猶豫就會敗北:簡單思路如何正確把握

2020-12-08 GP生信人

同樣的思路,如果已經有人研究過,相信很多人會覺得自己在做相關研究肯定受到制約,至少發表的文章水平肯定沒前一個高。其實不然,今年六月份有研究人員分析了ITGA和ITGB家族在卵巢癌中的預後價值(IF:4.175),然而今天這篇文章的作者在十月份的時候發表了類似的研究成果。相比之下,作者只在胰腺癌中探索了ITGB的預後價值,研究的基因集少了,雜誌水平卻高了不少。如果你還在擔心自己的研究和別人只差了疾病類型,今天的文章值得你一看。

文章十月份發表在JOURNAL OF CELLULAR AND MOLECULAR MEDICINE(IF:4.486 )

ITGB超家族成員在胰腺癌中的預後和腫瘤學價值的表徵

一、摘要:

整聯蛋白β(ITGB)超家族成員在各種癌症的多種生物學功能中起著重要作用。但是,ITGB超家族成員的預後和腫瘤學價值尚未在胰腺癌(PC)中進行系統研究。本研究通過生物信息學分析評估了PC中ITGB超家族成員的mRNA表達和生物學功能。識別了具有預後預測性能的特徵基因和CpG位點以及與之密切相關的轉錄因子。

二、材料方法:

TCGA胰腺癌表達數據,甲基化數據;ICGC與GEO表達數據。

單因素cox、多因素cox、轉錄因子調控網絡、TME

三、結果:

1.不同數據集中,ITGB家族基因顯著過表達

圖1.ITGB家族成員差異表達分析

2.ITGB超家族成員在不同AJCC分期,組織學分級之間表達顯著差異

圖2.ITGB超家族成員在AJCC分期和組織學分級中的表達

3.胰腺癌中ITGB超家族成員的預後價值

圖3.預後相關的ITGB超家族成員(ITGB1,ITGB4,ITGB5和ITGB6)的KM生存曲線

圖4.基於ITGB1,ITGB4,ITGB5和ITGB6的預後籤名及驗證

4.ITGB1,ITGB4,ITGB5和ITGB6啟動子區域的DNA甲基化分析,識別預後相關CpG位點

圖5.啟動子區域中與預後相關的CpG的KM生存曲線

5.IGTB1,ITGB4,ITGB5和ITGB6轉錄因子的預測識別預後相關轉錄因子

圖6.預測ITGB1,ITGB4,ITGB5和ITGB6的轉錄因子

6.ITGB1,ITGB4,ITGB5和ITGB6的功能豐富分析

圖7.ITGB1,ITGB4,ITGB5和ITGB6的功能分析

7.ITGB1,ITGB5和ITGB6過表達與免疫抑制相關

圖8.高風險組和低風險組之間免疫相關差異

總結:

總的來說,文章基於一個基因家族,分析在胰腺癌中的預後效能,探索潛在的預後CpG和TF,納入了TME。乍一看,和之前卵巢癌分析基因家族的預後效能文章類似,但是最後發表的雜誌影響因子反而高了一點。雖說與之相比只研究了其中的ITGB,但是相應地增加了甲基化和TME,內容增加了部分,因此不僅順利發表,並且雜誌水平不降反升。

這類研究思路其實需要擔心的不是所謂的「雷同」導致無法發表,而是需要擔心能不能比別人更快地做出結果。因為兩三個月的時間,也許你還在猶豫要不要做,別人已經投稿了。幸運的是,我們有更全面的分析,同樣有更快的速度!

#生物#

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