CCF攜手中科院聚首國家超算深圳中心,共論E級計算機發展

2020-12-06 億歐網

2018年10月10日,由國家超級計算深圳中心、CCF深圳分部、CCF YOCSEF深圳分論壇舉辦「E級機應用技術研討會」在國家超級計算深圳中心二樓報告廳舉辦。邀請來自從事計算領域的學者和行業人員,分享E級超級計算機的研製進展和未來計算的發展方向,共同探討超級計算機性能優化和在疾病控制、計算電磁學、精準醫療、大數據、人工智慧等領域的進展。億歐作為重要媒體受邀參加。

據了解,國家超級計算深圳中心(深圳雲計算中心)隸屬深圳市科技創新委員會的事業單位,中心配備曙光超級計算機系統、近千臺四路機架式伺服器、GPU伺服器和超過20PB的存儲,是深圳市建市以來由市政府投資最大的國家級重大科技基礎設施中心。YOCSEF是由中國計算機學會(CCF)於1998年創建的系列性學術活動,總部設在北京,已在上海、杭州、長沙、成都、深圳等26個城市建立了分論壇,活動形式主要包括:專題論壇、學術報告會、學術評價、評獎、扶貧助教等。

高性能是計算機發展的火車頭

超級計算機是一國科研實力的體現,功耗更低、性能更優、體積更小的超級計算機,已經成為全球競爭越來越激烈的高新技術領域。

今年6月份,超級計算機組織在美國正式公布了新一期全球超級計算機500強榜單。全球超算前五名分別為美國「Summit」、中國「神威·太湖之光」、美國「Sierra」、中國「天河二號」和日本「AI Bridging Cloud Infrastructure(ABCI)」。

據了解,美國「Summit」使用了4608個計算伺服器,每個計算伺服器中又包括兩個22核的IBM Power9晶片和6個Nvidia Tesla V100 gpu,其浮點運算速度峰值達每秒20億億次(200PFlops),持續計算速度達到每秒12億億次運算速度。該系統具有超過10pb的內存,配以快速、高帶寬的路徑以實現有效的數據傳輸。

但是,中國的實力也不容小覷。榜單排名第二的神威太湖之光的具體研製歷經兩年,採用了申威眾核處理器。單個處理器僅如SD存儲卡那麼大,但它所蘊藏的運算潛力卻不亞於一塊鑽石。目前太湖之光的峰值運算速度達到每秒12.54億億次、持續計算速度達到每秒9.3億億次。

根據榜單,中國的高性能計算機數量已經增加到206臺,美國的高性能計算機卻從144臺降低到124臺。由此可見,中國在高性能計算應用方面的實力增長是十分迅速的。

交流會現場,中科院計算所並行軟體實驗室主任張玉泉根據榜單對國內外高性能計算機的發展現狀,從總體性能、製造商、行業領域等方面進行了深入分析,並對未來E級計算機的研究計劃進行了對比分析和展望。

E級計算可以說是眾所矚目的全球超算發展的下一代裡程碑,外界估計其計算性能將達到神威太湖之光的8倍性能。各國也開始了新一輪的E級計算機的研發,除了追求更快的計算速度,E級計算的研發麵臨著"功耗牆"、"編程牆"、"存儲牆"、"可靠性牆"幾方面的挑戰。

張玉泉介紹,美國歷來重視超級計算機的研究及應用,並將E級計算上升為國家戰略。美國能源部先後啟動了ASC和ASCR計劃,計劃在2021年交付E級計算的原型系統,在次年提供能效比50GF/W的E級計算系統;日本在發布的AI超級計算機ABCI上,總共投入了1.73億美元,峰值運算速度可達130PFlops;2017年3月,歐盟法德意大盧荷葡西等七國籤署協議,投資10億歐元用於建設E級超級計算機。此外,歐洲還計劃開發一系列的百億億次級應用程式。

「三頭並進,賽馬機制」這八個字是張玉泉對中國部署E級超算機的形容。中國目前正在進行的E級超算項目有三個,分別是天河三號、神威E級和曙光E級。就在今年8月份,全部採用自主晶片研製的神威E級原型機系統已經通過課題驗收,正式啟用。

在研製期測試期間,E級原型計算機就已完成包括全球氣候變化、生物醫藥仿真、大數據處理和人工智慧等12個領域的35項重大計算任務。其中,22項應用具備擴展到E級計算機整機規模的能力,6項應用成功入圍被稱作超級計算應用領域「諾貝爾獎」的戈登貝爾獎。

高性能計算在抗感染性疾病研究中的應用

高性能計算在藥物研發領域的應用是信息技術和生命科學交叉最典型的應用。

目前,國際各大製藥企業均開始重視高性能計算在藥物研發中的應用,採用自己組建高性能計算或者與高性能計算服務商及超級計算中心合作,解決創新藥物研發進程緩慢的問題。

美國政府問責局指出,唯有計算藥物設計,促進了新藥研發的效率和速度,節約了研發成本。作為計算藥物設計和計算生物學的加速器,高性能計算為創新藥物研發提供了強大的動力來源。

中國科學院上海藥物研究所研究員於坤千介紹到,高性能計算應用貫穿了創新藥物研發的整個過程。它可應用於結合基因組學,發現疾病相關基因、模擬生物大分子動態行為,發現調控位點、進行個性化用藥方案設計等方面。

其中,創新藥物靶標發現是發現新藥的源頭和突破口,也是各種生物技術綜合交叉應用的重要領域。由於人體生物系統的複雜性,針對人體生物網絡的分析必須依賴高性能計算的發展。

上海藥物所較早在國內與江南計算所等國內超級計算機研發機構合作開展利用國產超級計算機來進行大規模分子模擬和藥物設計研究工作,早在我國九五計劃期間就實現了數千核的並行計算。值得關注的是上海藥物所與國防科大等合作,首次天河二號上實現百萬核級虛擬篩選,最多一天可以篩選4千萬化合物。

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