LEfSe分析，可以分析組間菌群差異，可以找出各組間特異的主要菌群，有助於開發biomaker等研究。現在，我們自己也可以進行Lefse分析，只需要按照要求整理好相應的表格即可，下文是具體步驟及示例數據，大家可以自行進行嘗試。
數據準備,輸入文件
樣本豐度表，處理的格式如下圖所示:
第一行：樣本分組
第二行：樣本名字
登陸網址：
http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxy/
網站界面如下圖：
該網站可以進行16s一些分析，具體的分析工具如上圖的右手邊所示，相當是一個雲平臺。
具體操作步驟
1）上傳需要分析的數據
點擊Get Data。
這裡有各種上傳數據的方式，可以從本地電腦上傳，也可以從UCSC網上直接下載等，現在我們需要從本地電腦上傳因此點擊Upload File。
在加載本地數據的時候要注意本地數據的格式，一般16s分析豐度表都是以table鍵來分割的，因此可以選擇格式為tabular，開始就可以點擊start,當上傳完 本地數據，就開始運行。
2）進行LEfSe分析
當點擊LEfSe後出現如下菜單，有六個選項，分別為：
因此可以依次點擊A,B,C,D按鈕，進行依次數據的處理和分析。
A、當點擊A時：
可以根據上面的提示進行參數的設計，一般需要設定是class（數據準備第一行），和subclass（數據準備第二行），其它都可以採用默認參數。分析如下圖。
B、LDA分析
點擊B) LDA Effect Size (LEfSe)就會對數據進行在線的LDA分析，如下圖：
同樣可以進行參數的修改，主要是修改p值（默認的是0.05）。
計算的結果可以在右手邊的工具欄查找，如下圖：
點擊可以查看數據LDA計算的結果，做到這一步整個分析已經算是完成了，以下就是對結果進行圖像的展示。
C、圖形展示LEfSe分析結果
可以根據需求對展示圖片進行設置，主要是像素和圖片格式，分析結果同樣可以在網頁的右邊顯示，結果如下：
可以將結果進行保存。
不同樣本中biomaker的LDA情況。
D、繪製 Cladogram 圖
點擊 Plot Cladogram出現的頁面如下：
同樣可以設置不同的參數，主要是圖片像素和格式。結果如下：
「往期回顧」
【Nature】腸道微生物組可將突變型p53從抑制腫瘤轉變為致癌
【Ecology and Evolution】腸道宏基因組測序解碼範圍有限的珊瑚礁魚類物種多樣性
【Environment International】宏基因組測序揭示空氣汙染程度與腸道微生物組相關
【Ann Rheum Dis】全基因組全血轉錄組譜分析歐洲人群系統性硬化症
【mSystems】互補的宏基因組方法促進森林土壤微生物多樣性重建
【自然】通過全球宏基因組學研究巨型病毒眾多及其與宿主的相互作用關係
【客戶文章】通過亞硝酸鹽-厭氧氨氧化和硫酸鹽-厭氧氨氧化方式從垃圾滲漏中中高效高效去除氮和硫酸鹽
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