上海海洋大學李晨虹教授到水生所進行學術交流

李晨虹教授作學術報告

11月15日，上海海洋大學特聘教授李晨虹應邀到中國科學院水生生物研究所進行學術交流，並為科研人員和研究生作了題為Gene capture and implications for evolutionary Biology的學術報告。

李晨虹教授以目前分子系統發育研究中存在的問題作為開篇，系統的講解了目前分子分類研究中的主要問題，如長枝吸引，鹼基組成偏差，變異速率的差異等等，進一步引出本次報告的主題：結合比較基因組學技術、靶基因捕獲技術和第二代測序技術來對目標分子標記進行篩選、捕獲和測序，從而獲得大量合適的目標基因（單拷貝、進化速率較慢、進化動態符合分子鐘和簡單的模型、鹼基組成均勻）。該方法首先從一個注釋較好的基因組開始，通過BLAST比對編碼基因與基因組其他區域的相似度，在基因組中沒有與其本身相似的基因為單拷貝基因。找到每個有基因組序列的物種中的單拷貝基因後，根據不同物種中單拷貝基因的相似度，找出物種之間同源的單拷貝基因，即單拷貝直系同源基因。再根據這些序列設計探針，釣出所研究物種中對應的直系同源基因。通過分子編碼，HiSeq2000一個lane一次可以測100個物種的1200個外顯子，最後根據分子編碼和基因將不同物種的序列分組，這樣一次可以得到100個物種的1200個基因的數據，大大節省了傳統PCR擴增的時間和費用。該方法已經在軟骨魚類中作了測試，結果表明目標基因的捕獲率和覆蓋度都非常理想，最為重要的一點是該方法同樣適用於博物館保存年代較久的降解嚴重的樣品。

報告後，李晨虹教授同與會師生進行了熱烈的討論，並同水生所魚類系統發育與生物地理學學科組的研究人員就可能的合作研究進行了深入的探討與交流。

李晨虹是2011年上海市「東方學者」特聘教授，2007年獲美國內布拉斯加大學博士學位。他首創基因組序列比較法尋找系統進化分子標記，提出了用聚類分析的方法對DNA序列進行分組，解決了系統進化學數據分析的難題，其研究成果在Systematic Biology等重要期刊發表。