刺客信條，做育碧旗下久負盛名的系列遊戲，有著豐富的故事性以及龐大的世界觀。歷作的故事都是圍繞著刺客與聖殿騎士兩個神秘組織。在各個歷史時期的爭端展開的。追求自由的思考，以及追尋秩序的聖殿騎士都想用自己的信念來影響世界。在漫長人類的進程中，這兩方勢力此消彼長，持續的跨越千年的爭鬥。而刺客信條起源這部作品，把我們帶到了遙遠的古埃及時期。為我們講述了刺客兄弟會的起源。刺客這個潛伏於黑暗中的光明使者，究竟是如何誕生的，人類的歷史為什麼會需要刺客？這些問題的答案，或許能在刺客信條起源的主角巴耶克的故事裡找到。
刺客信條起源的故事發生在公元前49年到公元前43年的埃及。這個時候還沒有誕生刺客兄弟會，所以主角巴耶克並不是所謂的刺客，而是一名守護者。守護者是古埃及文明中負責保衛人民的一類人，有著悠久的歷史。不過在遊戲的時代背景下，古埃及已經走到了末期。玩家看到的是一個在託勒密家族統治下的希臘化的古埃及。語言，文字，風俗。政治制度等，都已經受到了希臘文明很深的影響。所以守護者們也漸漸消失殆盡了。只有在錫瓦這種偏遠地區，才保留著最正宗的古埃及文化。也因此還存在著最後的守護者者，巴耶克。作為一名守護者，巴耶克承擔著保護當地居民，維護治安的任務，頗受當地人尊敬。她有一個美麗能幹的妻子艾雅，以及一個可愛的兒子卡慕，看起來日子過得還算幸福美滿。但是作為刺客信條主角的他，是註定無法安穩平靜的走完自己一生的。某一天，一夥戴著面具的人來到了錫瓦，二話不說就綁走了巴耶克和他的兒子卡慕，原來這夥人手中有一顆伊甸蘋果，想要用其打開錫瓦的寶庫，探尋其中的秘密。但是伊甸蘋果在這夥人手中只能勉強拿來當肉搏武器使用，他那並不知道怎麼發揮其真正用途，自然也就無法用它來打開寶庫的大門。所以這夥面具人抓住了巴耶克和卡慕，認為身為當地守護者的巴耶克肯定知道怎麼使用伊甸蘋果打開寶庫大門。但其實吧巴耶克對著這顆寶珠，也只能大眼瞪小眼，一頭霧水。危急時刻，兒子卡慕鼓起勇氣偷來了一把匕首。這才使得巴耶克能夠掙脫束縛。但畢竟寡不敵眾，在隨後的一番搏鬥中，兒子卡慕被匕首刺進了胸口，當場死亡。而巴耶克也被蘋果砸暈。
這件事之後巴耶克一直被兒子死亡的陰影折磨著。在往後的日子裡巴耶克跟妻子艾雅一起追蹤線索，尋求復仇。遊戲的故事便由此展開。之前也提到過主角巴耶克並不是一名刺客。所以在操控他的時候，跟操控歷代的其它幾位刺客主角比起來是有很不一樣的感覺的。之前的刺客們在我腦海中留下的形象是穿著帥氣的刺客袍隱匿在人群中。隨後找準機會，便一巴掌推開人群衝向一位欺壓人民的惡人。彈出袖劍，終結對方的生命。隨後事了拂身去，深藏功與名。這些刺客們不僅有一種特立獨行，凌駕於眾生之上的感覺。更是有一種千軍萬馬避白袍的雄偉氣勢。總結起來就是很帥，很神秘。反觀巴耶克，他雖然長得有幾分姿色。但撇開那些花裡胡哨的傳奇服裝不談。單從默認服裝來看，就顯得比較普通。除了配飾還算豐富啊，典型的埃及服裝，並沒有給人一種特立獨行的感覺。再加上身為守護者的巴耶克經常跟各地的民眾打交道，幫他們處理日常遇到的麻煩。這更讓巴耶克多了一種親民的感覺，少了一股高冷和神秘感。可以說，之前的刺客是隱匿在民眾之中的神秘使者。而巴耶克則是跟民眾打成一片的三好鄰居。刺客們的視點更高，有更遠大的思想抱負。而守護者巴耶克則更注重處理眼下的一些小問題。所以這一作難免會讓人覺得缺少了點刺客的感覺。如果不是有系列標誌性的鳥瞰同步點和信仰之躍的話。在玩這遊戲的時候，旁人都看不出這玩的是刺客信條。當然，造成這種感覺的主要原因，歸根結底還是主角的身份背景和往代有一些差距以及這一作進行了開放世界的rpg玩法變革。有些風格上的差異也算是情有可原。
在裝備方面，巴耶克同樣擁有刺客們的寶貝，袖劍。這個東西是埃及豔后送給艾雅，艾雅又轉送給巴耶克的。他們稱這把袖劍為遠古之刃，至於來歷，我們就不得而知了。只知道他曾用來刺殺過暴君薛西斯。當然，當時的袖劍還沒有被改良，劍刃的彈出會對無名指有威脅。巴耶克也是在後來的使用中，不得已傷到了無名指才導致的斷指，除了暗殺用的袖劍，巴耶克還能夠使用各類刀槍，棍棒，弓箭，以及各種常見的工具。而在能力方面巴耶克掌握的一手意念控制的拐彎箭矢實在讓人稱奇，另外它的鷹眼也比較特殊。是通過跟自己的一隻名為賽奴的雌鷹夥伴共享視野來實現的，非常神奇。不過據說康納的女兒也有這種跟動物聯動的能力。在其他方面，包括跑酷，信仰之躍，暗殺，正面衝突，這些後續刺客們擁有的能力吧巴耶克也一應俱全。憑藉這些出色的能力巴耶克能夠在復仇的道路上，孤身一人端掉整個兵營。亦或為了情報徵服殘酷的競技場。為了復仇巴耶克也是毫不猶豫的直面了很多艱難險阻。而隨著復仇的深入，他也不可避免的卷進了一系列政治權力的陰暗鬥爭之中。當時的埃及可以說是犬牙交錯，混亂不堪。女王埃及豔后在與自己親弟弟爭奪王位。而另一邊，羅馬勢力龐貝與凱撒的介入。無疑是為這本就亂成一鍋粥的埃及澆上了一瓢熱油。無疑，巴耶克的復仇對象正是這場混亂的政治鬥爭中的重要角色。這夥面具人屬於一個叫做維序者的組織。這是一個擁有強大實力的組織，他們在幕後操控著整個埃及的政治，經濟，戰爭等多方面。他們追求壓制人民自由意志，追求絕對的權力。這些理念和聖殿騎士非常相近。所以這個維序者組織，極有可能就是聖殿騎士的前身。他們有著很高的權力和影響力，但是一直躲在幕後，民眾們並不知道他們的存在。他們利用權勢壓榨平民，幹盡了壞事，給民眾帶來了諸多的苦難。在埃及的內部鬥爭方便方面，維序者們驅逐了女王，克萊奧帕特拉。讓女王12歲的弟弟託勒密13世坐上了法老之位。可以說，女王就是被維序者弄下臺的。因此尋求復仇的巴耶克跟女王就有了共同的敵人，利害一致。所以巴耶克夫婦就順理成章的跟女王聯手，共同對付維序者。
在這個過程中巴耶克的妻子艾雅漸漸有了更深遠的思想。他把目光放到了政治上，想要幫女王坐上王位，想要追尋更偉大的志業，但巴耶克不想牽連太多政治上的事情。他只想完成復仇，然後和艾雅過回從前的生活。雖然身為守護者的巴耶克總是在盡著保護平民的責任。但他的責任也僅限於幫民眾解決眼下的困難還沒有上升到保家衛國，憂民憂國的高度。夫妻倆愛著彼此，也有著共同的復仇目標。但是對未來的想法和規劃方面漸漸有了分歧。到了後來巴耶克幹掉了眾多維序者，進入了復仇的尾聲。而另一邊，在艾雅的幫助下，女王也成功迷惑了羅馬的掌權者凱撒大帝。並且幹掉了弟弟託勒密十三四。這讓女王成功坐上了埃及法老的寶座。這一切仿佛即將落幕，但就在這個時候，故事出現了轉折。巴耶克最後的仇人維序者之一的弗拉維烏斯，居然是凱撒的手下。而凱撒也阻止了巴耶克對弗拉維烏斯的復仇。看起來曾跟巴耶克並肩作戰過的凱撒，其實是維序者的同夥。而這個時候，女王也果斷站在了有權有勢的凱撒這邊。不顧之前的恩情，拋棄了巴耶克和艾雅。這時的巴耶克和艾雅終於恍然大悟。原來自己一直支持的女王和凱撒並不是什麼好鳥。他們跟那幫維序者一樣，都是只在乎權力毫無仁義的人。巴耶克的復仇之路終結了許多貪婪的掌權者，但卻令其他沉迷權勢的人強大了起來。他們都是一類人，只想要獲得一手遮天的權力。為此，甚至利用與權杖結合後的伊甸蘋果來迷惑民眾心智，妄圖掌控人心。人民在他們的統治下，只會承受更多苦難。看清了這一切，後巴耶克和艾雅開始對這一幫人深痛惡絕。雖然形勢不容樂觀，但是夫妻倆並沒有放棄復仇。巴耶克孤軍深入幹掉了最後的仇人弗拉維烏斯，讓兒子卡慕的靈魂得到了安息。
完成了復仇後，夫妻倆該決定怎麼去過今後的日子。是要放下一切好好生活，還是要投入於偉大的抱負之中，其實他們都知道，在捲入了這些政治陰謀，看到了這麼多的暴權與不公後。他們無法對此置之不理。現在還沒有到塵埃落定的時候，更遠大的事情在召喚著他們。艾雅對此早有準備，只是後知後覺的巴耶克就比較難以抉擇了。但最後他還是放下了跟艾雅之間的愛，決定為了更偉大的善行而犧牲自己的人生。並且決定改變之前魯莽的行事風格，轉為在陰影中行動。暗殺那些罪有應得，妄圖控制人民思想的惡人。無形者組織就此誕生，這也就是刺客兄弟會的前身。在這之後，艾雅前往羅馬，刺殺了獨裁暴君凱撒。並在羅馬建立了無形者分部，而巴耶克留在埃及發展兄弟會。正是在這樣一個人民飽受掌權者欺壓的時代下，誕生了刺客兄弟會的雛形。在之後的每一個歷史更迭中，每當人民遭到掌權者的荼害時。總是會有刺客站出來，維護人民的自由意志，對抗暴權與不公。