(工具篇)S5E44:一個神器扔給你幾個課題,自己挑!

2021-02-13 小張聊科研

(主題篇)S5E31:一文了解RNA甲基化的來龍去脈(文章篇)S5E33:RNA甲基化,從一篇PNAS到基金課題設計兩篇文章中,我們分別介紹了RNA甲基化涉及到的研究背景、文章和基金,並以PNAS的一篇文章為例,說明了如何以這篇文章為例來設計RNA甲基化的課題,今天我們介紹一個網站,看如何用好這個網站的信息,來設計出RNA甲基化修飾有關的課題。

這個網站就是MeT-DB: a database of transcriptome methylation in mammalian cells.http://compgenomics.utsa.edu/methylation/


我們直接看P53的信息查詢:


那麼,結合RNA甲基化修飾的情況,這些信息怎麼用呢?

P53的mRNA甲基化修飾是否與其表達有關呢?

如果有關,哪些位點以及因素參與到 P53的異常表達呢?

比如:P53的mRNA的3'UTR區的甲基化是否影響microRNA的結合和對其表達的調控?


比如我們上次講過的文章:(文章篇)S5E33:RNA甲基化,從一篇PNAS到基金課題設計

或者:

A majority of m6A residues are in the last exons, allowing the potential for 3' UTRregulation.Genes Dev. 2015 Oct 1;29(19):2037-53. 

如何申請基金的話這個題目怎麼樣?

P53 mRNA甲基化修飾在microRNA***促進腸癌轉移中的作用

寫文章的話:

microRNA*** sensitive P53 mRNA m6A modification in the progression of  NSCLC

再比如:P53的mRNA的甲基化是否影響RNA結合蛋白與其結合,以及下遊的功能和分子機制?


比如:P53的mRNA的甲基化修飾影響了剪接因子XXXX與其結合,並調控了P53的剪接結果。

或者P53的mRNA的甲基化修飾影響了翻譯因子與其結合,影響其翻譯過程。

關於P53mRNA的RNA結合蛋白,可用資料庫RBPDB預測:

That’s all. Thank you!

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