看到朋友圈有人轉發的推文 Nature|重大發現！人類的近親肺魚基因組被解析，點進去看到裡面有一張進化樹的圖
image.png正好自己最近在學習R語言的ggtree，之前也在ggtree的幫助文檔看到過類似的圖片，所以決定重複一下這張圖
論文是
Giant lungfish genome elucidates the conquest of land by vertebrates
image.png首先是將右側的動物圖片截圖保存好用拉丁名來命名，屬和種之間用下劃線分隔
image.png接下來是模擬一個進化樹文件(((((((Anolis_carolinensis:0.4,Gallus_gallus:0.32)94:0.4,Homo_sapiens:0.3)95:0.4,(Ambystoma_mexicanum:0.4,Xenopus_laevis:0.41)93:0.6)90:0.41,Neoceratodus_forsteri:0.3)80:0.3,Latimeria_chalumnae:0.6)99:0.3,(Danio_rerio:0.3,Lepisosteus_oculatus:0.4)95:0.5)100:0.4,Callorhinchus_milii:0.3);
最基本的進化樹展示加載用到的包library(stringr)
library(ggtree)
library(treeio)
讀入進化樹tree1<-read.tree("Nature/Nature_tree_1.nwk")
展示ggtree(tree1)+
geom_tiplab()+
xlim(NA,4.5)
image.png接下來簡單美化ggtree(tree1,size=2)+
geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
offset = 0.05,
font="italic")+
xlim(NA,4.5)
image.png最後就是添加圖片了ggtree(tree1,size=2)+
geom_tiplab(aes(label=str_replace(label,"_"," ")),
offset = 0.05,
font="italic")+
xlim(NA,4.5)+
geom_tiplab(aes(image=paste0("Nature/",label,".png")),
geom = "image",size=0.2,offset = 1.25)出圖以後再手動編輯一下圖片的位置就可以了最終的結果如下
image.png哈哈哈，距離發Nature又近了一步，還差9999999999999999步。
如果需要示例文件可以給本篇推文點讚和點擊在看，然後在文末留言就好了。
最後是福利時間前段時間有機械工業出版社的編輯找到我，藉助公眾號的平臺開展一個送書活動，書是 R語言數據可視化實戰，總共送出4本，我自己也收到了一本。我自己的這本也送出，所以總共是5本。送書規則如下
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小明的數據分析筆記本