不可缺少的檢測技術，使元件的產品質量達到或超過蘇聯產品水平。
在下達生產堆元件任務的同時，還要求金屬所考慮核潛艇動力堆元件的研製，包括元件芯體、元件焊接工藝以及有關化學分析和物理檢測。1965年，中央軍委決定加快核潛艇的研製工作，要求二機部在1970年建成核潛艇動力陸上模式堆。為此，在金屬所召開核燃料冶金會議，要求潛艇核燃料元件必須在1966年三季度試製過關，並提供批量產品，以滿足堆物理的需要。按會議商定，金屬所全部從事此項工作的研究人員，連同所有實驗設備，都集中到二機部元件生產廠聯合攻關。先後完成了動力堆燃料元件芯體以及供擴試和大量生產的設備，研製完成了封裝芯塊的合金套管以及難度極大的焊接工藝及設備。
1966年，參加此項工作的大部分人員調給二機部新成立的專業研究機構。金屬所不再承擔有關任務。冶金學家張沛霖副所長則早在此之前就調往二機部核燃料局任職。
參與鈾礦開採、選礦水冶研究
鈾礦的開採、鈾的提取和精製是核工業的重要組成部分。1960年，由於蘇聯專家撤走並帶走有關資料，迫使正處於投產前夕的中國重點鈾礦山和鈾水冶廠(中國把鈾的提取與精製廠統稱鈾水冶廠)不能順利投產。1961年9月，五人協作小組成員裴麗生、錢三強率領工作組到湖南鈾礦廠視察，併到中國科學院礦冶所，具體布置協同二機部開展「三礦一廠」(三個鈾礦、一個水冶廠)的採礦、選礦、化學冶金方面的研究攻關工作。該所專門為此成立了鈾採礦研究室、選礦研究室、鈾水冶研究室和5個鈾礦分析化驗小組，建立了巖石力學、爆破、鑿巖、光彈、放射性選礦、浸出、離子交換、溶劑萃取、鈾化合物純化等實驗研究。先後承接二機部委託鈾礦方面科研課題40餘個，投入人力佔全所科技人員一半以上。科技人員深入現場，對解決現場的實際問題，穩定和促進生產發揮了作用。特別是對711礦開採工藝的改進，對712礦礦石破碎問題的研究，對272廠水冶工藝的研究，其成果至今大部分仍在生產中應用。
鈾礦採場有放射性氡氣，吸到肺裡能引起肺癌和加速矽肺病的發展。礦冶所七名研究技術人員，在1964年初，在接受降低採場氡氣濃度的任務後，不顧個人安危，深入採場進行試驗，有時需在採場氡氣濃度超過允許水平十多倍的環境下工作。經過一年半的實測和降氡試驗，終於找到了不同於國外的簡便方法，使採場氡氣濃度降到國家允許水平以下，為礦工創造了比較安全的操作環境。
頒發《七十二條》
科學院為了貫徹《十四條》，又進一步制定了《中國科學院自然科學研究所暫行條例》(簡稱《七十二條》)。並於1961年9月15日頒發院屬各所。「七十二條」的內容包括總則、所務委員會、學術委員會、研究室、研究工作的管理、研究技術人員、研究生和在職幹部的培養、科學服務機構、黨的組織和附則等部分，每部分各有若干條款。
總則規定研究所必須實行所黨委領導下的以所長為首的所務委員會負責制，圍繞「出成果、出人才」開展工作。所務委員會討論和決定研究所的計劃、經費、機構及人員的安排等；而學術委員會則側重審定學科發展方向、鑑定成果、考核技術幹部及組織學術活動。所務委員會和學術委員會主要由科學家組成。條例規定了研究室的組織、任務以及研究室主任必須由中級以上科學工作者擔任；對於研究技術人員的條件、考核標準以及研究生的選拔、培養都有明確條文；條例特別指出所一級的組織是全所的領導核心，而研究所下屬各級黨組織，只起保證監督作用。
中國第一臺紅寶石雷射器研製成功
光波與無線電均為電磁波，但無線電波放大、變頻、外差、列陣等技術都很成功，而光波卻很困難。長春光機所王之江、鄧錫銘等一批青年科研人員在王大珩領導下，分析既有的理論和方法，研究光源與無線電發射源的不同，受50年代中期國外發明微波量子放大器的啟發，設想把它延伸到光波，製造光量子放大器。正當此時，美國物理學家於1958年在《物理評論》上發表了《紅外與光激射器》的論文，指出把微波激射器的原理推廣到紅外與光波段的可能。王之江等立即意識到經典光學若干定律的限制將被突破，相干性光波的產生和應用將有廣泛的發展前景。他們迅速開展了雷射器的研製，1961年9月，成功地用國產紅寶石研製出了中國第一臺雷射器，並在《科學通報》上發表了第一篇有關雷射的文章。儘管它比美國在1960年5月問世的第一臺雷射器晚了一年，但卻有自己的特色。它採用球形照明器作為激發光源並首先採用了外腔結構，比美國第一臺紅寶石雷射器性能更優越、效率更高。它的研製成功，在中國開闢了一個全新的研究領域。
鄧錫銘、王乃弘、劉頌豪、幹福熹等於1963、1964年先後研製了氦氖雷射器、砷化鎵半導體雷射器、氟化鈣雷射器、釹玻璃雷射器等。同一時期，電子所、半導體所等雷射器的研究，都進展很快。考慮到雷射的發展前景及對雷射器的需要，1964年4月，院決定把長春光機所從事雷射研究和電子所以黃武漢為首的從事量子電子學研究的兩部分人員和設備調往上海，組建了上海光機所。
精簡機構，下放人員
1961年5月，中共中央在北京舉行工作會議。會議根據「大躍進」之後面臨的經濟困難，決定大力壓縮城市人口和城鎮糧食銷量。規定三年內城市人口要減少2000萬人以上。主要對象是1958年1月以來參加工作和來自農村的新職工。6月28日，中央發出《關於精簡職工工作若干問題的通知》。中國 科學院在「大躍進」中，同樣是機構和人員大大膨脹。1957年底，院有獨立機構97個，職工總數17294人。到1960年底，獨立機構膨脹達111個，職工總數膨脹為57976人。根據中央關於壓縮城市人口，支援農村勞動力的指示，大躍進中到科學院的三萬名轉業兵，這時大多數回到農村。同時，調整了一部分力量充實和支援其他部門的科研機構。經過調整，到1961年底，全院職工總數減少到40957人。
同時，對研究機構也做了調整。調整的原則是，必須具備以下三個條件的研究所才予以保留。即(1)至少有一個助理研究員(相當於大學的講師)以上的研究骨幹和一批專業對口又適合做研究工作的幹部；(2)有一定的實驗設備和房屋；(3)方向比較明確，能夠開展研究工作。經調整以後，到1961年底，獨立機構壓縮為86個。
此期間，對分院機構也做了調整，到1962年底，除新疆分院外，各省、市、自治區科學分院一律撤消，但成立中國科學院中南、華東、西北、西南、東北五個分院和華北辦事處。
承接高效能炸藥研製任務
1961年12月，二機部向軍委報告，建議科學院集中力量專門研究高效能炸藥。院決定確定由蘭州化物所承擔。1962年4月，首次協作會議確定蘭州化物所、上海有機所、力學所等單位抽調人員，在蘭州開展工作。蘭州化物所為此組建了包括炸藥合成、分析測試、裝藥成型、放大試驗、爆轟理論在內的一整套完整的研究體系，最多時曾抽調150餘人，佔該所科技人員的43%。
高效能炸藥主要用於引爆氫彈，在國內是空白，沒有任何直接的文獻資料可供參考。他們經過艱苦的努力，1965年9月研製出樣品，各項性能超出使用部門原定指標。經放大實驗，向二機部提供了相當數量的產品。後經使用部門做了某些修改，成功地用於中國第一顆氫彈。
1970年9月，科學院將52名研究高效能炸藥的科技人員調給二機部。1972年6月，將蘭州化物所經10年建設起來的研製高效能炸藥部分劃歸軍工生產部門。其中劃交的固定資產佔全所的二分之一，科技人員230人，佔全所的三分之一。
完成雲南和華南熱帶生物資源綜合考察計劃
「熱帶地區特種生物資源的研究與開發」是十二年規劃中四大綜合考察任務之一。早在50年代初，由於西方對中國封鎖禁運，使國內產不足需的橡膠和紫膠等戰備物資的供應受到威脅。科學院曾與有關部門合作開發中國自己的熱帶資源。自1952年起，在華南地區先對海南島、粵西和廣西沿海地區進行了三葉橡膠樹宜林區的踏查；1953年起，在滇南進行了橡膠樹種植條件的考察。1955年，中蘇兩國科學院合作組織紫膠工作隊，進行考察。
1956年，重新組建的華南和雲南兩個熱帶生物資源綜合考察隊，在原有考察工作的基礎上，對中國熱帶、亞熱帶地區，全面開展了以橡膠樹宜林地選擇為主的熱帶生物資源考察。經過五年的野外考察和室內研究，共選出橡膠樹宜林地2000多畝，其中綜合自然條件有利於橡膠樹生長發育、具有較高的速生豐產潛力、年可割膠期在240天以上的一等地佔27.4%，並根據各類橡膠樹宜林地植膠的生產成本分析，對中國天然橡膠的生產布局提出了具體建議。各隊在完成計劃內考察的同時，在野外考察中還發現不少考察地區蘊藏著十分豐富的熱帶、亞熱帶生物資源和礦產。兩考察隊除分別編寫了有關省(區)熱帶、亞熱帶植物資源考察報告、開發方案、專題研究和學科專著外，還共同編寫了《我國南方六省(區)熱帶亞熱帶地區以橡膠為主的植物資源綜合開發方案》。為國家和地方有關部門開發這一地區資源提供了科學依據。
歷年參加考察的有100多個單位、近4000人次，竺可楨副院長以及熊毅、馬溶之、任美鍔、吳徵鎰、蔡希陶、席承藩、吳傳鈞、張同鑄等著名科學家以及蘇聯學者H.B.蘇卡喬夫都先後參加了此項工作。