南方科技大學和中山大學雖然都是位於廣東省，但是分屬兩座不同的城市，南方科技大學位於廣東省深圳市；而中山大學位於廣東省省會廣州市。兩所學校雖然都是公辦高校，但是中山大學屬於傳統辦學高校；而南方科技大學則是高等教育改革實驗校，辦學模式略有差異。
從建校史上來講，中山大學完勝南方科技大學。中山大學解放前就已經創辦，當時實力就非常強勁，在國內國際影響力都非常大，尤其孫中山先生在此就讀，並且參與建設過，使得中山大學歷來知名度極大，並且歷來備受重視。而南方科技大學是一所新興學校，建校史相對較短，文化底蘊相對缺失，使得兩所學校差距較為明顯。
從學校規模和學科建設來講，中山大學依舊完勝南方科技大學。學校規模方面，中山大學無論是校區建設，師生數量方面，都要遠勝南方科技大學，而且在知名校友方面更是如此。學科建設上來講，中山大學有百年教學積澱，開展的學科門類相對更多，而且主力學科配套學科和專業也要更為廣泛，相對實力和基礎也要更強一些。
從學校整體實力上來看，中山大學還是完勝南方科技大學。中山大學在教研更豐富，形成了完整的教研體系。多年來，已經用事實證明中山大學的實力強勁，以及中山大學的畢業生在社會上影響力，而且中山大學作為文理出身的高校，在國家科技三大獎方面，也是獲獎無數，這些都是真真實實的成果，遠比南方科技大學更有實力，這一點毋庸置疑。