如果我們要了解一個基因的基本信息要去看什麼呢?如果要看基因的序列,我們可以去NCBI,UCSC和ENsembl,如果要看這個基因的蛋白功能,那可以去uniprot,那麼有沒有一個網站把這些其他好的網站的信息匯總到一起的呢?這個答案吧,還真的有,那就是我們要介紹的網站:
GeneCards(http://www.genecards.org/)
我們先看一下這個網站的介紹吧:
看到沒有,這個網站自動的總結了125其他網站的信息,怎麼樣是不是感覺很厲害,那麼接下來我們來看一下這個神奇的網站吧。在搜索基因進入主界面以後,我們可以在頁面的頂端看到這樣子的信息,這個是網站基本信息的小標題,仔細看一下是不是很詳細?那下面我們就看一下這些自己的內容吧
我們以p21基因為例看一下這個網站的一些常用的基本信息吧(由於信息太多,沒提到的可以自己的挖掘一下):
1. 對於一個基因會有很多,我們查的可能使基因的曾用名,所以GENECADR中就要一項是aliases.如下圖P21是CDKN1A的曾用名。
2.我們查一個基因時常常會看NCBI或UNIPROT上對這個基因的描述這樣會讓我們快速的了解這個基因,在genecard中,則把其他網站中的描述都放到了一起,不用我們去其他網站看這些信息了,如圖
3.看完對此基因的描述後,我們可以在」function』中觀察基因的功能,genecard中不僅總結了此基因基本的功能,還包括對於基因GO分析的功能和其基因的臨床疾病表型,如圖:p21的功能介紹和Go分析
4.看完對於基因GO分析的描述,我們可以在」Pathway「中觀察其可能涉及的通路及PPI。如下圖:P21涉及的信號通路及PPI;其中標記:R的為reactome的通路信息(很生動的一個通路網站,有時間再介紹吧),G為kegg的信息
5.在」location」中,我們可以觀察基因的定位。如下圖:p21的基因定位
6.在」expression「中可以觀察基因在不同組織的表達情況
GeneCard的基因功能就介紹到這裡,至於其他的,比如看基因的剪接變異體呀,相關的文章呀,藥物作用呀大家有需要的可以自己去看,都是很明了的信息。
來源:實驗萬事屋
——本期完——
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