柬埔寨位於北回歸線以南，是典型的熱帶季風氣候國家，土地肥沃、雨量充沛、氣候炎熱，十分利於各種植物的生長。20世紀60年代末，柬埔寨的森林覆蓋率曾高達73％，森林面積達13 176 800公頃。70年代以後，由於政治局勢不穩定，亂砍濫伐林木的情況十分普遍，木材既是政府的財政收入，也是反政府武裝的經濟來源，因此柬埔寨的林業資源遭到了巨大破壞，截至1993年，森林覆蓋率降至49％，面積也退減至890萬公頃，原始森林存約400萬公頃，木材蓄積量約82.13億立方米。柬埔寨王國政府成立後，採取了各種措施保護林業資源，包括通過《森林法》保護森林，嚴厲打擊非法盜伐，建立苗圃站培育樹苗等等。但由於資金投入有限，偷伐林木現象嚴重，伐木出口賺錢還成為眾多貪官汙吏中飽私囊的途徑，使森林資源迅速減少，而且還嚴重破壞了生態環境，近年來水土流失現象日益嚴重。
柬埔寨的木本、藤本和草本植物近千餘種，貴重的熱帶林木樹種有柚木、鐵木、紫檀、卯木、觀丹木等。柬埔寨林木在各個地區分布不同：東部高地生長著茂密的落葉林和草地；北部多山地區，生長著常綠闊葉林，樹身高大挺拔，通常高達30米以上，還生長著棕櫚樹、灌木、竹子、葡萄藤蔓、藤條等各種各樣的木本和草本植物；在西南部的高山，海拔較高的地區覆蓋著稀疏的針葉林；而在多雨的臨海的斜坡上，則覆蓋著原始森林，高度一般在45米左右；在沿暹羅灣海岸的狹長地帶，生長著常綠林和紅樹林，紅樹林樹身高大，生長迅速，一般高約30～40米，不但可以作為建築材料，還是當地居民主要的燃料來源。柬埔寨河流眾多，水力資源十分豐富，但由於長期戰亂，經濟發展落後，缺乏技術和資金，水力資源並未獲得充分有效地開發利用。
柬埔寨第一大河湄公河蘊藏著豐富的水能。在湄公河上遊的上丁省和桔井省約400千米的流域水流湍急，落差較大，可以利用的水力發電潛能巨大。而在東北部、西北部和西南部高原地帶的一些河流也蘊藏著較為豐富的水力資源。目前柬埔寨已建有少數大型水力發電站和眾多的小型水電站。此外，湄公河也是柬埔寨的主要水道，在柬埔寨境內長約500千米。柬埔寨、寮國邊界至桔井一段，雨季可通航吃水5米的船隻。金邊以下直到出海口可全年通航。漲水期可通航5 000噸海輪，低水位期間可通航2 000噸的海輪。湄公河擔負著柬埔寨內河航運最主要的任務，在內河航運中佔有非常重要的地位。其重要河港有金邊港和磅湛港等。柬埔寨境內的湄公河位於熱帶季風氣候區，河流水位受季節的影響很大。
雨季水位高，流量大，旱季則反之。每年9～10月間水位最高。有關資料表明，湄公河在金邊一段的最高水位為11.08米（1961年），最低水位為1.43米（1946年），水位懸殊近8倍。整個雨季期間，湄公河的平均洪水流量為3.9萬立方米/秒，全年平均流量為1.1萬立方米/秒。湄公河構成了柬埔寨最主要的水系網絡，其絕大部分河流最終都匯入湄公河，並在越南南方注入南中國海。湄公河在金邊附近分成兩支，大體並行向東南流經越南南方而注入南中國海。其中一條稱後江，又名巴薩克河；另一條稱前江，是金邊出海口的主要通道。