利用NCBI查詢基因的組織表達譜

2020-09-04 醫學生物實驗

我們在研究某個基因的功能之前，首先可能想知道這個基因在某組織中有沒有表達，或者表達量高還是低。本期就為大家講解如何利用NCBI查詢某個基因的組織表達譜。

1. 打開NCBI官網後，在下拉選項框中選擇Gene，在文本框裡輸入想要查詢的基因的名稱並帶上物種，點擊Search。這裡我們查詢一下EGFR基因在小鼠各組織的表達譜。



2. 如下圖所示，出現小鼠EGFR基因的一些基本信息，點擊Efgr-epidermal growth factor receptor。



3.小鼠EGFR基因更為詳細的介紹就出現了。我們關心的是該基因的組織表達譜，點擊Expression那行的See more。



4. 即出現了該基因在小鼠各個組織的表達情況。同時還提供了轉錄組測序的數據以及做該研究的那篇文章。



當然，這也是基於別人測得的轉錄組數據以及發表的文章才收錄的，並不是所有基因在所有物種中的表達譜都能查到。例如，我們用同樣的方法查詢EGFR基因在奶牛中的組織表達譜，就查不到。本期介紹的在NCBI上查詢基因表達譜的方法就暫且作為我們實驗開始前的一個參考，具體的表達情況還是要通過具體的實驗來說明的。

本文轉自微信公眾號-小杜聊科研，作者番茄君小杜。

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